
Ricardobueno ... no es tan complicado ... te copio parte de un código que tengo para eso.Esto genera 8 gráficas en pdf
En resumen lo que haces es en el bucle, llamas a las variables que quieres que se grafiquen pero por referencia, no por nombre ... para que te sirva el contador del "for", es decir datos[,i] donde i varía de acuerdo al contador...los títulos los debes grabar en un vector para luego llamarlo en el main del plot, igual como referencia... titulos <- names(datos)lo mismo puedes hacer con los colores ... puedes asignarles los que quieras ... siempre y cuando tengas predefinido un array con los nombres de los colores..también el nombre del archivo pdf que quieres  lo puedes llamar por referencia ... 
# GRAFICAS DE PARTICIPACION TASAS ACTIVASwin.graph(width=11, height=7,pointsize=10)par(las=1)for(i in 1:8){niv <- bceact03[bceact03$ORD==i,c(4,5)]*100col00 <- as.character(sisact01[[i]][,6])plot(sisact01[[i]][,2],sisact01[[i]][,4],pch=20,lwd=20,col=col00,xlab="tasa (porcentaje)",	ylab="participación (porcentaje)",main=paste("Segmento:",main01[i]))grid(nx=NULL,ny=NULL,col="lightgray",lty="dotted",lwd=1,equilogs=TRUE)abline(v=niv,col=c("blue","red"),lwd=2)text(sisact01[[i]][,2],sisact01[[i]][,4],sisact01[[i]][,1],cex=0.8,pos=1,offset=-0.4)text(sisact01[[i]][,2],sisact01[[i]][,4],sisact01[[i]][,2],cex=0.6,pos=1,offset=0.2)dev.copy2pdf(file=paste("ptc",file01[i],".pdf",sep=""))}
donde bceact03 y sisact01 son arreglos de datos 

Saludos.
> Message: 6
> Date: Wed, 5 Oct 2011 19:11:59 -0500
> From: Ricardo Borda <ricardobordah@yahoo.es>
> To: r-help-es@r-project.org
> Subject: [R-es] Consulta
> Message-ID:
> 	<CAGSRbNvEY=99y4AttR_WBhivuKimsTDW44DieTtM=mGT1iLskQ@mail.gmail.com>
> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"
> 
> Buenas noches
> 
> 
> Quiero generar un archivo con 25 gráficos tal y como lo adjunto en el Pdf.
> Quisiera saber qué debo hacer para que cada gráfico me aparezca con su
> respectivo título.  Los títulos son los siguientes:
> 
> 
>     names(por)
> 
>  [1] "C6.0"                  "C8.0"                  "C10.0"
>                  "C11.0"                 "C12.0"                 "C13.0"
> 
> 
>  [7] "C14.0"                 "C14.1"                 "C15.0"
>        "C16.0"                 "C16.1"                 "C17.0"
> 
> 
> [13] "C17.1"                 "C18.0"                 "C18.1n9c"
>               "C18.2n6c"              "C18.2n9t"              "C18.3n3"
> 
> 
> [19] "C20.0"                 "C20.1"                 "C20.3n6"
>                "C20.4n6"               "C20.5n3"               "C22.0"
> 
> 
> [25] "GRASA.NO.IDENTIFICADA"
> 
> 
> Estos títulos corresponden al nombre de las variables de la base de datos:
> experimento.
> 
> 
> 
> *El programa que estoy utilizando es el siguiente:*
> 
> datos<-read.csv2("experimento.csv")
> 
> attach(datos)
> 
> por<-datos[,c(6:30)]/datos[,31]
> 
> tipo<-factor(datos$Tipo)
> 
> pdf("graficos6.pdf")
> 
> parametros<-function(y){
> 
> a<-boxplot(y~Tipo, data=por)
> 
> return()
> 
> }
> 
> sim<-apply(por,2,parametros)
> 
> dev.off()
> 
> 
> 
> 
> 
> 
> 
> -- 
> Atentamente:
> 
> Ricardo A. Borda Hernández
> Docente de Estadística
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> Name: experimento.csv
> Type: application/octet-stream
> Size: 4658 bytes
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> 
> Fin de Resumen de R-help-es, Vol 32, Envío 5
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