[R-es] Gráfico tiempos de supervivencia
Griera-
gr|er@ @end|ng |rom y@ndex@com
Mar Ago 6 17:16:22 CEST 2019
Hola Francisco:
Muchas gracias por este refinamiento.
Tienes razón, el gráfico de Lexis representa mucho mejor los datos.
Y gracias por el código. Lo guardo también para el futuro.
Saludos
On Tue, 6 Aug 2019 10:37:24 +0200
Francisco Viciana <franciscoj.viciana using juntadeandalucia.es> wrote:
> Hola, aunque con un poco de retraso, hago una aportación a este hilo:
>
> Si tienes un problema con dos escalas de tiempo sobre las que
> evolucionan las lineas de seguimiento, creo que es mejor que hacer un
> solo gráfico en forma de diagrama de Lexis, que dos gráficos
> independientes. Muestro ejemplo usando el paquete "Epi":
>
> # Código ----------------------------------------------------
>
> #---- Generar Datos ----
> rm(list = ls())
> set.seed(20)
> XTIEMPO_2 = c(38, 2, 34, 29, 30, 3, 14, 8, 18, 31) # Per fe el gràfic
> amb t=0
> set.seed(30)
> XTIEMPO_0 = sample(1:40, 10, replace=F)
> XTIEMPO_F = XTIEMPO_0 + XTIEMPO_2
> set.seed(20)
> XDEF = as.factor(sample(c("Mort", "Viu"), 10, replace=T))
>
> DATOS <- data.frame (
> ID = c (1:10)
> , TIEMPO_0 = XTIEMPO_0
> , TIEMPO_F = XTIEMPO_F
> , TIEMPO_2 = XTIEMPO_2 # Per fe el gràfic amb t=0
> , DEF = XDEF
> )
>
>
> names(DATOS)[2:5] <- c('marriage.age',
> 'output.age',
> 'duration','output')
>
> DATOS$output <- factor(DATOS$output,levels = c('Casado','Viu','Mort'))
> DATOS$entry <- factor('Casado',levels = c('Casado','Viu','Mort'))
>
> # Crea objeto Lexis:
> library(Epi)
> lx.Datos <- Lexis( entry=list(antiguedad.del.matrimonio=0,
> edad=marriage.age),
> exit=list(edad=output.age),
> entry.status = entry ,
> exit.status = output ,id=ID,data=DATOS,merge=F)
>
> #---- Muestra datos originales y transformados
> DATOS
> lx.Datos
>
> #---- Grafica: ----
>
> plot.Lexis(lx.Datos,time.scale = 1:2,col='blue')
> with(lx.Datos, points(x=lex.dur,y=edad+lex.dur,
> pch=c(NA,19,3)[as.integer(lex.Xst)],
> col=1 ))
> grid()
> legend('bottomright',legend = levels(lx.Datos$lex.Xst)[-1],
> pch=c(19,3),col=1)
>
> ## ----------------------------------------------
>
> On 19/7/19 15:03, Griera wrote:
> > Hola:
> >
> > Por si a alguien le interesa para un curso, aquí coloco la versión
> > definitiva de los dos gráficos que quería hacer (uno en escala del tiempo del calendario y la otra el tiempo de seguimiento) realizados gracias a la ayuda
> > de Carlos Ortega.
> >
> > Muchas gracias y saludos.
