[R-es] Paquete dismo, cálculo coeficiente de variación

[Marcelino de la Cruz Rot]

Hola Jaume:

Si miras el código de biovars() verás que la variable bio15 (el 
coeficiente de variación de la precipitación) la obtiene sumando 
previamente 1 a "prec":

p[, 15] <- apply(prec + 1, 1, cv)


Es decir, en tu caso,

 > cv(prec+1)
[1] 109.9637

Lo que coincide con lo proporcionado por biovars, mientras que

 > cv(prec)
[1] 112.5923

  coincide con tu cálculo manual.

En la página web de WorldClim, donde definieron originalmente esta 
variable no he encontrado una explicación de este sumatorio, pero 
tampoco he buscado mucho...Tal vez en alguno de los artículos en los que 
se describe esta base de datos den razón de este sumatorio.

Saludos,

Marcelino






El 19/06/2018 a las 11:43, Jaume Tormo escribió:
> Estimados erreros,
>
> Estoy intentando entender como calcula el paquete dismo (
> https://cran.r-project.org/web/packages/dismo/index.html) un coeficiente de
> variación. Os pongo un ejemplo:
> tmin <- c(10,12,14,16,18,20,22,21,19,17,15,12) # temperatura mínima media
> mensual de un año
> tmax <- tmin + 5 # temperatura máxima media mensual de un año
> prec <- c(0,2,10,30,80,160,80,20,40,60,20,0) #precipitación media mensual
> de un año
> biovars(prec, tmin, tmax) #este comando calcula una serie de variables
> relevantes para la distribución de especies.
> #El resultado es:
>          bio1 bio2     bio3     bio4 bio5 bio6 bio7 bio8     bio9 bio10
> bio11
> [1,] 18.83333    5 29.41176 384.5501   27   10   17 22.5 13.83333  23.5
> 13.83333
>       bio12 bio13 bio14    *bio15* bio16 bio17 bio18 bio19
> [1,]   502   160     0 *109.9637*   320     2   260     2
>
> La que a mi me interesa es bio15 el coeficiente de variación de la
> precipitación, pero no me da lo que yo esperaba que me diera:
>
>> (sd(prec)/mean(prec))*100
> [1] *112.5923*
>
> ¿Hay otra forma de calcular el Coeficiente de variación? Me estoy perdiendo
> algo. En el manual del paquete (
> https://cran.r-project.org/web/packages/dismo/dismo.pdf), no explica como
> calcula el indice de variación ¿Hay alguna forma de rebuscar en dentro de
> biovars para saber que está haciendo?
>
> Muchas gracias.
>
>

-- 
Marcelino de la Cruz Rot
Depto. de Biología y Geología
Física y Química Inorgánica
Universidad Rey Juan Carlos
Móstoles España