Hola,

Con un par de bucles anidados también funcionaría.
Utilizando tus propios datos:

##############################
Lines <- "Posit cr
553192   1
643315   1
659754   1
697944   1
1260095  1
1566960  1
553176   2
643315   2
"

t.data<-textConnection(Lines)
data<-read.table(t.data, header=T, as.is=T)
close(t.data)

Lines <- "ssc Bin position1 position2
1   0    342481   1166552
1   1   1166552   2010349
1   2   2010349   3008501
1   3   3008501   4022389
1   4   4022389   5008585
1   5   5008585   6010365
2   0    442481   1106552
2   1   1106552   2110354
"

t.rwind<-textConnection(Lines)
rwind<-read.table(t.data, header=T, as.is=T)
close(t.rwind)

for(i in 1:dim(data)[1]) {

  for(j in 1:dim(rwind)[1]) {

    if(
           data[i,1] > rwind[j,3] | data[i,1] == rwind[j,3]
         & data[i,1] < rwind[j,4]
         & rwind[j,1] == data[i,2]
       ) { data$bin[i] = rwind[j,2]} else next

  }

}
############################################


> data
    Posit cr bin
1  553192  1   0
2  643315  1   0
3  659754  1   0
4  697944  1   0
5 1260095  1   1
6 1566960  1   1
7  553176  2   0
8  643315  2   0




Saludos,
Carlos Ortega
www.qualityexcellence.es

El 29 de octubre de 2012 00:34, Juan Manuel Herrero <jmherrero@um.es>escribió:

> Hola,
> He estado dándole vueltas a un problema, probando varios loops pero no
> consigo resolverlo (todavía soy muy novato)
>
> Tengo dos data.frames:
>
> > head (data)
> Posit   cr
> 553192   1
> 643315   1
> 659754   1
> 697944   1
> 1260095  1
> 1566960  1
> 553176   2
> 643315   2
> ....
>
> > head (rwind)
> ssc Bin position1 position2
> 1   0    342481   1166552
> 1   1   1166552   2010349
> 1   2   2010349   3008501
> 1   3   3008501   4022389
> 1   4   4022389   5008585
> 1   5   5008585   6010365
> 2   0    442481   1106552
> 2   1   1106552   2110354
> .....
>
> Necesito que cuando el valor de la columna data$Posit >= rwind$position1 &
> data$Posit <  rwind$position2 & rwind$ssc == data$cr
> se genere una columna data$bin con el valor correcto rwind$Bin.
>
> El resultado debería ser algo así:
>
>     Posit    cr    bin
> 553192   1    0
> 643315   1    0
> 659754   1    0
> 697944   1    0
> 1260095  1    1
> 1566960  1    1
>
> Estaría muy agradecido si me dierais alguna idea para resolverlo.
>
> Un saludo,
> Juanma.
>
> ______________________________**_________________
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Saludos,
Carlos Ortega
www.qualityexcellence.es

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