[R-es] leer ficheros excel en R en Ubuntu

Miguel Fiandor Gutiérrez miguel.fiandor.gutierrez en gmail.com
Vie Ago 15 09:45:35 CEST 2014


Gracias Jorge por contestar tan rápido.

Con gdata hago eso del path, y directamente con el fichero, lo vi en una
web, y he intentado todas las opcioens que he visto.

En vez de install.packages('rJava', type = 'source')
he hecho install.packages('rJava')

Ahora probaré, y lo mismo con scan y readLines.


He visto en stackoverflow que mi problema puede ser actualizar java, u
openjava más bien ->
http://stackoverflow.com/questions/16438073/unable-to-install-rjava-in-r-3-0-in-ubuntu-13-04

Luego os cuento

Gracias de nuevo



El 15 de agosto de 2014, 9:38, Jorge I Velez <jorgeivanvelez en gmail.com>
escribió:

> Hola Miguel,
>
> Me queda claro lo de RODBC.  Lo que no entiendo muy bien es por que usas
>
>  file.path(path.package('gdata'),'xls','madrid.xls')
>
> cuando usas gdata.  Tus datos estan en la carpeta donde se encuentra en
> paquete?  O estan en otro lugar?  Comenzaria revisando el path al archivo y
> escribiendo
>
> datos <- read.xls("/path/al/archivo/madrid.xls", sheet = 1, header = TRUE)
> head(datos)
>
> Que version de R tienes?   Has intentado reinstalando rJava desde
> sources()?
>
> install.packages('rJava', type = 'source')
> require('rJava')
> require('xlsx')
>
> Las otras opciones, como mencione en mi mensaje anterior, es usar scan() y
> readLines().
>
> Saludos,
> Jorge.-
>
>
>
> 2014-08-15 17:29 GMT+10:00 Miguel Fiandor Gutiérrez <
> miguel.fiandor.gutierrez en gmail.com>:
>
> Hola,
>>
>> @javier, me gustaría no tener que hacer nada de forma manual, ni por
>> fuera de r, rstudio. Es decir, el típico comando de linux que me convierta
>> de xls a csv prefiero no usarlo. Me gustaría hacerlo todo desde R.
>>
>> @jorge ->
>>
>> Con RODBC me salta ->
>>
>>
>> Error: could not find function "odbcConnectExcel"
>>
>> Lo que creo que es inevitable en Ubuntu
>> <http://stackoverflow.com/questions/3426523/odbcconnectexcel-function-from-rodbc-package-for-r-not-found-on-ubuntu>
>> Con gdata ->
>>
>>
>> Unable to open file '/home/miguelfg/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.1/gdata/xls/madrid.xls'.Error in xls2sep(xls, sheet, verbose = verbose, ..., method = method,  :
>>   Intermediate file '/tmp/RtmpHRuknw/filefed757fcc67.csv' missing!In addition: Warning message:running command ''/usr/bin/perl'
>>
>> Con XLConnect ->
>>
>>
>> Error : package ‘rJava’ was built before R 3.0.0: please re-install itERROR: lazy loading failed for package ‘XLConnectJars’* removing ‘/home/miguelfg/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.1/XLConnectJars’Warning in install.packages :
>>   installation of package ‘XLConnectJars’ had non-zero exit statusERROR: dependency ‘XLConnectJars’ is not available for package ‘XLConnect’* removing ‘/home/miguelfg/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.1/XLConnect’Warning in install.packages :
>>   installation of package ‘XLConnect’ had non-zero exit status
>>
>> Con xlsReadWrite -> me dice que no está disponible para R 3.1.1 Con xlsx
>> ->
>>
>>
>> Error : package ‘rJava’ was built before R 3.0.0: please re-install itERROR: lazy loading failed for package ‘xlsxjars’* removing ‘/home/miguelfg/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.1/xlsxjars’Warning in install.packages :
