[R-es] problema al instalar rPython

[Carlos J. Gil Bellosta]

Hola, ¿qué tal?

Ese es, casi seguro, un problema en la instalación o configuración de
Python. Probablemente, el hecho de que tu versión de Python sea local
confunde a ld (que buscará Python en (los directorios habituales de)
la máquina pero no encuentra tu instalación local).

Necesitarás investigar cómo resolver el problema del "linkado" contra
Anaconda. Parece que los foros de internet están llenos de preguntas
--y probablemente, respuestas-- al respecto.

Un saludo,

Carlos J. Gil Bellosta
http://www.datanalytics.com

2014-02-26 16:03 GMT+01:00 Javier Martínez-López
<javi.martinez.lopez en gmail.com>:
> Hola,
>
> necesito combinar código de R y de Python y quiero probar la librería
> "rPython" para poder intercambiar variables creadas en los dos
> entornos, pero me da el siguiente error que no comprendo al intentar
> instalar la librería (ver abajo). Uso una versión local de Python
> llamada Anaconda en CentOS (Redhat) porque no tengo permisos de
> administración. No sé si ese es el problema! Muchas gracias y saludos,
> Javier
>
>> install.packages('rPython')
> Installing package into /home/majavie/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library/3.0
> (as lib is unspecified)
> trying URL 'http://cran.mirror.garr.it/mirrors/CRAN/src/contrib/rPython_0.0-4.tar.gz'
> Content type 'text/plain' length 37034 bytes (36 Kb)
> opened URL
> ==================================================
> downloaded 36 Kb
>
> * installing *source* package rPython ...
> ** package rPython successfully unpacked and MD5 sums checked
> a specific python version to use was not provided
> defaulting to the standard python in the system
> checking for gcc... gcc -m64 -std=gnu99
> checking whether the C compiler works... yes
> checking for C compiler default output file name... a.out
> checking for suffix of executables...
> checking whether we are cross compiling... no
> checking for suffix of object files... o
> checking whether we are using the GNU C compiler... yes
> checking whether gcc -m64 -std=gnu99 accepts -g... yes
> checking for gcc -m64 -std=gnu99 option to accept ISO C89... none needed
> configure: creating ./config.status
> config.status: creating src/Makevars
> ** libs
> gcc -m64 -std=gnu99 -I/usr/include/R -DNDEBUG  -I/usr/local/include
> -I/home/majavie/anaconda/include/python2.7
> -I/home/majavie/anaconda/include/python2.7 -D
> PYTHONLIBFILE=libpython2.7.so -fpic  -O2 -g -pipe -Wall
> -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 -fexceptions -fstack-protector
> --param=ssp-buffer-size=4 -m64 -mtune=generic  -c pycall.c -o pycall.o
> gcc -m64 -std=gnu99 -shared -L/usr/local/lib64 -o rPython.so pycall.o
> -lpthread -ldl -lutil -lm -lpython2.7 -Xlinker -export-dynamic
> -L/usr/lib64/R/lib -lR
> /usr/bin/ld: cannot find -lpython2.7
> collect2: ld returned 1 exit status
> make: *** [rPython.so] Error 1
> ERROR: compilation failed for package rPython
> * removing /home/majavie/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library/3.0/rPython
> * restoring previous /home/majavie/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library/3.0/rPython
>
> The downloaded source packages are in
>     /tmp/RtmpfPBtPF/downloaded_packages
> Warning message:
> In install.packages("rPython") :
>   installation of package rPython had non-zero exit status
>
> _______________________________________________
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