Hola Estefanía,

El problema que estás teniendo es un problema de memoria.

Inicialmente cuando lees tu matriz por primera vez seguramente no tengas
problemas, pero cuando ejecutas "cor", la función internamente creará alguna
copia adicional de la matriz y en ese momento sobrepasas el límite de
memoria que R puede manejar en tu máquina y Sistema Operativo.

La solución a este problema, si quieres seguir trabajando con toda la matriz
original, es complicada, y pasa por que utilices las múltiples funciones que
gestionan memoria en R. Hay múltiples entradas en las listas de R sobre este
tema.

Como solución alternativa tienes desde utilizar librerías específicas para
manejar matrices muy grandes (ff, bigmemory, etc), hasta utilizar una
solución intermedia en la que realices la correlación en tu matriz pero por
partes más manejables. Dividiendo en dos o tres partes la matriz (por las
columnas, las filas no son problema). Seguramente aparecerán problemas
adicionales de cómo almacenar los resultados de la correlación, pero bueno,
piensa en ello y si efectivamente aparecen vuelves a preguntar a la lista.

Saludos,
Carlos Ortega
www.qualityexcellence.es


On Tue, Mar 29, 2011 at 5:51 AM, Estefania Ruiz Vargas <eruizvar@uwo.ca>wrote:

> claro, esto es lo que me da:
>
>
>
> > str(datExpr)
>  num [1:609, 1:209497] 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
>  - attr(*, "dimnames")=List of 2
>   ..$ : chr [1:609] "X0" "X0.1" "X0.2" "X0.3" ...
>   ..$ : NULL
>
>
> > dim(datExpr)
> [1]    609 209497
>
>
> > sessionInfo()
> R version 2.12.2 (2011-02-25)
> Platform: x86_64-unknown-linux-gnu (64-bit)
>
>
> locale:
>  [1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8       LC_NUMERIC=C
>  [3] LC_TIME=en_US.UTF-8        LC_COLLATE=en_US.UTF-8
>  [5] LC_MONETARY=C              LC_MESSAGES=en_US.UTF-8
>  [7] LC_PAPER=en_US.UTF-8       LC_NAME=C
>  [9] LC_ADDRESS=C               LC_TELEPHONE=C
> [11] LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C
>
>
>
> attached base packages:
> [1] splines   stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods
> [8] base
>
>
> other attached packages:
>  [1] WGCNA_1.00          qvalue_1.24.0       flashClust_1.00-3
>  [4] moduleColor_1.08    dynamicTreeCut_1.21 Hmisc_3.8-3
>  [7] survival_2.36-5     impute_1.24.0       cluster_1.13.3
> [10] class_7.3-3         MASS_7.3-11
>
>
> loaded via a namespace (and not attached):
> [1] grid_2.12.2     lattice_0.19-17 tcltk_2.12.2    tools_2.12.2
>
>
> Estefanía
>
>
>
>
> ----- Original Message -----
> From: Jorge Ivan Velez <jorgeivanvelez@gmail.com>
> Date: Monday, March 28, 2011 11:30 pm
> Subject: Re: [R-es] Error en cor, too many elements specified
> To: Estefania Ruiz Vargas <eruizvar@uwo.ca>
> Cc: r-help-es@r-project.org
>
> > Buenas noches Estafania,
>
>
> > Podrias por favor enviarnos los resultados de
> >
>
> > str(datExpr)
> > dim(datExpr)
> > sessionInfo()
> >
>
> > ?
> >
>
> > Esta informacion nos ayudara a ayudarte.
> >
>
> > Gracias,
> > Jorge Ivan Velez
> >
>
> >
> > 2011/3/28 Estefania Ruiz Vargas <>
> > Hola, tengo una serie de datos datExpr, al usar cor() :
> > cor(datExpr ,method = "pearson", use ="pairwise.complete.obs")
> > me da el siguiente error
> > allocMatrix: too many elements specified
> > Trate con "complete.obs", "na.or.complete", y el resto de las opciones
> para "use", pero siempre me da algun error.
> > ¿Alguna idea de como puedo hacer que cor() lea todo mis datos?
> >
> >
> > Gracias
> > Estefanía
> >
> >
> >
> >        [[alternative HTML version deleted]]
> >
> >
> > _______________________________________________
> > R-help-es mailing list
> > R-help-es@r-project.org
> > https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
> >
> >
>
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>        [[alternative HTML version deleted]]
>
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