[R-es] Coeficientes GLM binomial

[Jaume Tormo]

Muchas gracias Marcelino y Manuel,

He seguido vuestros consejos, pero sigo teniendo el mismo problema.
Creo que lo que me ocurre es que no se como montar la formula con los
valores de temperatura, potencial y tiempo.
Lo que quiero decir es:
Yo a R le especifico que el modelo es así:
ger~tem+pot+time+I(tem^2)+I(tem^2):pot
Pero para hacer eso a mano, con los valores de mis variables (temperatura,
potencial y tiempo) ¿La formula que debería usar es esta?
0,0006077 + 0,7043138*temp + 0,9962766*pot + 0,5060756*time +
0,4923288*temp^2 + 0,4997649*temp^2*pot
Donde los números son los valores de los coeficientes y temp, pot y time
son los valores de mis variables, los que cambio en la formula para
predecir la germinación en distintas condiciones.
Al hacer el predict me da valores entre 0 y 1 que son probabilidades, pero
al aplicar esta formula me da valores mayores de 1, no tiene sentido.
Preguntado de otra forma ¿Si en R pone I(tem^2):pot eso equivale a
0,4997649*temp^2*pot? Siendo 0,4997649 el valor del coeficiente.

Muchas gracias.

Jaume.



El jue., 28 nov. 2019 a las 13:27, Jaume Tormo (<jautorbla using gmail.com>)
escribió:

> Estimad using s errer using s
>
> He hecho este modelo glm
> m1.pile<-glm(ger~tem+pot+time+I(tem^2)+I(tem^2):pot
>              ,family="binomial"
>              ,data=long.PILE
>              )
> Que nos da la probabilidad de germinación de una semilla en función de tem
> (Temperatura), pot (Humedad del suelo) y time (Tiempo que la semilla pasa
> en esas condiciones).
> Ahora quiero, para diferentes tem, pot y time, predecir la probabilidad de
> germinación.
> Para eso uso:
> predict(m1.pile,newdata=data.frame(tem=15,pot=-0.3,time=3),type="response")
> Con esto me da valores de probabilidad de germinación lógicos y razonables.
>
> Por razones ajenas a mi voluntad, necesito poder hacer esto mismo usando
> los coeficientes del modelo.
> Extraigo los coeficientes mediante:
> x<-coefficients(m1.pile)
> y los destransformo por que el GLM los transforma al decirle que es
> binomial (es lo mismo que hace “response” en el predict()... creo)
> Coeficientes buenos <- exp(x)/(1+exp(x))
>
> Hasta aquí todo teóricamente correcto ¿No?
> Al reconstruir la formula del modelo con los coeficientes buenos me queda
> esto:
> 0,0006077 + 0,7043138*temp + 0,9962766*pot + 0,5060756*time +
> 0,4923288*temp^2 + 0,4997649*temp^2*pot
>
> Pero al calcular esta formula con unos valores concretos de temp, pot y
> time, no me da los mismos valores que el predict con el mismo imput de
> temp, pot y time.
>
> Mi pregunta es ¿Lo que hay especificado en el modelo se corresponde con
> esta fórmula que yo he escrito aquí? Esa podría ser una causa del error.
> Mi otra pregunta es ¿Está bien el proceso que he hecho?
>
> Muchas gracias.
>
> Jaume.
>
> Dr. Jaume Tormo.
> Area of Ecology
> Departament of Agrarian and Environmental Sciences
> Technological College. Agri-food and Environment
> University of Zaragoza, Spain
> 0034 974292678
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>
>
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> --
> Jaume Tormo.
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