[R-es] Comparación de probabilidades de supervivencia en R
Pedro Concejero Cerezo
pedro.concejerocerezo en telefonica.com
Vie Ago 12 10:56:48 CEST 2016
Hola, Manuel
No es precisamente mi especialidad, pero no es dificil encontrar informacion, por ejemplo
https://www.google.es/search?q=r+logrank+survival+multiple+comparisons
Encuentro ademas de la muy recomendable aunque muy teorica pregunta en stackexchange (primer resultado) lo siguiente:
http://artax.karlin.mff.cuni.cz/r-help/library/RVAideMemoire/html/surv.multcomp.html
Sobre la salida que muestras, mira si lo que pones es la salida de survdiff o de survfit. Lo que tienes en esa salida es la descripcion de la curva de supervivencia usando Kaplan-Meier, con su intervalo de confianza. Los puntos en time son aquellos para los que hay eventos en tus datos. Aqui no hay comparacion estadistica, es un metodo descriptivo y no parametrico de la supervivencia.
Haz un print de survdiff, ese es el que te da el contraste estadistico de comparacion de supervivencia entre grupos.
El 11/08/2016 a las 18:12, Manuel Spínola escribió:
Muchas gracias Pedro.
Entiendo. Pero tengo otro caso en el que la diferencia es estadísticamente significativa, pero como son 5 grupos como podría ver cuales grupos son los diferentes con survdiff. Por otro lado, no quiero ver significancia estadística sino que prefiero evaluar tamaño del efecto no estandarizado.
Además, survdiff da muchos intervalos de confianza. Cuáles son los que se está comparando?
Por ejemplo: para un grupo hay 6 intervalos de confianza:
tratamiento=saran
time n.risk n.event survival std.err lower 95% CI upper 95% CI
60 18 2 0.889 0.0741 0.7549 1.000
131 16 1 0.833 0.0878 0.6778 1.000
192 15 2 0.722 0.1056 0.5423 0.962
252 13 4 0.500 0.1179 0.3150 0.794
303 9 3 0.333 0.1111 0.1734 0.641
379 6 3 0.167 0.0878 0.0593 0.468
Manuel
El 11 de agosto de 2016, 9:45, Pedro Concejero Cerezo <pedro.concejerocerezo en telefonica.com<mailto:pedro.concejerocerezo en telefonica.com>> escribió:
Hola, Manuel,
No entiendo tu pregunta (la repito aqui para que sea mas explicito):
hay alguna forma de comparar la probabilidad de
supervivencias (en este caso anual) entre grupos sin utilizar un
chi-cuadrado y un valor de P. Entiendo que lo que hace survdiff es comparar
las curvas de supervivencia, pero yo quiero comparar la probabilidad de
supervivencia entre grupos al final del estudio.
Con survdiff (log-rank test) *ya* estas haciendo la comparacion de supervivencias entre los grupos, y el resultado es que no hay diferencias significativas.
Esto se ve tambien en el solapamiento entre los intervalos de confianza para los diferentes grupos. Cuando dices que quieres comparar la probabilidad de supervivencia estas diciendo lo mismo que si quieres comparar las curvas de supervivencia. Estas curvas son una representacion de la probabilidad de supervivencia a lo largo del tiempo. Es lo mismo.
Hay alternativas al log-rank test
https://www.google.es/search?q=compare+survival+curves
Pero quizas tienes que pensar cual es la pregunta a la que quieres responder antes de entrar en detalles mucho mas tecnicos.
