[R-es] sobre fread {data.table}
Carlos J. Gil Bellosta
cgb en datanalytics.com
Mie Sep 30 12:51:36 CEST 2015
Si en la línea 1856 de tus datos reemplazas
|"cotton-wool" spots|
por
|cotton-wool spots|
funciona (y fread lee todas las línas).
Suena a bug en el paquete (porque las comillas que no son vecinas de
separador las gestiona correctamente).
Igual quieres comentarle al autor del paquete el problema para que le
eche un ojo. De todos modos, te recomendaría que comprobases el
problema también en la versión de desarrollo, la 1.9.5, por si ya se
ha arreglado. La actual (¿es la que usas?) es la 1.9.4.
Salud,
Carlos J. Gil Bellosta
http://www.datanalytics.com
El día 30 de septiembre de 2015, 12:37, Carlos Ortega
<cof en qualityexcellence.es> escribió:
> No sé... alguna explicación habrá...
>
> ¿Puedes pasarnos tu fichero para ver si lo importamos correctamente
> nosotros?.
> ¿Puedes comprobar que tienes la última versión de data.table...?
>
> Gracias,
> Carlos Ortega
> www.qualityexcellence.es
>
> El 30 de septiembre de 2015, 10:37, MªLuz Morales <mlzmrls en gmail.com>
> escribió:
>
>> Hola de nuevo,
>>
>> el archivo .rel esta en una carpeta comprimida .zip, yo la descomprimo con
>> win rar. Como no sea ese el motivo por el que no me da el fichero completo?
>>
>> El 30 de septiembre de 2015, 10:30, MªLuz Morales <mlzmrls en gmail.com>
>> escribió:
>>
>>> Pues soy gafe entonces,
>>> no lo entiendo:
>>>
>>> > datIn <- fread("C:\\Users\\iphealthMariluz\\Documents\\Proyecto iphealt\\ProcesamientoTexto\\Adverse Drug Event\\ADE-Corpus\\DRUG-AE.rel")> dim(datIn)[1] 1855 8
>>>
>>>
>>> El 29 de septiembre de 2015, 18:54, Carlos Ortega <
>>> cof en qualityexcellence.es> escribió:
>>>
>>>> Y con fread.. directamente sobre el ".rel"...
>>>>
>>>> > datIn <- fread("DRUG-AE.rel")
>>>> > dim(datIn)
>>>> [1] 6821 8
>>>>
>>>>
>>>>
>>>> Saludos,
>>>> Carlos Ortega
>>>> www.qualityexcellence.es
>>>>
>>>>
>>>> El 29 de septiembre de 2015, 18:45, Pedro Concejero Cerezo <
>>>> pedro.concejerocerezo en telefonica.com> escribió:
>>>>
>>>>> No tiene cabecera. Tendrás que ponerle nombre a las variables
>>>>> Prueba este código, yo leo 6821 obs. of 8 variables
>>>>>
>>>>> library(data.table)
>>>>> setwd("C:/Users/pedroc/Desktop/ADE-Corpus-V2") #Pon tu directorio
>>>>> trabajo
>>>>> dat <- read.table(file = "DRUG-AE.rel",
>>>>> sep = "|",
>>>>> comment.char = "",
>>>>> header = F,
>>>>> quote = "")
>>>>>
>>>>> str(dat)
>>>>>
>>>>> datt <- data.table(dat)
>>>>>
>>>>>
>>>>> El 29/09/2015 a las 17:31, Pedro Concejero Cerezo escribió:
>>>>> Hola, M. Luz.
>>>>> Hay infinidad de motivos por los que se te puede cortar la lectura de
>>>>> un archivo de datos, pero los más habituales son encontrar un "#" o unas ""
>>>>> en los registros, o una línea toda en blanco.
>>>>> Lo primero yo creo que es dejar el archivo en texto plano (lo que te
>>>>> recomendaba Carlos de usar el original, no el docx), y buscar esos
>>>>> caracteres con un editor de texto plano tipo Notepad. Los puedes eliminar
>>>>> si no cumplen ninguna función.
