Hola Antonio.

Llevo un rato (más de la cuenta ,jejeje) buscando cuál puede ser el 
problema y no lo he encontrado, pero te cuento mis pesquisas.

Mira en:

http://www.rstudio.com/ide/docs/authoring/markdown_custom_rendering

según este documento rstudio utiliza el paquete markdown para renderizar 
el fichero md que ha creado en un primer paso con knit. Según ellos se 
puede cambiar el comportamiento del botón cambiando la siguiente función

|options(rstudio.markdownToHTML =
   function(inputFile, outputFile) {
     require(markdown)
     markdownToHTML(inputFile, outputFile)
   }
)


|

El trozo de arriba, debe dar al botón knit Html de rstudio el mismo 
comportamiento que tiene ahora, pero si lo ejecutas y luego clicas en el 
botón de rstudio, verás que dejan de verse las ecuaciones (si reinicias 
rstudio, vuelve al comportamiento normal).

Según ellos ,comparten código con el paquete markdown pero no lo 
instala. A mi me da la impresión de que es un fallo en el paquete 
markdown. lo suyo sería escribirle al autor.
Si encuentro la solución , la pongo por aquí.

Saludos.

El 21/01/13 11:25, Antonio Maurandi López escribió:
> Hola.
> Pare que RStudio y el paquete markdown no nos terminamos de entender.
>
> - Creo un fichero Rmd, con el botón: "Kntr to Html" (ctr+Shift+Y), se 
> pre-visualiza genial: formulas (, highlight_code,...)... todo bien.
>
> Pero quiero ponerle un TOC tb, así que como en su día me comento Jose 
> Luis Cañadas en este foro, hago un desde el fichero md que crea  la 
> previsualización ("Kntr to Html"  o  ctr+Shift+Y)
>
> markdownToHTML( file = "test-rmd.md", options =c('toc'),  output = 
> "test-soloTOC.html") # no van las formulas....
>
> Lo peor es es que sio hago un preview desde Rstudio  del fichero md, 
> me muetsra el html bien, como deberia de ser (sin toc claro).
>
> Alguna idea...   mil gracias.
>
>
> Adjunto ficheros de prueba....
> -- Antonio Maurandi
>
>
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