Siguiendo un poco con lo que te ha comentado Manuel Muñoz, yo te recomiendo
que hagas dos cosas:

1. Añade a /etc/apt/sources.list
   deb http://cran.us.r-project.org/bin/linux/debian squeeze-cran/     # yo
actualmente uso Debian, tu tendrías que
                                                                       #
indicar tu distro de Linux (busca en CRAN)
   deb-src http://cran.us.r-project.org/bin/linux/debian squeeze-cran/

2. Edita el archivo de configuración de R (/usr/lib/R/etc/Rprofile.site):
teclea en la consola de R help(Startup)
   para tener más información.

   Por ejemplo, puede definir donde quieres que te guarde lo paquetes que
instalas:
   .libPaths( c("/home/yourname/R/Library"), .libPaths()) )            # si
quieres guardarlo en /home/yourname/R/Library

   Puedes definir los repositorios:
   options(repos = "http://cran.us.r-project.org")

   Así como otras muchas opciones que vienen detalladas en la ayuda de
Startup.

Espero que te sirva de ayuda.
Manuel

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Manuel Ramón
m[dot]ramon[dot]fernandez[at]gmail[dot]com

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