[R-es] leer ficheros excel en R en Ubuntu

[Miguel Fiandor Gutiérrez]

Hola,

@javier, me gustaría no tener que hacer nada de forma manual, ni por fuera
de r, rstudio. Es decir, el típico comando de linux que me convierta de xls
a csv prefiero no usarlo. Me gustaría hacerlo todo desde R.

@jorge ->

Con RODBC me salta ->

Error: could not find function "odbcConnectExcel"

Lo que creo que es inevitable en Ubuntu
<http://stackoverflow.com/questions/3426523/odbcconnectexcel-function-from-rodbc-package-for-r-not-found-on-ubuntu>
Con gdata ->

Unable to open file
'/home/miguelfg/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.1/gdata/xls/madrid.xls'.Error
in xls2sep(xls, sheet, verbose = verbose, ..., method = method,  :
  Intermediate file '/tmp/RtmpHRuknw/filefed757fcc67.csv' missing!In
addition: Warning message:running command ''/usr/bin/perl'

Con XLConnect ->

Error : package ‘rJava’ was built before R 3.0.0: please re-install
itERROR: lazy loading failed for package ‘XLConnectJars’* removing
‘/home/miguelfg/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.1/XLConnectJars’Warning
in install.packages :
  installation of package ‘XLConnectJars’ had non-zero exit
statusERROR: dependency ‘XLConnectJars’ is not available for package
‘XLConnect’* removing
‘/home/miguelfg/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.1/XLConnect’Warning in
install.packages :
  installation of package ‘XLConnect’ had non-zero exit status

Con xlsReadWrite -> me dice que no está disponible para R 3.1.1 Con xlsx ->

Error : package ‘rJava’ was built before R 3.0.0: please re-install
itERROR: lazy loading failed for package ‘xlsxjars’* removing
‘/home/miguelfg/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.1/xlsxjars’Warning in
install.packages :
  installation of package ‘xlsxjars’ had non-zero exit statusERROR:
dependency ‘xlsxjars’ is not available for package ‘xlsx’* removing
‘/home/miguelfg/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.1/xlsx’Warning in
install.packages :
  installation of package ‘xlsx’ had non-zero exit status

================================= Viendo que el problema parecía java +
rJava, busqué y ejecuté -> sudo R CMD javareconf -e Pero parece que no
termina bien -> conftest.c:1:17: fatal error: jni.h: No such file or
directory compilation terminated. make: *** [conftest.o] Error 1 Unable to
compile a JNI program


El 15 de agosto de 2014, 2:23, Jorge I Velez <jorgeivanvelez en gmail.com>
escribió:

> Hola Miguel,
>
> A que te refieres con "y nada"?  Obtienes algun error?  Algun mensaje?
>  Has probado con scan() y/o readLines()?
>
> Saludos,
> Jorge.-
>
>
>
> 2014-08-15 7:38 GMT+10:00 Miguel Fiandor Gutiérrez <
> miguel.fiandor.gutierrez en gmail.com>:
>
>> Hola,
>>
>> Pensé que esto iba a ser trivial en R, pero me estoy encontrado muchos con
>> mi problema en internet, y que las soluciones ofrecidas no terminan de
>> funcionar.
>>
>> Estoy intentando leer un fichero .xls en ubuntu con los siguientes
>> paquetes
>> y nada:
>>
>> require(RODBC)
>> conn = odbcConnectExcel("madrid.xls") # open a connection to the Excel
>> file
>> sqlTables(conn)$TABLE_NAME # show all sheets
>> df = sqlFetch(conn, "Sheet1") # read a sheet
>> df = sqlQuery(conn, "select * from [Sheet1 $]") # read a sheet
>> (alternative
>> SQL sintax)
>> close(conn) # close the connection to the file
>>
>> require(gdata)
>> xlsfile <- file.path(path.package('gdata'),'xls','madrid.xls')
>> df = read.xls (xlsfile)
>> df = read.xls (xlsfile, sheet = 1, header = TRUE)
>> df = read.xls ("madrid.xls", sheet = 1, header = TRUE)
>> df = read.xls ("madrid.xls")
>>
>> require(xlsx)
>> read.xlsx("madrid.xls", sheetName = "Sheet1")
>>
>> library(XLConnect)
>> wk = loadWorkbook("madrid.xls")
>> df = readWorksheet(wk, sheet="Sheet1")
>>
>> --
>>
>> también he probado directamente read.table ya que el fichero es tipo xml
>> por dentro:
>> df = read.table("madrid.xls", header = TRUE)
>>
>>
>> -- ejemplo del fichero:
>> $ head -c 500 madrid.xls
>> <table border="1"><tr><th bgcolor="#FFB18C">Nombre de la
>> instalacion</th><th bgcolor="#FFB18C">Municipio de la instalacion</th><th
>> bgcolor="#FFB18C">Provincia de la instalacion</th><th
>> bgcolor="#FFB18C">Clave del registro</th><th bgcolor="#FFB18C">Codigo
>> registro autonomico definitivo</th><th bgcolor="#FFB18C">Potencia nominal
>> de la fase (kW)</th><th bgcolor="#FFB18C">Grupo Normativo</th><th
>> bgcolor="#FFB18C">Tipo de Inscripcion</th></tr><tr><td>PERGOLA
>> FOTOVOLTAICA
>> JARDINES COMPLEJO DE MONCLOA
>> ...
>>
>>
>> Gracias de antemano.
>>
>> Por cierto, aprovecho que lanzo la pregunta es para una aplicación Shiny,
>> alguna recomendación de como leer esta info solo una vez al arrancar el
>> servidor?
>>
>>
>> Miguel
>>
>>         [[alternative HTML version deleted]]
>>
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