[R-es] Espcificar analisis de medidas repetidas en lme()

[Jaume Tormo]

Hola Javier,

No, los sitios están muy cercanos, menos de 500 m, así que cuando es
invierno es invierno igual para todos.

Muchas gracias.

El mié, 12 ene 2022 a las 12:48, Javier Marcuzzi (<
javier.ruben.marcuzzi using gmail.com>) escribió:

> Estimado Jaume Tormo
>
> Desconozco lo que busca o de que son sus datos, pero, la relación sitio y
> visita, depende que, tiene por ejemplo efecto climático y se espera que el
> clima no sea el mismo en cada sitio, lógicamente, si es en una misma
> localidad el clima entre los sitios no tendría diferencia. La escritura en
> R no cambia tanto, demora algo más el cálculo, pero si es necesario no
> queda otra.
>
> Javier Rubén Marcuzzi
>
> El mié, 12 ene 2022 a las 7:38, Jaume Tormo (<jautorbla using gmail.com>)
> escribió:
>
>> Muchas gracias los tres.
>>
>> Al final me voy a quedar con
>>
>> lme(x ~ sitio + visita, random = ~ visita|id, data = datos)
>>
>> En la parte fija le digo a R que es importante tener en cuenta tanto
>> visita
>> como sitio, pero no especifico * por que no espero que haya una
>> interacción, el efecto sitio será parecido en todas las visitas.
>> En la parte aleatoria aviso a R de que los puntos de medida son los mismos
>> a lo largo de las visitas.
>>
>> Recopilo Algunos enlaces que me han sido útiles incluyendo los vuestros:
>> - https://m-clark.github.io/docs/mixedModels/anovamixed.html#mixed_model
>> - Apartado 2.4. de
>>
>> https://www.researchgate.net/profile/Hensley-Mariathas-3/post/How_should_I_construct_my_multilevel_model_in_R/attachment/59d646d579197b80779a1cb9/AS%3A459836811943936%401486645047128/download/Appendix-Mixed-Models.pdf
>> - Apartado 3 de
>>
>> https://www.crumplab.com/psyc7709_2019/book/docs/a-tutorial-for-using-the-lme-function-from-the-nlme-package-.html
>>
>> Gracias de nuevo,
>>
>> Jaume.
>>
>>
>>
>>
>>
>>
>> El mar, 11 ene 2022 a las 20:02, Javier Marcuzzi (<
>> javier.ruben.marcuzzi using gmail.com>) escribió:
>>
>> > Estimado Jaume Tormo
>> >
>> > Tal como comenta Carlos Bellosta, hay algo entre lme, lmer, lme4, todo
>> es
>> > muy semejante pero para ciertas cosas uno es más potente o flexible que
>> el
>> > otro.
>> > Justo ahora no estoy al alcance para enviar la cita de un libro donde
>> está
>> > un ejemplo sobre lo que usted pregunta. Reién mire en internet y
>> encontré
>> > esto, no es justo pero compara alternativas.
>> >
>> > 6 Paquete nlme | Modelos Mixtos con R (fhernanb.github.io)
>> > <https://fhernanb.github.io/libro_modelos_mixtos/pac-nlme.html>
>> >
>> > Creo que el libro que tiene lo que usted necesita es The Nlme Package:
>> > Linear and Nonlinear Mixed Effects Models, si no recuerdo mal, el
>> ejemplo
>> > es de unos autos o fábrica de autos, los motores, y el tiempo según los
>> > trabajadores, cada vez lo complican más, digamos que desde un lugar
>> > realizan la complejidad desde lo simple y sumando paso a paso. Lo
>> > interesante es cómo agregando parámetros, o reescribiendo a partir de
>> > lo mismo, avanzan cada vez más.
>> >
>> > Mire en GLMM FAQ (bbolker.github.io)
>> > <
>> https://bbolker.github.io/mixedmodels-misc/glmmFAQ.html#additive-and-generalized-additive-mixed-models>
>> la
>> > definición de los modelos.
>> >
>> > Pero debe estar por ahí el ejemplo de car motors R time, y cómo lo van
>> > complicando.
>> >
>> > Javier Rubén Marcuzzi
>> >
>> > El mar, 11 ene 2022 a las 10:24, Jaume Tormo (<jautorbla using gmail.com>)
>> > escribió:
>> >
>> >> Hola,
>> >>
>> >> Estoy tratando de especificar un modelo de medidas repetidas que es
>> como
>> >> sigue:
>> >> - 4 sitios de estudio. (A-D)
>> >> - Dentro de cada sitio hay 5 puntos donde se mide la variable X
>> >> - Repetimos las medidas en el tiempo. Los lugares y puntos son los
>> mismos
>> >> en cada visita.
>> >>
>> >> Tenemos las siguientes variables:
>> >> id - identificador del punto de medida
>> >> sitio - Los cuatro lugares donde se mide sitio1, sitio2, ... sitio4
>> >> visita - La visitas que se hacen para medir. visita1, visita2,...
>> visitaN
>> >> x - variable medida
>> >>
>> >> Lo voy a analizar con lme pero no estoy seguro de cómo especificar
>> esto en
>> >> la fórmula. Yo creo que es así:
>> >>
>> >> lme(x~sitio, random = ~ 1|id/visita, data = datos)
>> >>
>> >> Porque entiendo que hay que decir id/visita para que R entienda que a
>> lo
>> >> largo de las visitas los id son el mismo punto de medida.
>> >> Pero no estoy seguro de si debe ser al revés ~1|visita/id
>> >>
>> >> ¿Que opinais?¿Voy por buen camino?
>> >>
>> >> Muchas gracias.
>> >>
>> >> --
>> >> Jaume Tormo.
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