[R-es] Significancia de clusters

Carlos Ortega co| @end|ng |rom qu@||tyexce||ence@e@
Mie Jun 12 13:42:33 CEST 2019


Hola,

El índice de "Bray-Curtis" para la medida de distancias entre clústers lo
tienes implementado en el paquete "*vegan*" en la función "*vegdist()*".
https://cloud.r-project.org/web/packages/vegan/index.html

Gracias,
Carlos Ortega
www.qualityexcellence.es

El sáb., 8 jun. 2019 a las 17:21, Fernando Archuby (<farchuby using gmail.com>)
escribió:

> Buenos días/tardes/noches.
>
> Estoy analizando datos de conteos de especies por muestra (paleontología,
> pero es similar a un estudio de comunidades actules). Mi matriz consiste en
> 112 muestras y 113 especies. Probé diferentes estrategias para armar
> clusters con significado (paleo) biológico. Las dos opciones que me quedé
> son la distancia Chord y Bray-Curtis (sobre el log x+1 de las
> proporciones), en los dos casos con UPGMA. Bien, me encontré con un
> problema al querer evaluar la relevancia (significación) de los clusters
> con el paquete pvclust(), que hace un remuestreo con diferentes tamaños
> muestrales y calcula una especie de probabilidad de significación de cada
> cluster (nodo). Bien, pude hacerlo, siguiendo instrucciones de Borcard et
> al (2018) para el caso de Chord pero no Bray-Curtis. No me doy cuenta de
> cómo especificar el método de cálculo de la matriz de distancia
> (disimilitud)....En pvclust() se debe especificar el método de cálculo de
> las distancias (dist.method) pero entre las opciones no encuentro cómo
> calcular la distancia de Bray-Curtis. Díganme qué otra info puedo darles
> para ampliar. Y muchas gracias!
>
> http://127.0.0.1:30722/library/pvclust/html/pvclust.html
>
> Borcard, D., Gillet, F., & Legendre, P. (2018). Numerical Ecology with R.
> https://doi.org/10.1007/978-3-319-71404-2
>
> Saludos,
>
> Fernando.
>
>
> --
>
> *Dr. Fernando M. Archuby*
> CONICET-UNLP
> Teléfono Personal: +54-221-15-6129667.
> farchuby using gmail.com
>
>         [[alternative HTML version deleted]]
>
> _______________________________________________
> R-help-es mailing list
> R-help-es using r-project.org
> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
>


-- 
Saludos,
Carlos Ortega
www.qualityexcellence.es

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