[R-es] help awk y shells en R

Mar Jun 9 18:57:22 CEST 2015

Bueno os dejo para que veais como va la cosa. Gracias por el feedback

*Shell de linux*

Los shells de Linux son superútiles para limpiar grandes bases de datos. En
Linux y mac los tenemos en Windows.

Para utilizar estos sctripts en Windows lo ideal es

1.- Instalar cygwin

# https://www.cygwin.com/

2 Añadirlo al PATH de DOS. Doblecheckear que porque es un poco cabezón

# Añadir al path ir a mi pc -> propiedades -> Advanced -> Environment
variables

# En la variable PATH añadimos "C:\Cygwin\bin" para poder llamará a las
órdenes de cygwyn

#
http://stackoverflow.com/questions/20315824/how-to-call-cygwin-command-from-r

3.-Runear la ordenes en consolar normal.

En R dan problemas las pipes. No tengo ni idea porque. Porque funcionan en
DOS y cygwin

Los espacios van fatal a la hora de meter rutas

los ficheros sh funcionan en cygwin pero no funcinan en R

Algunos ejemplos

==========================================================

Sustituvo malo de la pipe

==========================================================

Las ordenes simples funcionan.

setwd(dir = "C:/Users/Javier Villacampa/Desktop/")

x <- system("tail -n 30 hola.txt", intern = T)

write.table(x = x,file = "output.csv",sep = "@",row.names = F, col.names =
F,quote = F)

read.csv(file = "output.csv",header = F,sep = "@")

x <-

  system("head -n 10 output.csv", intern = T)

unlink("output.csv")

==========================================================

Esto fueron los primeros intentos

==========================================================

system('wc -l hola.csv') # Con la orden ya metida en el path

system('C:/cygwin/bin/wc -l hola.csv') # Sin ella

==========================================================

Llamar a consola y utilizar sh (puedo mirar mis commandos de fast-dm para
el problema de los espacions)

==========================================================

#
http://357mkr.blogspot.com.es/2011/01/reparar-diccionarios-formato-dos-unix.html

# Los ficheros sh han de estar en notepad

 #
http://357mkr.blogspot.com.es/2011/01/reparar-diccionarios-formato-dos-unix.html

Fichero foo.sh

##############

#!/bin/sh

tail -n 5 hola.csv

echo "======================="

head -n 5 hola.csv

echo "=======================@"

head -n 10 Hola.csv | tail

##############

system('cmd.exe /c c:\\cygwin\\bin\\sh /cygdrive/c/Users/Javier\
Villacampa/Desktop/foo.sh',  TRUE)

# Curiosamente este ejemplo funciona en cygwyn.

# En consola cygwin

# Pero deja de funcionar en consola DOS a pesar de que la ordenes  corren
copiando y pegand

# El mismo error me encuetro en R agravado a que aquí las pipes no me
funcionan.

==========================================================

Awk por investigar

==========================================================

# http://gnuwin32.sourceforge.net/packages/gawk.htm

# http://www.inside-r.org/packages/cran/Kmisc

# Los ficheros awk llevan otra lógica e imagino que hay que desarrollarlo
por otro lado. Puede ser de ayuda la librería Kmisc

system("awk \'{gsub( \"M.?G\",\"MEG\"); print}\' hola, intern = T)

x <- system("C:/cygwin/bin/awk \'{gsub( \"M.?G\",\"MEG\"); print}\'
hola.csv", intern = T)

===============================================================================

ERRORES en sh

===============================================================================

############################################3

# Error Sh consola Windows. Funciona si no essh

############################################

# C:\Users\Javier Villacampa\Desktop>sh foo4.sh

# ?#!/bin/sh: not found

# 1 [main] tail (41276) C:\cygwin\bin\tail.exe: *** fatal error - cygheap ba

# se mismatch detected - 0x612A1970/0x612E1400.

# This problem is probably due to using incompatible versions of the cygwin
DLL.

# Search for cygwin1.dll using the Windows Start->Find/Search facility

# and delete all but the most recent version.  The most recent version
*should*

#   reside in x:\cygwin\bin, where 'x' is the drive on which you have

# installed the cygwin distribution.  Rebooting is also suggested if you

# are unable to find another cygwin DLL.

# =======================

#

# 752923199;2;00-AH-71;15768;1;1;1;22037;1;1;1

# 753040251;1;02-08-BC;0;0;0;1;0;0;0;0

# 753071415;1;06-06-TB;0;0;0;1;0;0;0;1

# 753030262;1;06-26-AO;0;0;0;0;0;0;0;0

# =======================@

#   2 [main] tail (65356) C:\cygwin\bin\tail.exe: *** fatal error - cygheap
ba

# se mismatch detected - 0x612A1970/0x612E1400.

# This problem is probably due to using incompatible versions of the cygwin
DLL.

# Search for cygwin1.dll using the Windows Start->Find/Search facility

# and delete all but the most recent version.  The most recent version
*should*

#   reside in x:\cygwin\bin, where 'x' is the drive on which you have

# installed the cygwin distribution.  Rebooting is also suggested if you

# are unable to find another cygwin DLL.

############################################3

# Error Sh consola R.

############################################

#

# [1] "foo4.sh: line 1: ï»¿#!/bin/sh: No such file or directory"

# [2] "753003840;1;26-MO-54;42000;1;1;1;41944;1;1;1"

# [3] "753218504;2;2963 BFT;0;0;0;1;0;0;0;1"

# [4] "751885448;11;82-17-UT;0;0;1;1;5104;0;1;1"

# [5] "753053463;3;11-81-JP;0;0;0;1;0;0;0;1"

# [6] "753053463;2;19-75-RB;0;0;0;1;0;0;0;1"

# [7] "======================="

# [8] "      1 [main] head (32500) C:\\Rtools\\bin\\head.exe: *** fatal
error - cygheap base mismatch detected - 0x612E1400/0x612A1970."