El 11/08/2016 a las 15:53, r-help-es-request en r-project.org<mailto:r-help-es-request en r-project.org> escribió:
[R-es] Comparación de probabilidades de supervivencia en R
--
Pedro Concejero
E-mail: pedro.concejerocerezo en telefonica.com<mailto:pedro.concejerocerezo en telefonica.com>
skype: pedro.concejero
twitter @ConcejeroPedro<https://twitter.com/ConcejeroPedro>
linkedin pedroconcejero<http://www.linkedin.com/in/pedroconcejero/es>
Entusiasta R, me encontraréis aquí gRupo R madRid <http://madrid.r-es.org/?s=concejero&searchsubmit.x=21&searchsubmit.y=13>
________________________________
Este mensaje y sus adjuntos se dirigen exclusivamente a su destinatario, puede contener información privilegiada o confidencial y es para uso exclusivo de la persona o entidad de destino. Si no es usted. el destinatario indicado, queda notificado de que la lectura, utilización, divulgación y/o copia sin autorización puede estar prohibida en virtud de la legislación vigente. Si ha recibido este mensaje por error, le rogamos que nos lo comunique inmediatamente por esta misma vía y proceda a su destrucción.
The information contained in this transmission is privileged and confidential information intended only for the use of the individual or entity named above. If the reader of this message is not the intended recipient, you are hereby notified that any dissemination, distribution or copying of this communication is strictly prohibited. If you have received this transmission in error, do not read it. Please immediately reply to the sender that you have received this communication in error and then delete it.
Esta mensagem e seus anexos se dirigem exclusivamente ao seu destinatário, pode conter informação privilegiada ou confidencial e é para uso exclusivo da pessoa ou entidade de destino. Se não é vossa senhoria o destinatário indicado, fica notificado de que a leitura, utilização, divulgação e/ou cópia sem autorização pode estar proibida em virtude da legislação vigente. Se recebeu esta mensagem por erro, rogamos-lhe que nos o comunique imediatamente por esta mesma via e proceda a sua destruição
--
Manuel Spínola, Ph.D.
Instituto Internacional en Conservación y Manejo de Vida Silvestre
Universidad Nacional
Apartado 1350-3000
Heredia
COSTA RICA
mspinola en una.cr<mailto:mspinola en una.ac.cr>
mspinola10 en gmail.com<mailto:mspinola10 en gmail.com>
Teléfono: (506) 8706 - 4662
Personal website: Lobito de río<https://sites.google.com/site/lobitoderio/>
Institutional website: ICOMVIS<http://www.icomvis.una.ac.cr/>
--
Pedro Concejero
E-mail: pedro.concejerocerezo en telefonica.com<mailto:pedro.concejerocerezo en telefonica.com>
skype: pedro.concejero
twitter @ConcejeroPedro<https://twitter.com/ConcejeroPedro>
linkedin pedroconcejero<http://www.linkedin.com/in/pedroconcejero/es>
Entusiasta R, me encontraréis aquí gRupo R madRid <http://madrid.r-es.org/?s=concejero&searchsubmit.x=21&searchsubmit.y=13>
________________________________
Este mensaje y sus adjuntos se dirigen exclusivamente a su destinatario, puede contener información privilegiada o confidencial y es para uso exclusivo de la persona o entidad de destino. Si no es usted. el destinatario indicado, queda notificado de que la lectura, utilización, divulgación y/o copia sin autorización puede estar prohibida en virtud de la legislación vigente. Si ha recibido este mensaje por error, le rogamos que nos lo comunique inmediatamente por esta misma vía y proceda a su destrucción.
The information contained in this transmission is privileged and confidential information intended only for the use of the individual or entity named above. If the reader of this message is not the intended recipient, you are hereby notified that any dissemination, distribution or copying of this communication is strictly prohibited. If you have received this transmission in error, do not read it. Please immediately reply to the sender that you have received this communication in error and then delete it.
Esta mensagem e seus anexos se dirigem exclusivamente ao seu destinatário, pode conter informação privilegiada ou confidencial e é para uso exclusivo da pessoa ou entidade de destino. Se não é vossa senhoria o destinatário indicado, fica notificado de que a leitura, utilização, divulgação e/ou cópia sem autorização pode estar proibida em virtude da legislação vigente. Se recebeu esta mensagem por erro, rogamos-lhe que nos o comunique imediatamente por esta mesma via e proceda a sua destruição
[[alternative HTML version deleted]]
Más información sobre la lista de distribución R-help-es