> >
> > # Código ----------------------------------------------------
> > set.seed(20)
> > # TIEMPO_2 = sample(1:40, 10, replace=F)
> > XTIEMPO_2 = c(38, 2, 34, 29, 30, 3, 14, 8, 18, 31) # Per fe el gràfic amb t=0
> > set.seed(30)
> > XTIEMPO_0 = sample(1:40, 10, replace=F)
> > XTIEMPO_F = XTIEMPO_0 + XTIEMPO_2
> > set.seed(20)
> > # XDEF = as.factor(sample(c(0,1), 10, replace=T))
> > XDEF = as.factor(sample(c("Mort", "Viu"), 10, replace=T))
> >
> > DATOS <- data.frame (
> > ID = c (1:10)
> > , TIEMPO_0 = XTIEMPO_0
> > , TIEMPO_F = XTIEMPO_F
> > , TIEMPO_2 = XTIEMPO_2 # Per fe el gràfic amb t=0
> > , DEF = XDEF
> > )
> >
> > library(ggplot2)
> >
> > ## Gràfic amb temps calendari
> > ggplot( data = DATOS ) +
> > geom_point( aes(x = TIEMPO_F, y = ID , shape = DEF), size = 5 ) +
> > geom_segment( aes( x = TIEMPO_0, y = ID, xend = TIEMPO_F, yend = ID ) ) +
> > scale_shape_manual (values = c(4, 16)) +
> > xlim (0, 70) +
> > xlab ("Data (temps del calendari)") +
> > ylab ("Persones") +
> > guides(colour = FALSE) +
> > labs(shape = ' ', values = c(4, 16)) +
> > scale_y_discrete() +
> > theme_classic() +
> > theme(axis.text.x = element_blank(), axis.ticks.x = element_blank())
> > ## Modificat
> > str (DATOS)
> > ggplot( data = DATOS ) +
> > geom_point( aes(x = TIEMPO_2, y = ID , shape = DEF), size = 5 ) +
> > scale_shape_manual (values = c(4, 16)) +
> > geom_segment( aes( x = 0, y = ID, xend = TIEMPO_2, yend = ID ) ) +
> > xlim (0, 70) +
> > xlab ("Temps de seguiment") +
> > ylab ("Persones") +
> > guides(colour = FALSE) +
> > labs(shape = ' ', values = c(4, 16)) +
> > scale_y_discrete() +
> > theme_classic()
> >
> > # Código ----------------------------------------------------
> >
> >
> > On Thu, 18 Jul 2019 14:21:24 +0200
> > Carlos Ortega <cof using qualityexcellence.es> wrote:
> >
> >> Hola,
> >>
> >> Sí, lo puedes hacer de esta forma...
> >>
> >> #-----------------
> >> set.seed(20)
> >> DATOS <- data.frame (
> >> ID = c (1:10)
> >> , TIEMPO = sample(1:40, 10, replace=F)
> >> , DEF = as.factor(sample(c(0,1), 10, replace=T))
> >> )
> >>
> >> library(ggplot2)
> >>
> >> ggplot( data = DATOS ) +
> >> geom_point( aes(x = TIEMPO, y = ID , shape = DEF, color = DEF), size = 5
> >> ) +
> >> geom_segment( aes( x = 0, y = ID, xend = TIEMPO, yend = ID ) ) +
> >> guides(colour = FALSE) +
> >> labs(shape = 'LEGEND') +
> >> scale_y_discrete() +
> >> theme_minimal()
> >> #-----------------
> >>
> >> E incluso puedes reproducirlo usando fuentes parecidas a la de los comics
> >> con el paquete "xkcd".
> >>
> >> Saludos,
> >> Carlos Ortega
> >> www.qualityexcellence.es
> >>
> >>
> >>
> >> El jue., 18 jul. 2019 a las 13:05, Griera-yandex (<griera using yandex.com>)
> >> escribió:
> >>
> >>> Hola Pedro:
> >>>
> >>> Gracias por la ayuda. No conocía esta manera más elegante de mostrar las
> >>> curvas de Kaplan-Meier. Te la compro.
> >>>
> >>> En realidad quería mostrar un gráfico con la longitud de les tiempos de
> >>> seguimiento y al final un símbolo para indicar el estado. Seria un gráfico
> >>> similar a:
> >>>
> >>> https://miro.medium.com/max/700/1*yHhG4TVcAAi29Ln88t0_5Q.png
> >>>
> >>> Pero no encuentro la manera de hacerlo. Igual no se puede.
> >>>
> >>> Muchas gracias y saludos.
> >>>
> >>> On Thu, 18 Jul 2019 10:28:37 +0000
> >>> PEDRO CONCEJERO CEREZO <pedro.concejerocerezo using telefonica.com> wrote:
> >>>
> >>>> Hola, te vale esto? Es forma estandar de representar graficos
> >>> supervivencia
> >>>> Basado en esto:
> >>>>
> >>>> https://rviews.rstudio.com/2017/09/25/survival-analysis-with-r/
> >>>>
> >>>> set.seed(20)
> >>>>
> >>>> DATOS <- data.frame (
> >>>> ID = c (1:10)
> >>>> , TIEMPO = sample(1:40, 10, replace=F)
> >>>> , DEF = sample(0:1, 10, replace=T)
> >>>> )
> >>>>
> >>>> DATOS
> >>>>
> >>>> library(survival)
> >>>>
> >>>> DATOS$DEF <- as.numeric(DATOS$DEF)
> >>>> DATOS$TIEMPO <- as.numeric(DATOS$TIEMPO)
> >>>>
> >>>> s <- Surv(DATOS$TIEMPO, DATOS$DEF)
> >>>> head(s)
> >>>>
> >>>> ## Kaplan-Meier estimator.
