Hola,
cbind(incidence,size - incidence) no tiene nada que ver con la sintaxis del
modelo, usa cbind para construir la variable (lo que en tu caso sería
abundancia), aunque viendo esto parece una variable con dos columnas, eso no
lo entiendo.
(1 | herd) es para especificar que herd es el factor aleatorio.

No se como incluir lo de las medidas repetidas, pero yo he hecho hace poco
un analisis teniendo en cuenta muestreos en las mismas parcelas a lo largo
de un año. Introdciendo el tiempo (en mi caso 10 visitas) como una variable
*continua* (a la derecha del ~) me daba unas salidas fáciles de intrepretar
que permitían estudiar los cambios con el tiempo.
Mi modelo era:
variable~factor_fijo + visita + visita:factor_fijo + (1|factor aleatorio)

Ojo, que no conozco los intringulis del lmer y puede que haya una solución
más sencilla o más correcta.

Espero que te sirva.

El 15 de junio de 2010 14:52, Eduardo Trumper
<eduardo.trumper@gmail.com>escribió:

> Gracias Olivier
>
> Tu sugerencia fue esta:
> "Suponiendo que tus datos tienen el formato de un data.frame con  los
> siguientes nombres para sus columnas:
> names(datos) =c("Fecha","Muestreo","Bloque,"Sistema","Abundancia"")
> Entonces para estimar los efectos simple (es decir sin interacción) de
> estos
> factores sobre la abundancia de insectos, puedes utilizar la función:
> glm(Abundancia ~ Fecha+Muestreo+Bloque+Sistema, family=poisson, data=datos)
> Un saludo. Olivier"
>
> Ahora bien, me pregunto si esta sintaxis no es la que corresponde a un
> modelo lineal generalizado, digamos, "común". En este caso, "Muestreo"
> aparece como cualquier otro factor. ¿Cómo hace R para "saber" que Muestreo
> es la variable longitudinal? En el libro de Faraday ("Extending linear with
> R") se muestra un ejemplo con la función lmer. En el paquete lmer4, al
> consultar el help aparece el siguiente ejemplo:
> ## generalized linear mixed model
> (gm1 <- glmer(cbind(incidence, size - incidence) ~ period + (1 | herd),
> family = binomial, data = cbpp))
> En este ejemplo, el archivo de datos tiene a period como los tiempos en que
> se repiten las medidas; herd son los grupos en los que se miden las
> variables respuesta (incidence y size). En cada herd se toman 4 mediciones
> repetidas en el tiempo (period).
> El problema es que no entiendo la sintaxis: ¿Qué significa cbind(incidence,
> size - incidence) ? ¿Y qué significa (1 | herd)?
>
> Gracias
>
> Eduardo Trumper
>
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