Buen día miembros de la lista, el asunto es el siguiente:

Comparé 10 medias (desbalanceadas) usando la prueba de Scheffe (debido 
al desbalance) para determinar diferencias entre ellas habiendo hecho, 
previamente, un ANOVA y determinando que el factor (cuyos niveles 
presentaron las 10 medias mencionadas) tuvo efectos significativos sobre 
la variable evaluada.

Pues bien, usando el paquete "agricolae", llevé a cabo la prueba y 
obtuve lo siguiente:

> scheffe.test(glm(sqrt(Peso.fresco.raíz)~Trat.HB) ,"Trat.HB" , 
> alpha=0.05 ,  group=T)
>
> Study:
>
> Scheffe Test for sqrt(Peso.fresco.raíz)
>
> Mean Square Error  : 0.4318847
>
> Trat.HB,  means
>
>          sqrt.Peso.fresco.raíz.   std.err replication
> h(C14)                 1.587274 0.1687402           8
> H(C14)                 2.988653 0.2350389           8
> h(Cntrl)               2.570904 0.2264207           7
> H(Cntrl)               2.159599 0.1625178           8
> h(F3)                  2.496983 0.2091906           8
> H(F3)                  2.645309 0.3119217           7
> h(ICA)                 2.146164 0.2946498           8
> H(ICA)                 2.667895 0.2052299           8
> h(MET)                 2.376386 0.4391936           6
> H(MET)                 3.006456 0.1068845           8
>
> alpha: 0.05 ; Df Error: 66
> Critical Value of F: 2.025121
>
> Harmonic Mean of Cell Sizes  7.533632
> Minimum Significant Difference: 1.445584
>
> Means with the same letter are not significantly different.
>
> Groups, Treatments and means
> a      H(MET)        3.006456
> a      H(C14)        2.988653
> ab      H(ICA)        2.667895
> ab      H(F3)         2.645309
> ab      h(Cntrl)      2.570904
> ab      h(F3)         2.496983
> ab      h(MET)        2.376386
>  bc      H(Cntrl)      2.159599
>  bc      h(ICA)        2.146164
>   c      h(C14)        1.587274

Pueden observar que en la función se señaló que se agruparan las medias 
("group=T"). Sin embargo, al apagar esta opción, se pudo observar que 
sólo se presentó una diferencia significativa entre 2 de las medias 
(resultado que no se plasma para no atiborrar más con texto). Pero con 
los resultados antes mostrados puede observarse un detalle:

    /La diferencia mínima significativa de la prueba fue 1.445584 y la
    diferencia entre las medias de los tratamientos H(MET) y h(C14) (los
    valores extremos), es de 1.419182. Aún siendo flexibles, esto
    implicaría que sólo existe diferencia entre las medias con valores
    extremos, pero la agrupación que hace la función indica más
    diferencias. La agrupación que se hace en la función scheffe.test se
    asemeja mucho a la producida por la función LSD.test, que a
    continuación, plasmo para las mismas medias:
    /


> LSD.test(glm(sqrt(Peso.fresco.raíz)~Trat.HB) , "Trat.HB"  , alpha=0.05 
> , p.adj="none", group=T , main="Comparación de medias")
> Study:
> LSD t Test for sqrt(Peso.fresco.raíz)
> Mean Square Error:  0.4318847
> Trat.HB,  means and individual ( 95 %) CI
>
>                    sqrt.Peso.fresco.raíz.   std.err             
> replication      LCL      UCL
> h(C14)         1.587274                     0.1687402           8   
>       1.250373     1.924174
> H(C14)         2.988653                     0.2350389           8     
>     2.519383     3.457923
> h(Cntrl)       2.570904                     0.2264207           7     
>     2.118840     3.022967
> H(Cntrl)       2.159599                     0.1625178           8     
>     1.835121     2.484076
> h(F3)           2.496983                     0.2091906           8     
>     2.079321     2.914646
> H(F3)           2.645309                     0.3119217           7     
>     2.022537     3.268080
> h(ICA)          2.146164                     0.2946498           8     
>     1.557877     2.734451
> H(ICA)         2.667895                     0.2052299           8     
>     2.258141     3.077650
> h(MET)        2.376386                     0.4391936           6     
>     1.499508     3.253265
> H(MET)        3.006456                     0.1068845           8     
>     2.793055     3.219858
>
> alpha: 0.05 ; Df Error: 66
> Critical Value of t: 1.996564
>
> Least Significant Difference 0.6760519
> Harmonic Mean of Cell Sizes  7.533632
> Means with the same letter are not significantly different.
>
>     Groups, Treatments and means
>     a      H(MET)        3.006456
>     a      H(C14)        2.988653
>     ab      H(ICA)        2.667895
>     ab      H(F3)         2.645309
>     ab      h(Cntrl)      2.570904
>     ab      h(F3)         2.496983
>     ab      h(MET)        2.376386
>      bc      H(Cntrl)      2.159599
>      bc      h(ICA)        2.146164
>       c      h(C14)        1.587274
>

Al respecto quiero preguntarles:
¿Es este detalle un bug?
¿Debería reportarlo a los autores del paquete?
Me parece que el problema está en el algoritmo de agrupación ¿existe 
alguna forma de corregirlo en mi posición como usuario?


Les agradezco su atención, que tengan buen día.



	[[alternative HTML version deleted]]

