Muchas Gracias Carlos,

En verdad no sé yo tampoco cual es la parte q produce el error pero de igual
muchas gracias por el tiempo y seguiré buscando una solución debido a que el
dendograma usando (amap) no tiene sentido.

 

Saludos,

Darío Barona

 

De: Carlos Ortega [mailto:cof@qualityexcellence.es] 
Enviado el: miércoles, 23 de enero de 2013 20:42
Para: Darío Barona
CC: Lista R
Asunto: Re: [R-es] Cluster usando Consensus de Agricolae

 

Hola,

 

Obtengo el mismo error que tú.

He probado con valores pequeños de nboot y con subconjuntos igualmente
pequeños de "datos" por si fuese un problema de dimensiones y sigo
obteniendo el mismo tipo de error. He probado con la distancia "euclidean" y
no hay problemas.

 

Probando otras cosas:

1.	Sobre el conjunto del ejemplo de la función (pamCIP) funciona
perfectamente (canberra , average). Y si ves el conjunto pamCIP es un
data.frame de 0 y 1. Parece que "consensus()" tiene una dependencia con el
tipo de datos del conjunto, no así con su clase, ya que los dos son
data.frame.
2.	Hay otro paquete (amap) que también tiene una función "hcluster()"
que permite la creación de un dendograma con múltiples opciones para el
cálculo de las distancia (entre ellas "canberra") y el método de
aglomeración (entre ellos "average"). Pero no tiene la posibilidad de hacer
un bootstrap como "consensus()". Con esta función hcluster() no aparece el
error anterior aunque el resultado del dendograma no sé si tiene sentido.

 

library(amap)

hc <- hcluster(datos, method="canberra", link="average" )

plot(hc)

 

 

Saludos,

Carlos Ortega

www.qualityexcellence.es

 

El 23 de enero de 2013 23:03, Darío Barona <dabadray@hotmail.com> escribió:

Estimado Carlos,

 

Este es mi data.frame “datos”

Las letras son las variables q se han medido y q se quieren hacer el
cluster. El problema pasa solo cuando estoy ocupando en distance=”canberra”
y method=”average”

 

Saludos,

Darío

 

De: Carlos Ortega [mailto:cof@qualityexcellence.es] 
Enviado el: martes, 22 de enero de 2013 17:59
Para: Darío Barona
CC: Lista R
Asunto: Re: [R-es] Cluster usando Consensus de Agricolae

 

Hola,

 

¿Puedes incluir el data.frame "datos"?

 

He probado si el hecho de repetir el parámetro gráfico (cex) provoca este
error y en este ejemplo (de la propia función consensus) no se produce. En
cualquier caso, su repetición es cuanto menos, ineficiente.

 

##############################################

library(agricolae)

data(pamCIP)

# only code

rownames(pamCIP)<-substr(rownames(pamCIP),1,6)

par(cex=0.8)

output<-consensus( pamCIP,distance="binary", method="complete",nboot=5,
cex=0.1, cex.text=0.1)

##############################################





Saludos,

Carlos Ortega

www.qualityexcellence.es



El 22 de enero de 2013 14:57, Darío Barona <dabadray@hotmail.com> escribió:

Estimados,



Estoy intentando hacer un Cluster usando la libreria Agricolae y la function
concensus, Esta function tiene esta definición: The criterion of the
consensus is to produce many trees by means of boostrap and to such
calculate the relative frequency with members of the clusters.



Pero al momento de tratar de correrlo en R me sale la siguiente advertencia,
alguien me podría decir que es lo que estoy haciendo mal o me falta poner?



> library(agricolae)

> rownames(datos)<-substr(rownames(datos),1,6)

> par(cex=0.8)

> output<-consensus( datos,distance="canberra", method="average",nboot=500,
cex=0.1, cex.text=0.1)

Error en hclust(distancia, method = method) :

  NA/NaN/Inf en llamada a una función externa (arg 11)





Saludos,

Darío Barona


        [[alternative HTML version deleted]]


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Saludos,
Carlos Ortega
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Saludos,
Carlos Ortega
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