Estimados, he encontrado una solucion mas rapido de lo que crei ... los
pasos son los siguientes:

1. Importar los datos desde el archivo .FCS ...
> archivoimportado <- read.FSC(archivo.FCS)

2. Los archivos .FCS importados tienen una estructura de datos flowFrame,
la que tiene 3 partes: exprs (una matriz que contiene los datos),
parameters (info acerca de las columnas del flowframe) y description
(contiene metadatos). Esto sale en el manual de flowframe (?flowframe).

3. Extraer los datos de la matriz del archivo .FCS con la funcion exprs()
> matriz <- exprs(archivoimportado)

4. Eliminar la ultima columna (la numero 5)  con el nombre "time" porque da
problemas para transformar la matriz a un vector con stack ...
> matriz <- matriz[ ,-5]
(lo que yo quiero es hacer un analisis de varianza por lo que necesito
hacer un vector con stack)

5. Hacer el vector con stack
> matriz <- stack(matriz)

6. hacer el analisis de varianza del archivo "matriz" ... aqui la idea es
comparar el promedio de la intensidad de fluorescencia de cada columna
> objeto <- oneway.test(values~ind,data=matriz,var.equal=T)

y desde aqui en adelante pueden hacer con los datos todo lo que quieran de
la forma usual con R ...

Saludos y espero que a alguien le sirva ...

Eric.







2011/11/10 Carlos Ortega <cof@qualityexcellence.es>

> Hola,
>
> Parece que el problema que tienes se ha reportado ya a la comunidad de
> Bioconductor, aunque no he visto continuidad en la conversación con alguien
> que  diera alguna posible solución/alternativa:
> https://stat.ethz.ch/pipermail/bioconductor/2010-April/032802.html
>
> Pero, aquí (al final de la página):
>
> http://research.stowers-institute.org/efg/ScientificSoftware/Utility/FCSExtract/#Alternative
>
> he visto una alternativa:
>
> *R Alternative to FCSExtract *(6 Oct 2005)
>
> The recent book, *Bioinformatics and Computational Biology Solutions
> Using R and Bioconductor <http://www.bioconductor.org/mogr/>*, briefly
> discusses an alternative Bioconductor<http://www.bioconductor.org/download> solution,
> which allows reading FCS files directly in R.  Section 5.3.3 of the book,
> "FCS format," briefly discusses the FCS file format, but I found the
> package facsDorit used the *prada* package, which did most of the work.
> [facsDorit was a bit hard to find.  It can be downloaded as part of the
> DFKZ FACS example data at the bottom of this page<http://www.bioconductor.org/mogr/>].
>   Section 5.4.1, "Visualization at the level of individual cells," shows
> the *prada* package, and how to fit a bivariate normal distribution to a
> 2D scatterplot <http://www.bioconductor.org/repository/devel/vignette/norm2.pdf>by
> Florian Hahne.
>
> I have not yet tested the *prada* package directly with our data, but I
> modified their examples<http://research.stowers-institute.org/efg/R/Packages/prada/FCS-prada.pdf> somewhat
> and think the bivariate fit may be a good way to select FCS data of
> interest.  Here's my R Code to exercise the prada package<http://research.stowers-institute.org/efg/R/Packages/prada/FCS-prada.R>
> .
> ------------------------------------------------------------
>
> Saludos,
> Carlos Ortega
> www.qualityexcellence.es
>
> El 10 de noviembre de 2011 15:46, Eric <ericconchamunoz@gmail.com>escribió:
>
>> Queridos amigos, estoy en un problema :), se trata de lo siguiente ...
>> necesito compara dos poblaciones de datos de la forma mas simple, con un
>> analisis de varianza de un factor o una via ... el problema es que los
>> datos provienen de un citometro y estan en el formato .FCS ... ya pude
>> leer
>> los datos usando del formato propietario .FCS usando "read.FCS" que viene
>> dentro de alguno de los paquetes que se instalan con BIOCONDUCTOR ... el
>> problema es que la estructura de datos de un archivo .FCS es del tipo
>> flowFrame y no se como utilizar esa estructura para hacer el analisis de
>> varianza ... incluso si quiero utilizar los tipicos comandos boxplot(...)
>> u
>> otro para graficar no se puede y hay que utilizar los propios de
>> bioconductor para lidiar con ese tipo de archivos ... a la fecha he
>> logrado
>> hacer los graficos pero no he encontrado como hacer un analisis de
>> varianza
>> utilizando este tipo de archivos ... he tratado de exportar los datos a
>> archivos de texto o a matrices pero siempre obtengo el error de que la
>> estructura de datos es incompatible (o algo asi) ... lo mas parecido que
>> he
>> encontrado en la literatura es comparaciones multiples utilizando
>> microarrays, pero tratando de adaptar esas ideas a mis tipos de datos no
>> me
>> ha ido bien :) ... alguna idea por favor??
>>
>> Muchas gracias,
>>
>> Saludos de un agradecido de la existencia de esta comunidad :)
>>
>> Eric.
>>
>>
>>
>>
>>
>>
>> --
>> Nota: las tildes se han omitido para evitar conflictos con algunos
>> lectores
>> de correo.
>>
>> * Un economista es un experto que sabrá mañana por qué las cosas que
>> predijo
>> ayer no han sucedido hoy (Laurence Peter).
>>
>> * SATYÂT NÂSTI PARO DHARMAH
>>
>>        [[alternative HTML version deleted]]
>>
>>
>> _______________________________________________
>> R-help-es mailing list
>> R-help-es@r-project.org
>> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
>>
>>
>


-- 
Nota: las tildes se han omitido para evitar conflictos con algunos lectores
de correo.

* Un economista es un experto que sabrá mañana por qué las cosas que predijo
ayer no han sucedido hoy (Laurence Peter).

* SATYÂT NÂSTI PARO DHARMAH

	[[alternative HTML version deleted]]

