Fernando,

el efecto (1|Rep%in%Year) carece de sentido:

 > Dataset$Rep%in%Datasets$Year
  [1] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE  
FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE
  [18] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE  
FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE
  [35] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE  
FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE
  [52] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE  
FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE
  [69] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE  
FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE
  [86] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE  
FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE
[103] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE  
FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE
[120] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE  
FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE
[137] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE  
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[154] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE  
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[171] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE  
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[188] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE  
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[205] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE  
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[222] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE  
FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE
[239] FALSE FALSE

Por la estructura de tus datos, sospecho que el modelo que te  
interesa es más bien:

lmer(alpha.ug.mg ~ Line + (1|Year/Rep) + (1|Line:Year), data = Datasets)

En cuanto al problema de la residual al cual te refieres en tu mensaje,
da más detalles (con la salida que obtienes) porque su planteamiento  
resulta poco claro.
Un saludo. Olivier

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Olivier G. Nuñez
Email: onunez@iberstat.es
Tel : +34 663 03 69 09
Web: http://www.iberstat.es

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El 19/03/2012, a las 14:21, Fernando Piston escribió:

> lmer(alpha.ug.mg ~ Line + (1|Year) + (1|Rep%in%Year) + (1| 
> Line:Year), data = Dataset)



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____________________________________

Olivier G. Nuñez
Email: onunez@unex.es
http://kolmogorov.unex.es/~onunez
Tel : +34 663 03 69 09
Departamento de Matemáticas
Universidad de Extremadura

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