[R-es] leer ficheros excel en R en Ubuntu
Jorge I Velez
jorgeivanvelez en gmail.com
Vie Ago 15 09:54:24 CEST 2014
Eso es off-line ;-) --JIV
On 15/08/2014, at 5:53 PM, Miguel Fiandor Gutiérrez <miguel.fiandor.gutierrez en gmail.com> wrote:
> offline? te lo envío a tu email, pq no creo que a toda la lista sea buena idea.
>
>
>
>
> El 15 de agosto de 2014, 9:47, Jorge I Velez <jorgeivanvelez en gmail.com> escribió:
> De nada, Miguel. Es posible que me envies el archivo offline? --JIV
>
>
>
> 2014-08-15 17:45 GMT+10:00 Miguel Fiandor Gutiérrez <miguel.fiandor.gutierrez en gmail.com>:
>
> Gracias Jorge por contestar tan rápido.
>
> Con gdata hago eso del path, y directamente con el fichero, lo vi en una web, y he intentado todas las opcioens que he visto.
>
> En vez de install.packages('rJava', type = 'source')
> he hecho install.packages('rJava')
>
> Ahora probaré, y lo mismo con scan y readLines.
>
>
> He visto en stackoverflow que mi problema puede ser actualizar java, u openjava más bien -> http://stackoverflow.com/questions/16438073/unable-to-install-rjava-in-r-3-0-in-ubuntu-13-04
>
> Luego os cuento
>
> Gracias de nuevo
>
>
>
> El 15 de agosto de 2014, 9:38, Jorge I Velez <jorgeivanvelez en gmail.com> escribió:
>
> Hola Miguel,
>
> Me queda claro lo de RODBC. Lo que no entiendo muy bien es por que usas
>
> file.path(path.package('gdata'),'xls','madrid.xls')
>
> cuando usas gdata. Tus datos estan en la carpeta donde se encuentra en paquete? O estan en otro lugar? Comenzaria revisando el path al archivo y escribiendo
>
> datos <- read.xls("/path/al/archivo/madrid.xls", sheet = 1, header = TRUE)
> head(datos)
>
> Que version de R tienes? Has intentado reinstalando rJava desde sources()?
>
> install.packages('rJava', type = 'source')
> require('rJava')
> require('xlsx')
>
> Las otras opciones, como mencione en mi mensaje anterior, es usar scan() y readLines().
>
> Saludos,
> Jorge.-
>
>
>
> 2014-08-15 17:29 GMT+10:00 Miguel Fiandor Gutiérrez <miguel.fiandor.gutierrez en gmail.com>:
>
> Hola,
>
> @javier, me gustaría no tener que hacer nada de forma manual, ni por fuera de r, rstudio. Es decir, el típico comando de linux que me convierta de xls a csv prefiero no usarlo. Me gustaría hacerlo todo desde R.
>
> @jorge ->
>
> Con RODBC me salta ->
>
>
> Error: could not find function "odbcConnectExcel"
> Lo que creo que es inevitable en Ubuntu
>
> Con gdata ->
>
>
> Unable to open file '/home/miguelfg/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.1/gdata/xls/madrid.xls'.
> Error in xls2sep(xls, sheet, verbose = verbose, ..., method = method, :
> Intermediate file '/tmp/RtmpHRuknw/filefed757fcc67.csv' missing!