>>   installation of package ‘xlsxjars’ had non-zero exit statusERROR: dependency ‘xlsxjars’ is not available for package ‘xlsx’* removing ‘/home/miguelfg/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.1/xlsx’Warning in install.packages :
>>   installation of package ‘xlsx’ had non-zero exit status
>>
>> ================================= Viendo que el problema parecía java +
>> rJava, busqué y ejecuté -> sudo R CMD javareconf -e Pero parece que no
>> termina bien -> conftest.c:1:17: fatal error: jni.h: No such file or
>> directory compilation terminated. make: *** [conftest.o] Error 1 Unable to
>> compile a JNI program
>>
>>
>> El 15 de agosto de 2014, 2:23, Jorge I Velez <jorgeivanvelez en gmail.com>
>> escribió:
>>
>> Hola Miguel,
>>>
>>> A que te refieres con "y nada"?  Obtienes algun error?  Algun mensaje?
>>>  Has probado con scan() y/o readLines()?
>>>
>>> Saludos,
>>> Jorge.-
>>>
>>>
>>>
>>> 2014-08-15 7:38 GMT+10:00 Miguel Fiandor Gutiérrez <
>>> miguel.fiandor.gutierrez en gmail.com>:
>>>
>>>> Hola,
>>>>
>>>> Pensé que esto iba a ser trivial en R, pero me estoy encontrado muchos
>>>> con
>>>> mi problema en internet, y que las soluciones ofrecidas no terminan de
>>>> funcionar.
>>>>
>>>> Estoy intentando leer un fichero .xls en ubuntu con los siguientes
>>>> paquetes
>>>> y nada:
>>>>
>>>> require(RODBC)
>>>> conn = odbcConnectExcel("madrid.xls") # open a connection to the Excel
>>>> file
>>>> sqlTables(conn)$TABLE_NAME # show all sheets
>>>> df = sqlFetch(conn, "Sheet1") # read a sheet
>>>> df = sqlQuery(conn, "select * from [Sheet1 $]") # read a sheet
>>>> (alternative
>>>> SQL sintax)
>>>> close(conn) # close the connection to the file
>>>>
>>>> require(gdata)
>>>> xlsfile <- file.path(path.package('gdata'),'xls','madrid.xls')
>>>> df = read.xls (xlsfile)
>>>> df = read.xls (xlsfile, sheet = 1, header = TRUE)
>>>> df = read.xls ("madrid.xls", sheet = 1, header = TRUE)
>>>> df = read.xls ("madrid.xls")
>>>>
>>>> require(xlsx)
>>>> read.xlsx("madrid.xls", sheetName = "Sheet1")
>>>>
>>>> library(XLConnect)
>>>> wk = loadWorkbook("madrid.xls")
>>>> df = readWorksheet(wk, sheet="Sheet1")
>>>>
>>>> --
>>>>
>>>> también he probado directamente read.table ya que el fichero es tipo xml
>>>> por dentro:
>>>> df = read.table("madrid.xls", header = TRUE)
>>>>
>>>>
>>>> -- ejemplo del fichero:
>>>> $ head -c 500 madrid.xls
>>>> <table border="1"><tr><th bgcolor="#FFB18C">Nombre de la
>>>> instalacion</th><th bgcolor="#FFB18C">Municipio de la
>>>> instalacion</th><th
>>>> bgcolor="#FFB18C">Provincia de la instalacion</th><th
>>>> bgcolor="#FFB18C">Clave del registro</th><th bgcolor="#FFB18C">Codigo
>>>> registro autonomico definitivo</th><th bgcolor="#FFB18C">Potencia
>>>> nominal
>>>> de la fase (kW)</th><th bgcolor="#FFB18C">Grupo Normativo</th><th
>>>> bgcolor="#FFB18C">Tipo de Inscripcion</th></tr><tr><td>PERGOLA
>>>> FOTOVOLTAICA
>>>> JARDINES COMPLEJO DE MONCLOA
>>>> ...
>>>>
>>>>
>>>> Gracias de antemano.
>>>>
>>>> Por cierto, aprovecho que lanzo la pregunta es para una aplicación
>>>> Shiny,
>>>> alguna recomendación de como leer esta info solo una vez al arrancar el
>>>> servidor?
>>>>
>>>>
>>>> Miguel
>>>>
>>>>         [[alternative HTML version deleted]]
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>>>> R-help-es en r-project.org
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