[R-es] summary

[Víctor Granda García]

No entiendo bien la pregunta, pero creo que este extracto de una respuesta
en https://stat.ethz.ch/pipermail/r-help/2004-October/058588.html te puede
ayudar:

You can also compute it (se refiere a el Nelson-Aalen) from
information returned by survfit().

>* fit <- survfit(Surv(time, status) ~ 1, data = aml)
*>* str(fit)
*List of 12
  $ n        : int 23
  $ time     : num [1:18] 5 8 9 12 13 16 18 23 27 28 ...
  $ n.risk   : num [1:18] 23 21 19 18 17 15 14 13 11 10 ...
  $ n.event  : num [1:18] 2 2 1 1 1 0 1 2 1 0 ...
  $ surv     : num [1:18] 0.913 0.826 0.783 0.739 0.696 ...
  $ type     : chr "right"
  $ std.err  : num [1:18] 0.0643 0.0957 0.1099 0.1239 0.1379 ...
  $ upper    : num [1:18] 1.000 0.996 0.971 0.942 0.912 ...
  $ lower    : num [1:18] 0.805 0.685 0.631 0.580 0.531 ...
  $ conf.type: chr "log"
  $ conf.int : num 0.95
  $ call     : language survfit(formula = Surv(time, status) ~ 1, data = aml)
  - attr(*, "class")= chr "survfit"

so cumsum(fit$n.event/fit$n.risk) is the Nelson-Aalen estimator for the
times given by fit$times.

Lo que no sé es si esto es correcto con ~cq en vez de ~1. Lo siento
pero no he hecho análisis de supervivencia, así que no puedo ayudarte
mucho más.
Espero que te sirva

Víctor Granda García
Ph.D. Student
Dpto BOS, Fisiología Vegetal
Universidad de Oviedo.

​El 27 de septiembre de 2014, 15:28, Ernesto silvero lazaga
<ernestsilver3103 en gmail.com> escribió:
Victor Granda
Majestuoso saludo para ti.
Y agradezco tanto la ayuda que me están brindando.

En este momento tengo una inquietud más, esto
y haciendo el análisis de supervivencia por Kaplan-Meier y Nelson
Aalen, a quienes tengo que hacer el test.
Para Kaplan-Meier tengo survdiff(Surv(tiempo,estado)~pq,
data=datos,rho=0) donde pq tiene dos categorias.
Pero para el de Nelson Aalen no estoy logrando entender.
Si puedes ayudarme.
Gracias



​​
El 27 de septiembre de 2014, 15:28, Ernesto silvero lazaga <
ernestsilver3103 en gmail.com> escribió:

> Victor Granda
> Majestuoso saludo para ti.
> Y agradezco tanto la ayuda que me están brindando.
>
> En este momento tengo una inquietud más, esto
> y haciendo el análisis de supervivencia por Kaplan-Meier y Nelson Aalen, a
> quienes tengo que hacer el test.
> Para Kaplan-Meier tengo survdiff(Surv(tiempo,estado)~pq, data=datos,rho=0)
> donde pq tiene dos categorias.
> Pero para el de Nelson Aalen no estoy logrando entender.
> Si puedes ayudarme.
> Gracias
>
>
>
> El 26 de septiembre de 2014, 13:53, Víctor Granda García <
> victorgrandagarcia en gmail.com> escribió:
>
> Hola Ernesto,
>>
>> Mira el paquete DescTools (
>> http://cran.r-project.org/web/packages/DescTools/index.html).
>> Es un paquete "misc", es decir tiene muchas cosas no todas relacionadas
>> entre sí, pero tiene la órden "Desc" que creo que puede hacer lo que
>> necesitas (poniendo la formula del modelo al que quieres hacerle el
>> summary). También te sirve para variables dicotómicas, mira el pdf de ayuda
>> para ver como se hace.
>> En cuanto a la última pregunta, no sé, pero siempre puedes hacer como
>> dice Miguel Ángel y modificar el código de la función para que se ajuste a
>> tus necesidades. Parece dificil, pero yo al final lo hice para la órden
>> heatmap.2 del paquete cluster y me va perfecto.
>> Espero que te sirva.
>> Un saludo.
>>
>> Víctor Granda García
>> Ph.D. Student
>> Dpto BOS, Fisiología Vegetal
>> Universidad de Oviedo.
>>
>
>
>
> --
> ernesto
>

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