> >>>> km <- survfit(s ~ 1,
> >>>> data = DATOS,
> >>>> conf.type = "log-log")
> >>>>
> >>>> ## Show object
> >>>> km
> >>>>
> >>>> summary(km)
> >>>>
> >>>> plot(km)
> >>>>
> >>>> # Instala las librerías necesarias:
> >>>> library(ranger)
> >>>> library(ggplot2)
> >>>> library(dplyr)
> >>>> library(ggfortify)
> >>>>
> >>>> autoplot(km)
> >>>>
> >>>>
> >>>> El 18/07/2019 a las 12:00, r-help-es-request using r-project.org<mailto:
> >>> r-help-es-request using r-project.org> escribió:
> >>>> Envíe los mensajes para la lista R-help-es a
> >>>> r-help-es using r-project.org<mailto:r-help-es using r-project.org>
> >>>>
> >>>> Para subscribirse o anular su subscripción a través de la WEB
> >>>> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
> >>>>
> >>>> O por correo electrónico, enviando un mensaje con el texto "help" en
> >>>> el asunto (subject) o en el cuerpo a:
> >>>> r-help-es-request using r-project.org<mailto:
> >>> r-help-es-request using r-project.org>
> >>>> Puede contactar con el responsable de la lista escribiendo a:
> >>>> r-help-es-owner using r-project.org<mailto:
> >>> r-help-es-owner using r-project.org>
> >>>> Si responde a algún contenido de este mensaje, por favor, edite la
> >>>> linea del asunto (subject) para que el texto sea mas especifico que:
> >>>> "Re: Contents of R-help-es digest...". Además, por favor, incluya en
> >>>> la respuesta sólo aquellas partes del mensaje a las que está
> >>>> respondiendo.
> >>>>
> >>>>
> >>>> Asuntos del día:
> >>>>
> >>>> 1. Gráfico tiempos de supervivencia (Griera-yandex)
> >>>>
> >>>> ----------------------------------------------------------------------
> >>>>
> >>>> Message: 1
> >>>> Date: Thu, 18 Jul 2019 10:18:42 +0200
> >>>> From: Griera-yandex <griera using yandex.com><mailto:griera using yandex.com>
> >>>> To: Lista R <r-help-es using r-project.org><mailto:r-help-es using r-project.org>
> >>>> Subject: [R-es] Gráfico tiempos de supervivencia
> >>>> Message-ID: <20190718101842.280414d5 using debian-dde>
> >>>> Content-Type: text/plain; charset="utf-8"
> >>>>
> >>>> Buenos días a todos:
> >>>>
> >>>> Alguien me puede ayudar a hacer (si se puede) con unos datos similares a:
> >>>>
> >>>> set.seed(20)
> >>>> DATOS <- data.frame (
> >>>> ID = c (1:10)
> >>>> , TIEMPO = sample(1:40, 10, replace=F)
> >>>> , DEF = sample(0:1, 10, replace=T)
> >>>> );DATOS
> >>>>
> >>>> un gráfico que muestre los tiempos de supervivencia similar a:
> >>>> https://miro.medium.com/max/700/1*yHhG4TVcAAi29Ln88t0_5Q.png
> >>>>
> >>>> Lo he intentado con la función followup.plot del paquete
> >>>> "epiDisplay" (
> >>> https://cran.r-project.org/web/packages/epiDisplay/index.html),
> >>>> pero no encuentro la forma.
> >>>>
> >>>> Muchas gracias y saludos.
> >>>>
> >>>>
> >>>>
> >>>>
> >>>> ------------------------------
> >>>>
> >>>> Subject: Pié de página del digest
> >>>>
> >>>> _______________________________________________
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> >>>> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
> >>>>
> >>>>
> >>>> ------------------------------
> >>>>
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> >>>> *********************************************
> >>>>
> >>>>
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