> In addition: Warning message:
> running command ''/usr/bin/perl'
>
> Con XLConnect ->
>
>
> Error : package ‘rJava’ was built before R 3.0.0: please re-install it
> ERROR: lazy loading failed for package ‘XLConnectJars’
> * removing ‘/home/miguelfg/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.1/XLConnectJars’
> Warning in install.packages :
> installation of package ‘XLConnectJars’ had non-zero exit status
> ERROR: dependency ‘XLConnectJars’ is not available for package ‘XLConnect’
> * removing ‘/home/miguelfg/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.1/XLConnect’
> Warning in install.packages :
> installation of package ‘XLConnect’ had non-zero exit status
>
>
> Con xlsReadWrite -> me dice que no está disponible para R 3.1.1
>
> Con xlsx ->
>
>
> Error : package ‘rJava’ was built before R 3.0.0: please re-install it
> ERROR: lazy loading failed for package ‘xlsxjars’
> * removing ‘/home/miguelfg/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.1/xlsxjars’
> Warning in install.packages :
> installation of package ‘xlsxjars’ had non-zero exit status
> ERROR: dependency ‘xlsxjars’ is not available for package ‘xlsx’
> * removing ‘/home/miguelfg/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.1/xlsx’
> Warning in install.packages :
> installation of package ‘xlsx’ had non-zero exit status
>
> =================================
>
> Viendo que el problema parecía java + rJava, busqué y ejecuté -> sudo R CMD javareconf -e
>
> Pero parece que no termina bien ->
> conftest.c:1:17: fatal error: jni.h: No such file or directory
> compilation terminated.
> make: *** [conftest.o] Error 1
> Unable to compile a JNI program
>
>
>
>
>
>
>
>
>
>
>
> El 15 de agosto de 2014, 2:23, Jorge I Velez <jorgeivanvelez en gmail.com> escribió:
>
> Hola Miguel,
>
> A que te refieres con "y nada"? Obtienes algun error? Algun mensaje? Has probado con scan() y/o readLines()?
>
> Saludos,
> Jorge.-
>
>
>
> 2014-08-15 7:38 GMT+10:00 Miguel Fiandor Gutiérrez <miguel.fiandor.gutierrez en gmail.com>:
> Hola,
>
> Pensé que esto iba a ser trivial en R, pero me estoy encontrado muchos con
> mi problema en internet, y que las soluciones ofrecidas no terminan de
> funcionar.
>
> Estoy intentando leer un fichero .xls en ubuntu con los siguientes paquetes
> y nada:
>
> require(RODBC)
> conn = odbcConnectExcel("madrid.xls") # open a connection to the Excel file
> sqlTables(conn)$TABLE_NAME # show all sheets
> df = sqlFetch(conn, "Sheet1") # read a sheet
> df = sqlQuery(conn, "select * from [Sheet1 $]") # read a sheet (alternative
> SQL sintax)
> close(conn) # close the connection to the file
>
> require(gdata)
> xlsfile <- file.path(path.package('gdata'),'xls','madrid.xls')
> df = read.xls (xlsfile)
> df = read.xls (xlsfile, sheet = 1, header = TRUE)
> df = read.xls ("madrid.xls", sheet = 1, header = TRUE)
> df = read.xls ("madrid.xls")
>
> require(xlsx)
> read.xlsx("madrid.xls", sheetName = "Sheet1")
>
> library(XLConnect)
> wk = loadWorkbook("madrid.xls")
> df = readWorksheet(wk, sheet="Sheet1")
>
> --
>
> también he probado directamente read.table ya que el fichero es tipo xml
> por dentro:
> df = read.table("madrid.xls", header = TRUE)
>
>
> -- ejemplo del fichero:
> $ head -c 500 madrid.xls
> <table border="1"><tr><th bgcolor="#FFB18C">Nombre de la
> instalacion</th><th bgcolor="#FFB18C">Municipio de la instalacion</th><th
> bgcolor="#FFB18C">Provincia de la instalacion</th><th
> bgcolor="#FFB18C">Clave del registro</th><th bgcolor="#FFB18C">Codigo
> registro autonomico definitivo</th><th bgcolor="#FFB18C">Potencia nominal
> de la fase (kW)</th><th bgcolor="#FFB18C">Grupo Normativo</th><th
> bgcolor="#FFB18C">Tipo de Inscripcion</th></tr><tr><td>PERGOLA FOTOVOLTAICA
> JARDINES COMPLEJO DE MONCLOA
> ...
>
>
> Gracias de antemano.
>
> Por cierto, aprovecho que lanzo la pregunta es para una aplicación Shiny,
> alguna recomendación de como leer esta info solo una vez al arrancar el
> servidor?
>
>
> Miguel
>
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