[R-es] Pregunta sobre RMarkdown
Francisco J
fjroar en hotmail.com
Jue Jul 2 19:35:14 CEST 2015
Gracias. Lo pruebo mañana y os comento, un saludo
Enviado desde mi smartphone Sony Xperia™
Francisco Rodriguez Sanchez <f.rodriguez.sanc en gmail.com> wrote:
>Hola Francisco,
>
>Es muy fácil generar múltiples informes basados en un único documento
>Rmarkdown. Simplemente ejecuta un código similar a este:
>
>library(rmarkdown)
>
>dataset <- read.csv("your_dataset.csv")
>
>n.ayunt <- 100 # número de ayuntamientos (también se podría
>identificar a partir del dataset)
>
>for (i in 1:n.ayunt){
>ayunt <- dataset$ayuntamiento[i]
>render(input = "myRmddoc.Rmd", output_file = paste0(ayunt, ".html"))
>}
>
>El documento 'myRmddoc.Rmd' debe usar simplemente 'ayunt' como datos. El
>for loop hará que ayunt sea diferente cada vez.
>
>Más info aquí:
>http://stackoverflow.com/questions/28368150/automatically-generated-reports-using-rmarkdown
>
>Suerte!
>
>Paco
>
>
>
>
>
>El 02/07/2015 a las 16:24, Francisco Rodríguez escribió:
>> Hola Carlos, qu� tal
>> Me interesa el c�mo hacer el paso 2, es decir, me valdr�a que con un c�digo R pueda llamar al fichero Rmd, y que me permitieseguardar el html que genera con un nombre que yo mismo pudiese controlar. Trato de ver si encuentro algo, pero si me das alguna indicaci�n lo pruebo entre hoy y ma�ana
>> Un saludo y gracias
>>
>>
>>> Date: Thu, 2 Jul 2015 16:16:52 +0200
>>> From: cgb en datanalytics.com
>>> To: r-help-es en r-project.org
>>> Subject: Re: [R-es] Pregunta sobre RMarkdown
>>>
>>> Hola, �qu� tal?
>>>
>>> Lo que puedes hacer es que tu fichero Rmd lea el par�metro de un
>>> fichero externo. Entonces, creas un script que:
>>>
>>> 1) Actualice el valor del �ndice en ese fichero externo.
>>> 2) Compile el Rmd y le d� el nombre que te interesa.
>>> 3) Vuelva a (1).
>>>
>>> Salud,
>>>
>>> Carlos J. Gil Bellosta
>>> http://www.datanalytics.com
>>>
>>>
>>>
>>>
>>> El d�a 2 de julio de 2015, 16:08, David Duncan
>>> <dhduncan1975 en gmail.com> escribi�:
>>>> Francisco,
>>>>
>>>> �As� que todo que quieres imprimir a html o pdf sea contenido dentro de un
>>>> solo chunk? Quiz�s por mis limitaciones en el espa�ol no veo muy claro si
>>>> tu problema pertenece espec�ficamente a markdown o no.
>>>>
>>>> Yo busco una soluci�n parecida en ingl�s el otro d�a, porque quiero generar
>>>> y guardar en archivo conjuntos de datos ligeramente distintos para mis
>>>> estudiantes (los que son mayoritariamente copiones). De modo que
>>>> conseguir� este tema, y te aviso si encuentro algo por StackOverflow.
>>>>
>>>>
>>>>
>>>> 2015-07-02 8:33 GMT-05:00 Francisco Rodr�guez <fjroar en hotmail.com>:
>>>>
>>>>> Hola Carlos, creo que no resuelve el problema, de hecho otra de las cosas
>>>>> que no he conseguido a�n es generar sencillamente el PDF (con los html para
>>>>> generarlos 1 a 1 sin pb).
>>>>> Siempre suelo obtener el error. Esto me aparece al ejecutar
>>>>> myReport$export():
>>>>> You may install Pandoc easily with "install.pandoc()" from the "installr"
>>>>> package.Error in Pandoc.convert(fp, format = .self$format, proc.time =
>>>>> as.numeric(proc.time() - : It seems Pandoc is not installed or path of
>>>>> binary is not found.
>>>>>
>>>>> Es cierto que el ordenador que estoy usando es el del trabajo y seguro que
>>>>> por tema de antivirus puede que haya alg�n problema (adem�s de que mi
>>>>> torpeza), pero tengo instalado el Pandoc, y he reiniciado la m�quina y
>>>>> estoy actualizado a la �ltima versi�n de R y RStudio
>>>>> Adem�s al seguir el ejemplo que aparece donde indicas, me aparece el
>>>>> siguiente mensaje cuando ejecuto por ejemplo myReport$add(matrix(5,5,5));
>>>>> Dicho error es: Error: cannot allocate buffer
>>>>> Probar� desde mi casa a si pillo algo de tiempo y ya os cuento, pero sobre
>>>>> el problema inicial creo que aunque resolviese los anteriores errores a�n
>>>>> quedar�a abierto porque en no consigo ver c�mo a partir del ejemplo pasar a
>>>>> lo que quiero.
