[R-es] ayuda con análisis de supervivencia

[JM ARBONES]

Hola a todos,
-Estoy estudiando el efecto de dos genotipos (~tratamientos) en la aparición de síndrome metabólico (MetS) con datos longitudinales recogidos a tiempo 0,7,10,15,20 y 25 años.

-He hecho un dataframe con las siguientes variables
MetS: Síndrome Metabólico (Si=1,No=0)
bmi: Indice de masa corporal (IMC) cuando se produce la conversión a MetS+ . Para los que permancen MetS-, esta variable indica el bmi cuando hay censura (por abandono del estudio o al finalizar el estudio en el año 25).
bmi0: IMC al inicio del estudio (categórica, levels=normal/overweight/obese)
apoE4: Genotipo de interés (E4, no-E4)

-Mi hipótesis es que la interacción genotipo~MetS depende del IMC al principio del estudio. Concretamente, individuos 'overweight' al inicio del estudio y con el genotipo E4 hacen la conversión a MetS+ a valores de IMC mas bajos que los que tienen el genotipo no-E4. Este fenómeno no ocurriría en los 'normal' y 'obese'.

-He creado unos objetos Surv, pero en lugar de utilizar el tiempo hasta evento (MetS+) estoy utilizando el bmi hasta el evento. Las gráficas que resultan al hacer el análisis de supervivencia parecerían confirmar mi hipótesis, pero no se si lo que estoy haciendo es una aberración estadística. Tampoco se si los coeficientes de la regresión de Cox tienen sentido al no utilizar la variable tiempo.

?Alguien me podría 1)decir si lo que estoy haciendo tiene sentido y 2) como interpretar los resultados (regresión de Cox y gráficas)?
Si a alguien se anima a contestar, adjunto un link con los datos (.Rdata) y el script que he utilizado en el análisis.


https://www.dropbox.com/s/d96itird8ms42yx/dataframe.Rdata?dl=0 <https://www.dropbox.com/s/d96itird8ms42yx/dataframe.Rdata?dl=0>

sapply(levels(df0$bmi0),function (x){ #####SURVIVAL CURVE
  dfx=filter(df0,bmi0==x)
  
  surv2=Surv(dfx$bmi,dfx$MetS)
  km2=survfit(surv2~dfx$apoe4)##start.time=20,type='kaplan')
  plot(km2,lty=2:1,xlim=c(20,41),xlab='BMI at onset',main=x,mark.time = F)
  legend('bottomleft',c('E4','no-E4'),lty=2:1)
  cox=list(coxph(surv2~relevel(dfx$apoe4,ref='no-E4')))
})

sapply(levels(df0$bmi0),function (x){ #####CUMULATIVE HAZARDs
  dfx=filter(df0,bmi0==x)
  
  surv2=Surv(dfx$bmi,dfx$MetS)
  km2=survfit(surv2~dfx$apoe4)
  plot(km2,lty=2:1,xlim=c(20,41),xlab='BMI at onset',main=x,mark.time = F,fun='cumhaz')
  legend('topleft',c('E4','no-E4'),lty=2:1)
  
})

Muchas gracias y un saludo

Jose Miguel

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Jose Miguel Arbones-Mainar, PhD
Unidad de Investigación Traslacional 
Instituto Aragones de Ciencias de la Salud 
Hospital Universitario Miguel Servet 
Pº Isabel la Católica, 1-3 
50009 Zaragoza (Spain) 
Tel: +34 976 769 565
Fax: +34 976 769 566 
www.adipofat.com <http://www.adipofat.com/>




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Jose Miguel Arbones-Mainar
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