Hola Pedro muchas gracias, pero el problema es el tema de la poda porque 
los pfnet tienen una forma muy singular de poda y por eso quería saber 
si alguien había realizado una función para dada la matriz de distancias 
de Minkowski pasar a una matriz network donde gplot me permite dibujar 
el grafo y luego encontrar el índice de complejidad y de coherencia 
puedo mirar en igraph pero en su defecto realizaría la función. 
Efectivamente gephi me parece una muy buena herramienta.

Un cordial saludo  y feliz año.

Juan

El 03/01/2013 13:05, Pedro Concejero Cerezo escribió:
> Hola, después de echar una ojeada a la tesis de Benjamín Vargas (http://www.ugr.es/~benjamin/Tesis-Benjamin.pdf, no tenía ni idea de estas redes), puedo confirmar lo que propone Carlos Ortega, esto es, todo lo que se hace en esta tesis, entre ello las redes pathfinder, se puede hacer con R-igraph.
>
> El punto de partida puede ser un data frame que, si se respeta las  convenciones de nomenclatura de nodos, igraph convierte en un grafo. Una vez generado el grafo (si no me equivoco, las PFNETs son grafos "podados" según los criterios de q y r) se pueden utilizar los layouts de igraph, que tiene unos cuantos (mira layout en http://igraph.sourceforge.net/doc/R/igraph.pdf). Si se debe usar la distancia de Minkowski se puede usar la función dist para generar la matriz de distancia de nodos (aparte de igraph) y en layout le puedes poner esta matriz como opción, o hacer la poda previamente en el data frame.
>
> Por cierto la mejor referencia para igraph es la de su página en sourceforge: http://igraph.sourceforge.net/index.html
>
> Para visualizar las redes generadas un camino alternativo que hacemos con frecuencia es exportar el grafo resultante a graphml y leerlo en gephi, que es un software opensource con muchas funciones específicas para visualización. La combinación de R-igraph con gephi es potentísima para abordar tanto la analítica como la visualización.
>
> Espero que te sea útil, y por supuesto, ¡Feliz Año eRReRos!
> Pedro
>
> El 02/01/2013 23:20, r-help-es-request@r-project.org<mailto:r-help-es-request@r-project.org> escribió:
>
> Message: 1
> Date: Wed, 2 Jan 2013 14:52:02 +0100
> From: Carlos Ortega <cof@qualityexcellence.es><mailto:cof@qualityexcellence.es>
> To: Juan Antonio Gil Pascual <jgil@edu.uned.es><mailto:jgil@edu.uned.es>
> Cc: Lista R <r-help-es@r-project.org><mailto:r-help-es@r-project.org>
> Subject: Re: [R-es] redes pathfinder
> Message-ID:
>          <CAOKbq8hQ9Y0kbOT-jV8HMdLqVadOyFJLfD3QBnWDGZ1HL=UT7g@mail.gmail.com><mailto:CAOKbq8hQ9Y0kbOT-jV8HMdLqVadOyFJLfD3QBnWDGZ1HL=UT7g@mail.gmail.com>
> Content-Type: text/plain
>
> Hola,
>
> ¿Has visto si los paquetes "igraph" o "sna" que tratan específicamente con
> redes permiten obtener tu caso?.
>
> Feliz Año!
> Carlos Ortega
> www.qualityexcellence.es<http://www.qualityexcellence.es>
>
>
> El 1 de enero de 2013 21:04, Juan Antonio Gil Pascual
> <jgil@edu.uned.es><mailto:jgil@edu.uned.es>escribió:
>
>
>
>> Estimados compañeros estoy con un trabajo sobre redes pathfinder y quería
>> saber si conocéis alguna librería o función para dada la matriz de
>> proximidades sacar la matriz de la red pathfinder.
>>
>> Un cordial saludo y un mejor año 2013.
>>
>> Juan
>>
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