# [9] "This problem is probably due to using incompatible versions of the
cygwin DLL."

# [10] "Search for cygwin1.dll using the Windows Start->Find/Search
facility"

# [11] "and delete all but the most recent version.  The most recent
version *should*"

# [12] "reside in x:\\cygwin\\bin, where 'x' is the drive on which you
have"

# [13] "installed the cygwin distribution.  Rebooting is also suggested if
you"

# [14] "are unable to find another cygwin DLL."

# [15] "=======================@"

# [16] "      4 [main] head (7308) C:\\Rtools\\bin\\head.exe: *** fatal
error - cygheap base mismatch detected - 0x612E1400/0x612A1970."

# [17] "This problem is probably due to using incompatible versions of the
cygwin DLL."

# [18] "Search for cygwin1.dll using the Windows Start->Find/Search
facility"

# [19] "and delete all but the most recent version.  The most recent
version *should*"

# [20] "reside in x:\\cygwin\\bin, where 'x' is the drive on which you
have"

# [21] "installed the cygwin distribution.  Rebooting is also suggested if
you"

# [22] "are unable to find another cygwin DLL."

El 8 de junio de 2015, 21:32, <javier.ruben.marcuzzi en gmail.com> escribió:

>  Estimado Javier Villacampa González
>
> Hace mucho que no uso awk o gawk, pero recuerdo cygwin y en lo personal no
> tuve inconvenientes con awk.
>
> No se como está esa tecnología hoy en día, pero yo evalué usar R con awk,
> al respecto hay una integración en
> http://www.inside-r.org/packages/cran/Kmisc/docs/awk
>
> Javier Rubén Marcuzzi
> Técnico en Industrias Lácteas
> Veterinario
>
> *De:* Javier Villacampa González <javier.villacampa.gonzalez en gmail.com>
> *Enviado el:* ‎lunes‎, ‎08‎ de ‎junio‎ de ‎2015 ‎03‎:‎05‎ ‎p.m.
> *Para:* Carlos Ortega <cof en qualityexcellence.es>
> *CC:* R-help-es en r-project.org <r-help-es en r-project.org>
>
> Al final resulto más fácil de lo esperado. Hay que instalar cywin y
> utilizar los comandos de la siguiente manera
>
> system('C:/cygwin/bin/wc -l var_risco_2012.csv')
> Esto en principio funciona
>
> El 8 de junio de 2015, 17:41, Carlos Ortega <cof en qualityexcellence.es>
> escribió:
>
> > Hola,
> >
> > Mira esto:
> >
> > http://stackoverflow.com/questions/18603984/using-system-with-windows
> >
> > Saludos,
> > Carlos Ortega
> > www.qualityexcellence.es
> >
> > El 8 de junio de 2015, 17:14, Javier Villacampa González <
> > javier.villacampa.gonzalez en gmail.com> escribió:
> >
> >> Hola buenas,
> >>
> >> a veces empleo desde R shells de unix, Existe alguna manera de utilizar
> >> estos shelss desde windows o el lenguaje awk.
> >>
> >> La idea es hacerlo siempre desde R, igual invoncando cygwin desde
> windows
> >> es posible. Pero no me queda claro
> >>
> >> Un abrazo y gracias por adelntado
> >>
> >> Javier
> >> #_____________________________________________________________________
> >> # EJEMPLO, ¿Que habría que poner en
> >> # ¿¿¿¿¿¿???????????????
> >> # suponiendoq que tengo cygwin instalado
> >> #_____________________________________________________________________
> >>
> >> # Un ejemplo sería cambiar unos MËG por unos MEG ya que fread no me lee
> >> bien los Ë
> >>
> >> file.rename(from = "Data/data.csv", to = "Data/data_2.csv")
> >> switch(OS,
> >>        WIN = system( ¿¿¿¿¿¿???????????????),
> >>        MAC = system( command =  "awk \'{gsub( \"M.?G\",\"MEG\");
> print}\'
> >> Data/data_2.csv" > Data/data_2_2.csv"")
> >> )
> >> file.rename(from = "Data/data.csv", to = "Data/data_2.csv")
> >>
> >> --
> >>
> >>         [[alternative HTML version deleted]]
> >>
> >> _______________________________________________
> >> R-help-es mailing list
> >> R-help-es en r-project.org
> >> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
> >>
> >
> >
> >
> > --
> > Saludos,
> > Carlos Ortega
> > www.qualityexcellence.es
> >
>
>
>
> --
>
>  [[alternative HTML version deleted]]
>
> _______________________________________________
> R-help-es mailing list
> R-help-es en r-project.org
> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
>

--

	[[alternative HTML version deleted]]