[R-es] PDP con XgBoost

Manuel Mendoza mmendoz@ @end|ng |rom |u|br|ghtm@||@org
Jue Abr 15 04:15:46 CEST 2021


Gracias Eric (veo que tú también trasnochas), así es como lo hice con
clasificación binaria y funcionó. Con regresión me da este error (entre
otros):

Error in if (object$params$objective %in% c("reg:linear", "reg:logistic",
 : argumento tiene longitud cero

pero todo esto es bastante nuevo y apenas hay información en la red.

De todas formas, con DALEX, que me aconsejó Carlos, es rápido y sencillo.
Además, hace LIME y Shapley, que también me interesan, por lo que me paso a
DALEX.

Gracias, en cualquier caso,
Manuel

El jue, 15 abr 2021 a las 3:58, Eric Concha (<ericconchamunoz using gmail.com>)
escribió:

> Quizá te sirve así:
> Se calcula el pdp con la función partial() del paquete pdp,
> luego graficas con ggplot():
>
> # CALCULAR EL PDP
>  bdst_edadagnospdp <- pdp::partial(dat.rfr, pred.var="edadagnos")
>
> # CAMBIAR EL NOMBRE A LA COLUMNA DE DATOS CALCULADOS, PARA EL GRAFICO
>  names(bdst_edadagnospdp)[2] <- "bdst_pb"
>
> # GRAFICAR LA CURVA CALCULADA POR PDP SOBRE EL SET DE DATOS PARA TESTING
>  ggplot(dat.test, aes(edadagnos,bdst_pb)) +
>     geom_density_2d_filled(show.legend = FALSE) + geom_point(size=0.1,
>     col="white") + ylim(-1,6) + xlim(8,13) +
>     geom_line(data=bdst_edadagnospdp, col="red", size=1.5)
>
> la curva calculada con pdp se agrega sobre los datos para testing al
> final del ggplot, en la parte de geom_line(data=bdst_edadagnospdp,
> col="red", size=1.5)
>
> puedes mirar los detalles de la funcion pdp con ?pdp.
>
> Ojalá te sirva,
>
> Saludos !!
>
> Eric.
>
>
>
>
> On Wed, 14 Apr 2021 21:03:39 +0200
> Manuel Mendoza <mmendoza using fulbrightmail.org> wrote:
>
> > Buenas, ¿alguien ha calculado alguna vez partial dependence plots con
> > XgBoost? Yo lo he conseguido con el paquete PDP y clasificación
> > binaria, pero llevo horas intentándolo con regresión y no hay forma.
> > Apenas hay ejemplos en la red, y utilizan caret o h2o, que de momento
> > no me sirven. Gracias,
> > Manuel
> >
> >       [[alternative HTML version deleted]]
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