[R-es] Knitr problema con xtable
Rodrigo López Correa
rod99hare en gmail.com
Lun Ago 10 21:19:43 CEST 2015
Hola soy medio nuevo en esto del uso del paquete knitr en R asociado a Lyx
y tengo el siguiente problema:
1) Construí un script en R que incluye entre otras operaciones simples una
tabla utilizando el paquete xtable para poder imprimirla luego con Lyx.
## @knitr q1
library(knitr)
library(RMySQL)
library(xtable)
#abro la base datos mysql
con <- dbConnect(MySQL(),
user="XXX", password="xxx",
dbname="hol", host="xxx")
uno<-dbGetQuery(con, "SELECT nhijl FROM resumen where leche;")
quantile(uno$nhijl,probs=(c(0.25,0.5)))
quantile(uno$nhijl,probs=0.5)
quantile(uno$nhijl,probs=0.75)
min(uno$nhijl)
max(uno$nhijl)
#tabla
tabla_uno<-data.frame(Total_hijas=round((c(min(uno$nhijl),quantile(uno$nhijl,probs=(0.25)),quantile(uno$nhijl,probs=0.5),
mean(uno$nhijl),quantile(uno$nhijl,probs=0.75),max(uno$nhijl)))))
rownames(tabla_uno)<-(c("Mínimo","1er.cuartil", "Mediana", "Media",
"3er.cuartil", "Máximo"))
print(xtable(tabla_uno),floating=FALSE)
2) Desde Lyx quise leer el script en R:
<<>>=
read_chunk("descriptiva_resumen.R")
@
<<q1,echo=TRUE,cache=FALSE,results="asis">>=
@
*Sin embargo, la exportación a un archivo pdf falla y probé las siguientes
2 opciones con resultados diferentes:*
3) Cuando elimino del chunk results="asis", puedo exportar a un pdf los
resultados esperados con el script de R, excepto la tabla que no la puedo
visualizar.
Entonces las 2 opciones que seguí fueron:
OPCION 3.1:
- Cerré el archivo pdf
- Luego volví a incluir results="asis" en el chunk original
- Finalmente traté de exportarlo a un *nuevo archivo pdf*.
Resultado: *Falló la exportación*
OPTION 3.2
*- Minimicé el archivo pdf* obtenido en el paso 3),
- Luego volví a incluir results="asis" en el chunk original
- Finalmente traté de *actualizar la salida del archivo pdf que había
minimizado.*
Resultado: *Obtuve el resultado correcto y completo de todo el script*
*No entiendo que estoy haciendo mal, porque debería poder obtener el
resultado de manera más directa incluyendo en el chunk original
results""asis" y sin tener que hacer tantos pasos. *
Muchas gracias desde ya por cualquier ayuda!
Saludos,
Rodrigo.
--
*Dr. Rodrigo López Correa.*
Miguel Barreiro 3186.
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Uruguay.
Cel: 099 660 549.
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