Marcal
Tu pregunta tiene una larga respuesta.
Si tu efecto fijo es genotipo. Sólo tiene sentido que compares las medias de
genotipos ya que los valores esperados para los efectos aleatorios son
siempre cero asi que comparar medias NO.

Por otra parte, se puede especificar una interacción entre efectos
aleatorios y efectos fijos y el efecto resultantes es aleatorio con lo cual
tu proposito de compara medias para la interacción tampoco vale.

¿Que podes hacer?, mirar los BLUP del efecto de cada localidad sobre los
genotipos. Para especificar una interacción genotipo-localidad podrias
escribir algo asi. Es decir un efecto de localidad sobre Genotipo

modelo000_Rendim<-lme(Rendim~1+Genotipo,random=list(Localidad=pdIdent(~1),Localidad=pdIdent(~Genotipo-1))
,method="REML"
,na.action=na.omit
,data=misDatos
,keep.data=FALSE)

Si no tenes dudas de existencia de interacción entonces podrias pedir
*ranef(modelo000_Rendim)
*y obtendras los BLUP's de cada sitio sobre los genotipos. Como los BLUPs
son predicciones de variables aleatorias normales, podrias usar el criterio
heurístico de considerar que todos aquellos BLUPs que en valor absoluto
superen 2 o 2.5 si quieres ser mas estricto, como efectos "significativos".

Para obtener las medias ajustadas de genotipos podes usar el paquete lsmeans
que esta en Rforge
(https://r-forge.r-project.org/R/?group_id=530)

Prof. Julio Di Rienzo
Estadística y Biometría
FCA- U.N. Córdoba
IBS-RARG President
http://sites.google.com/site/juliodirienzo
"Biometry, the active pursuit of biological
knowledge by quantitative methods."
(R.A. Fisher, 1948)



2011/7/8 Marçal Plans <marcal.plans@upc.edu>

>
> Queridos R-users:
>
> Tengo una duda que hace mucho tiempo que estoy intentando resolver, os
> explico a modo de ejemplo:
>
> Tengo estos efectos: Año(5 niveles),Localidad (10 niveles) y genotipo (3
> niveles), año y localidad son aleatorios y genotipo es fijo (los he escogido
> yo).
>
> Me gustaría hacer obtener una tabla parecida a la Tabla Anova donde
> aparezca  cada factor y sus interacciones y finalmente hacer un comparación
> de medias del efecto fijo y del efecto Localidad. NO ser si es posible hacer
> tal cosa con los efectos aleatorios. He probado de todos, con lme y lmer
> pero no he podido introducir las interacciones deseada ni al final he podido
> hacer un LSD o SNK.
>
> Como puedo implementarlo en R (teniendo en cuenta los efectos e
> interacciones anteriores (A,L,G)) y al final hacer una comparación de medias
> del Genotipo (G) (LSD o SNK)?
>
> Muchas gracias
>
> Atentamente
>
> Marçal Plans
>
> --
> UPC-ESAB.
> Campus del Baix Llobregat . Edifici D4. C. Esteve Terradas, 8. 08860
> Castelldefels
> http://www.esab.upc.edu/
> Despatx: 27
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