[R-es] paquete Rcmdr y BiodiversityR

Luis E luisespo00 en hotmail.com
Jue Feb 16 13:34:12 CET 2017 

Estimado Manuel,

muchas gracias por responder también.


Aqui están los ejemplos del libro "Tree diversity analysis” que yo estaba siguiendo. La version actualizada del paquete BiodiversityR actualizo el parámetro method. Entonces method=s ahora es method= pooled.


To calculate the total species richness for separate sites:

       Diversity.2 <-  diversityresult(dune, index=’richness’,
         method=’s’)


       Diversity.2
       summary(Diversity.2)
       Diversity.3 <- diversityresult(dune[1:2,], index=’richness’)
       Diversity.3


To compare the total number of species for various subsets of data:

       Diversity.4 <- diversitycomp(dune, y=dune.env,
         factor1=’Management’, index=’richness’ ,method=’all’)


Diversity.4

To calculate a sample-based species accumulation curve

       Accum.1 <- accumresult(dune, method=’exact’)
       Accum.1
       accumplot(Accum.1)
       Accum.2 <- accumresult(dune, method=’random’,


         permutations=1000)
       Accum.2


       accumplot(Accum.2)



Aqui esta la version aculizada del parametro method:

 Method of calculating the diversity statistics: "pooled" calculates the diversity of the entire community (all sites pooled), "each site" calculates diversity for each site separetly, "mean" calculates the average diversity of the sites, "sd" calculates the standard deviation of the diversity of the sites, whereas "jackknife" calculates the jackknifed diversity for the entire data frame.



El 16 feb. 2017, a las 00:24, Manuel Spínola <mspinola10 en gmail.com<mailto:mspinola10 en gmail.com>> escribió:

Hola Luis,

Pero son tus argumentos correctos? Yo no veo un método "s".

diversitycomp(x, y = NULL,
    factor1 = NULL ,factor2 = NULL,
    index=c("Shannon", "Simpson", "inverseSimpson", "Logalpha", "Berger",
        "richness", "abundance", "Jevenness", "Eevenness",
        "jack1", "jack2", "chao", "boot"),
    method=c("pooled", "mean", "sd", "jackknife"),
    sortit=FALSE, digits=8)



El 15 de febrero de 2017, 11:52, Luis E <luisespo00 en hotmail.com<mailto:luisespo00 en hotmail.com>> escribió:
Estimados,

Muchas gracias por sua ayuda, ya pude instalar data.table y esta funcionando.

Respecto al paquete biodiversityR, no se porque ahora no me corre. El script esta correcto, pero no se porque me tira error.




> fase<-diversitycomp(biobsp, y=biopcat,factor1="Fase",index="richness",method=“s")
Error in diversitycomp(biobsp, y = biopcat, factor1 = "Fase", index = "richness",  :
  choose an accepted method, not method: s


Gracias a ambos por su ayuda.


Saludos, Luis


El 15 feb. 2017, a las 12:44, Carlos Ortega <cof en qualityexcellence.es<mailto:cof en qualityexcellence.es><mailto:cof en qualityexcellence.es<mailto:cof en qualityexcellence.es>>> escribió:

Ya...
El problema que pareces tener en tu Mac es que no tienes ninguna librería de desarrollo instalada y no puedes compilar data.table.
¿Tienes instalado el Xcode?.

Es la aplicación de desarrollo (gratuita) para Mac del propio Apple. Esta aplicación contiene diferentes compiladores que te permitirán compilar el paquete y otros muchos que necesiten de esta compilación. Para conseguir "Xcode" tienes que ir a "Actualización de software..." y dentro de "Comprado" te debiera de aparecer. O vaya en tu acceso al AppStore búscala e instálala...

Cuando la instales, la abres y la cierras, de esta forma ya se aplican todas las variables de configuración, que permitirán ya decir al compilador de "R" donde buscar los compiladores necesarios.

Y ya tras hacer esto, podrás compilar data.table...

Saludos,
Carlos Ortega

2017-02-15 16:36 GMT+01:00 Luis E <luisespo00 en hotmail.com<mailto:luisespo00 en hotmail.com><mailto:luisespo00 en hotmail.com<mailto:luisespo00 en hotmail.com>>>:
Gracias Carlos,

ya intente instalar varias veces el paquete data.table, pero no se porque no lo puede instalar

Aqui mando la salida:


> install.packages("data.table")

  There is a binary version available but the source version is later:
           binary source needs_compilation
data.table 1.10.0 1.10.4              TRUE

Do you want to install from sources the package which needs compilation?
y/n: y
installing the source package 'data.table'

probando la URL 'https://cran.rstudio.com/src/contrib/data.table_1.10.4.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 3068135 bytes (2.9 MB)
==================================================
downloaded 2.9 MB

Durante la inicializaci'on - Warning messages:
1: Setting LC_CTYPE failed, using "C"
2: Setting LC_TIME failed, using "C"
3: Setting LC_MESSAGES failed, using "C"
4: Setting LC_MONETARY failed, using "C"
* installing *source* package 'data.table' ...
** package 'data.table' successfully unpacked and MD5 sums checked
** libs
xcrun: error: invalid active developer path (/Library/Developer/CommandLineTools), missing xcrun at: /Library/Developer/CommandLineTools/usr/bin/xcrun
ERROR: compilation failed for package 'data.table'
* removing '/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.3/Resources/library/data.table'
Warning in install.packages :
  installation of package 'data.table' had non-zero exit status

The downloaded source packages are in
'/private/var/folders/wc/fkdhnf4j27z9h3s2bck8ntxh0000gn/T/RtmpvGHO4t/downloaded_packages'



El 15 feb. 2017, a las 12:28, Carlos Ortega <cof en qualityexcellence.es<mailto:cof en qualityexcellence.es><mailto:cof en qualityexcellence.es<mailto:cof en qualityexcellence.es>>> escribió:

El error que estás teniendo te dice que lo que te falta es el paquete "data.table"....
Prueba a instalar este paquete y lánzalo de nuevo.

Saludos,
Carlos Ortega
www.qualityexcellence.es<http://www.qualityexcellence.es/><http://www.qualityexcellence.es/>

El 15 de febrero de 2017, 15:58, Luis E <luisespo00 en hotmail.com<mailto:luisespo00 en hotmail.com><mailto:luisespo00 en hotmail.com<mailto:luisespo00 en hotmail.com>>> escribió:

Estimados,

Soy usuario de Mac y desde que instale la nueva version de R y  Rstudio, no puedo cargar el paquete Rcmdr. Lo miso me pasa con el paquete BiodiversityR.

Alguien tiene alguna posible solución?

Desde ya muchas gracias.

Saludos, Luis


> library(Rcmdr)
Loading required package: RcmdrMisc
Error in loadNamespace(j <- i[[1L]], c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[j]]) :
  there is no package called 'data.table'
Error: package 'RcmdrMisc' could not be loaded

        [[alternative HTML version deleted]]

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