[R-es] Familia *pply

[Jorge I Velez]

Hola Fernando,

No puedo ver las negritas, pero intuyo que lo que quieres es calcular la
media por columnas?  Si es asi, hay dos maneras:

1.  Usa colMeans(x), donde "x" es tu matriz de datos
2.  Usa apply(x, 2, mean) donde "x" es tu matriz de datos

Existe una tercera pero menos conocida posibilidad que es usando el paquete
matrixStats.  Esta implementado en C en su mayoria y, de acuerdo con el
autor, es mucho mas rapido que la familia *apply.  En
http://cran.r-project.org/web/packages/matrixStats/vignettes/matrixStats-methods.html
puedes encontrar mas informacion.

Saludos cordiales,
Jorge.-



2015-03-19 11:01 GMT+11:00 Fernando Macedo <fermace en gmail.com>:

> Buenas a todos. Desde hace un tiempo estoy tratando de aplicar las
> funciones de la familia *pply en todo lo que puedo, pero todavía no es
> algo que me surja tan rápidamente o naturalmente al momento de los loops
> como usar for().
> Conozco las ventajas de usar estas funciones y por eso mi intento de
> hacerme de ellas.
>
> Por ejemplo en este problema:
>
>     data=matrix(rnorm(100*20),20,100)
>     col=sample(1:100,100)
>
>     t1=Sys.time()
>
>     medias=replicate(1000,{
>        sel=sample(1:20,10)
>        pareja=sample(sel,100,replace = T)
>        ta=Sys.time()
>     *recep=NULL**
>     **  for(i in 1:100){**
>     **    n=col[i]**
>     **    m=pareja[i]**
>     **    c=data[m,n]**
>     **    recep=c(recep,c)**
>     **  }**
>     *  tb=Sys.time()
>        media=mean(recep)
>        tt=tb-ta
>        c(media,tt)
>     })
>
>     t2=Sys.time()
>
>     diftime=(t2-t1)[[1]]
>
>     sum(medias[2,])/diftime
>
>
> la parte que está en negrita (si usé bien los Sys.time()) me representa
> (hice varias pruebas) aprox un 60% del tiempo total empleado.
>
> Mi pregunta es, para este ejemplo ¿cómo plantearían una solución usando
> funciones *pply?
> Y luego ver cuanto aumenta en el rendimiento del uso del tiempo.
>
> De paso, la salida que obtengo es una matriz de 2 por 1000, cuando sería
> más interesante una matriz de 1000 por 2. Si se usa simplify = F como
> argumento de replicate() resulta en una lista. ¿Existe algún argumento
> que directamente obtenga una matriz de 1000 por 2? (Esto último pensando
> en de repente 100000 o 1000000 de repeticiones y salidas más complejas).
>
>
> Saludos!
>
> --
> Fernando Macedo
>
>
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