>>>>> Yo te recomiendo usar read.table que te permite configurar estos
>>>>> detalles. En concreto:
>>>>>
>>>>> comment.char = "" no te corta la lectura de fichero como si fuera un
>>>>> comentario, te lo añade a la cadena (eso si quieres usar el carácter, si no
>>>>> elimínalo)
>>>>> quote = "" lo mismo con la comilla como comienzo de una cadena
>>>>>
>>>>> Pero verás que hay muchísimas más opciones que te evitan que se corte
>>>>> la lectura (blank lines, ...) o que te rellene con NA's si no encuentra
>>>>> todas las columnas del header (flush = TRUE).
>>>>> Luego pasas a data.table con data.table(objeto_que_has_leido) y ya está.
>>>>>
>>>>> read.table(file, header = FALSE, sep = "", quote = "\"'",
>>>>> dec = ".", numerals = c("allow.loss", "warn.loss",
>>>>> "no.loss"),
>>>>> row.names, col.names, as.is = !stringsAsFactors,
>>>>> na.strings = "NA", colClasses = NA, nrows = -1,
>>>>> skip = 0, check.names = TRUE, fill = !blank.lines.skip,
>>>>> strip.white = FALSE, blank.lines.skip = TRUE,
>>>>> comment.char = "#",
>>>>> allowEscapes = FALSE, flush = FALSE,
>>>>> stringsAsFactors = default.stringsAsFactors(),
>>>>> fileEncoding = "", encoding = "unknown", text, skipNul =
>>>>> FALSE)
>>>>>
>>>>>
>>>>> Saludos,
>>>>> Pedro
>>>>>
>>>>> =============
>>>>> En respuesta a:
>>>>>
>>>>> ------------------------------
>>>>>
>>>>> Message: 2
>>>>> Date: Tue, 29 Sep 2015 16:55:05 +0200
>>>>> From: MªLuz Morales <mlzmrls en gmail.com><mailto:mlzmrls en gmail.com>
>>>>> To: r-help-es <r-help-es en r-project.org><mailto:r-help-es en r-project.org>
>>>>> Subject: [R-es] sobre fread {data.table}
>>>>> Message-ID:
>>>>> <
>>>>> CANmAToM+sRRTfOBRYsrgoUdxdXVtrk21_E7LE0rrb8ENmMiBqQ en mail.gmail.com
>>>>> ><mailto:
>>>>> CANmAToM+sRRTfOBRYsrgoUdxdXVtrk21_E7LE0rrb8ENmMiBqQ en mail.gmail.com>
>>>>> Content-Type: text/plain; charset="UTF-8"
>>>>>
>>>>> Buenas tardes,
>>>>>
>>>>> intento almacenar el contenido de un archivo .docx en un data.table,
>>>>> pero
>>>>> solo me devuelve 1855 filas cuando deberñian ser 6821.
>>>>>
>>>>> Sin embargo, el mismo archivo se me descarga completo usando read_docx
>>>>> {qdapTools}, pero este devuelve un vector carácter y no es lo que
>>>>> quiero.
>>>>>
>>>>> ¿Alguien sabe donde puede estar el problema?
>>>>>
>>>>> Nota: El docx procede de un archivo .rel que descargué de internet, al
>>>>> cual
>>>>> cambié la extensión por .doc y una vez abierto guardé como docx.
>>>>>
>>>>> Gracias!!
>>>>> Un saludo
>>>>> MªLuz
>>>>>
>>>>>
>>>>> --
>>>>> Pedro Concejero
>>>>> E-mail: pedro.concejerocerezo en telefonica.com<mailto:
>>>>> pedro.concejerocerezo en telefonica.com>
>>>>> skype: pedro.concejero
>>>>> twitter @ConcejeroPedro<https://twitter.com/ConcejeroPedro>
>>>>> linkedin pedroconcejero<http://www.linkedin.com/in/pedroconcejero/es>
>>>>> Entusiasta R, me encontraréis aquí gRupo R madRid <
>>>>> http://madrid.r-es.org/>
>>>>>
>>>>>
>>>>> --
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>>>> Saludos,
>>>> Carlos Ortega
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