>>>>> Un saludo y en todo caso muchas gracias, estoy mirando cosas por mi cuenta
>>>>> a ver si lo resuelvo
>>>>>
>>>>>
>>>>> Date: Thu, 2 Jul 2015 12:02:57 +0200
>>>>> Subject: Re: [R-es] Pregunta sobre RMarkdown
>>>>> From: cof en qualityexcellence.es
>>>>> To: fjroar en hotmail.com
>>>>> CC: r-help-es en r-project.org
>>>>>
>>>>> Hola Francisco,
>>>>>
>>>>> Puedes utilizar el paquete "pander" para hacer lo que buscas.
>>>>> Es equivalente a knitr para generar c�digo markdown que luego con Pandoc
>>>>> (lo tienes que tener instalado en tu equipo) genere el pdf o el html final.
>>>>>
>>>>> Como ejemplo mira en su p�gina:
>>>>>
>>>>> http://rapporter.github.io/pander/
>>>>>
>>>>> la secci�n "Live report generation" en la que aparece detallado y
>>>>> comentado un ejemplo.
>>>>> Puedes tener un programa "R" que de forma din�mica genere v�a comandos
>>>>> "pander" cada uno de los informes que quieres.
>>>>>
>>>>> Saludos,
>>>>> Carlos Ortega
>>>>> www.qualityexcellence.es
>>>>>
>>>>> El 2 de julio de 2015, 9:43, Francisco Rodr�guez <fjroar en hotmail.com>
>>>>> escribi�:
>>>>> Hola buenos dias, tengo una duda con RMarkdown que no se si tiene facil
>>>>> apanio.
>>>>>
>>>>> Resulta que para un trabajo que estoy haciendo necesito que se ejecute el
>>>>> siguiente codigo n-veces
>>>>>
>>>>> ```{r echo = FALSE}
>>>>>
>>>>>
>>>>>
>>>>> ANIO_ACTUAL<-2015
>>>>>
>>>>>
>>>>>
>>>>> i=1
>>>>>
>>>>>
>>>>>
>>>>> CONFIGURACION <-read.csv("D:\\ � \\CONFIGURACION.csv",sep
>>>>>
>>>>> = ",")
>>>>>
>>>>>
>>>>>
>>>>> AYUNT <- as.character(CONFIGURACION$AYUNTAMIENTO[i])
>>>>>
>>>>>
>>>>>
>>>>> ```
>>>>>
>>>>>
>>>>>
>>>>> ##Situaci�n de `r AYUNT`
>>>>>
>>>>>
>>>>>
>>>>> Al ejecutar este c�digo genera un fichero html que podemos denominar:
>>>>>
>>>>> Ejemplo.html
>>>>>
>>>>>
>>>>>
>>>>> Tal y como est� escrito el programa, si quiero ejecutar para el siguiente
>>>>> ayuntamiento tengo que hacer lo siguiente:
>>>>>
>>>>> ```{r echo = FALSE}ANIO_ACTUAL<-2015i=2CONFIGURACION <-read.csv("D:\\ �
>>>>> \\CONFIGURACION.csv",sep = ",")AYUNT <-
>>>>> as.character(CONFIGURACION$AYUNTAMIENTO[i])```##Situaci�n de `r AYUNT`
>>>>>
>>>>>
>>>>>
>>>>> Es decir, cambio el parametro i y tengo la generaci�n de un nuevo html que
>>>>> machaca el anterior:
>>>>>
>>>>> Ejemplo.html
>>>>>
>>>>> Mi pregunta es si puedo hacer algo del tipo que me permita, dentro del
>>>>> codigo r incrustado en el markdown, ir cambiando el parametro i como si
>>>>> fuera un bucle, de modo que no lo tenga que hacer manualmente y que ademas
>>>>> para cada caso me genere un html distinto, es decir algo del tipo:
>>>>>
>>>>> Ejemplo1.html
>>>>> Ejemplo2.html
>>>>>
>>>>> Un saludo y muchas gracias
>>>>>
>>>>>
>>>>>
>>>>> [[alternative HTML version deleted]]
>>>>>
>>>>>
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>>>>> _______________________________________________
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>>>>>
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>>>>> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
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>>>>> Saludos,
>>>>> Carlos Ortega
>>>>> www.qualityexcellence.es
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>--
>Dr Francisco Rodriguez-Sanchez
>Integrative Ecology Group
>Estacion Biologica de Doñana - CSIC
>Avda. Americo Vespucio s/n
>41092 Sevilla (Spain)
>http://bit.ly/frod_san
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