Otra opción es instalar pandoc y trastear con las opciones.

Una vez instalado pandoc en el sistema,(yo estoy en un linux 64 bits 
ahora mismo), podemos cambiar el comportamiento del botón knit html de 
rstudio por ejemplo , ejecutando

options(rstudio.markdownToHTML =
           function(inputFile, outputFile) {
             system(paste("pandoc", "-s -S --mathjax --toc", 
shQuote(inputFile), "-o", shQuote(outputFile)))
           }
)

||Que crea la tabla de contenidos y además al usar --mathjax se ven las 
ecuaciones..



El 21/01/13 11:25, Antonio Maurandi López escribió:
> Hola.
> Pare que RStudio y el paquete markdown no nos terminamos de entender.
>
> - Creo un fichero Rmd, con el botón: "Kntr to Html" (ctr+Shift+Y), se 
> pre-visualiza genial: formulas (, highlight_code,...)... todo bien.
>
> Pero quiero ponerle un TOC tb, así que como en su día me comento Jose 
> Luis Cañadas en este foro, hago un desde el fichero md que crea  la 
> previsualización ("Kntr to Html"  o  ctr+Shift+Y)
>
> markdownToHTML( file = "test-rmd.md", options =c('toc'),  output = 
> "test-soloTOC.html") # no van las formulas....
>
> Lo peor es es que sio hago un preview desde Rstudio  del fichero md, 
> me muetsra el html bien, como deberia de ser (sin toc claro).
>
> Alguna idea...   mil gracias.
>
>
> Adjunto ficheros de prueba....
> -- Antonio Maurandi
>
>
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