[R-es] problema con RStudio
Carlos J. Gil Bellosta
cgb en datanalytics.com
Mar Abr 1 15:36:47 CEST 2014
Hola, ¿qué tal?
Pues ahora tengo dudas. Si lees los comentarios de
https://help.ubuntu.com/community/EnvironmentVariables#Persistent_environment_variables
sobre LD_LIBRARY_PATH, verás que dice que solo puedes "set this
environment variable inside an interactive shell" (como cuando corres
R desde una consola).
Supongo que no ocurre así cuando abres R a través de RStudio (que abre
R de otra manera). En la misma página dice que
"You must use /etc/ld.so.conf.d/*.conf configuration files."
Igual lo que tienes que hacer es ir a /etc/ld.so.conf.d/ y añadir un
.conf ahí (similar a los otros) indicando dónde encontrar esas
librerías que te faltan.
Un saludo,
Carlos J. Gil Bellosta
http://www.datanalytics.com
El día 1 de abril de 2014, 15:21, Luis Ridao <luridao en gmail.com> escribió:
> Carlos,
>
> He leido la solución en el enlace que mandaste pero antes de arreglarlo
> me gustaria cercioarme de que no hago nada erróneo.
> Lo que tengo que hacer es añadir al fichero ~/.profile (debajo)
> la última linea (la del export), no?
>
> Aqui si funciona (terminal)
>
>> Sys.getenv("LD_LIBRARY_PATH")
> [1]
> "/usr/lib/R/lib:/lib:/usr/lib/i386-linux-gnu:/usr/lib/jvm/java-7-openjdk-i386/jre/lib/i386/client"
>
> Aqui no funciona (RStudio)
>
>> Sys.getenv("LD_LIBRARY_PATH")
> [1]
> "/usr/lib/R/lib:/usr/lib/i386-linux-gnu:/usr/lib/jvm/java-7-openjdk-i386/jre/lib/i386/client:/u01/app/luisr/product/11.1.0/client_1/lib"
>
> ################ ~/.profile #############################
> # ~/.profile: executed by the command interpreter for login shells.
> # This file is not read by bash(1), if ~/.bash_profile or ~/.bash_login
> # exists.
> # see /usr/share/doc/bash/examples/startup-files for examples.
> # the files are located in the bash-doc package.
>
> # the default umask is set in /etc/profile; for setting the umask
> # for ssh logins, install and configure the libpam-umask package.
> #umask 022
>
> # if running bash
> if [ -n "$BASH_VERSION" ]; then
> # include .bashrc if it exists
> if [ -f "$HOME/.bashrc" ]; then
> . "$HOME/.bashrc"
> fi
> fi
>
> # set PATH so it includes user's private bin if it exists
> if [ -d "$HOME/bin" ] ; then
> PATH="$HOME/bin:$PATH"
> fi
> ##########################################################
>
> export
> LD_LIBRARY_PATH="$LD_LIBRARY_PATH:/u01/app/luisr/product/11.1.0/client_1/lib"
>
> saludos,
> Luis
>
>
>
> -.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-
> Luis Ridao Cruz
> Faroe Marine Research Institute
> Nóatún 1, P.O. Box 3051
> FO-110 Tórshavn
> Faroe Islands
> Tel : (+298) 353900
> Fax: : (+298) 353901
> e-mail: luisr en hav.fo
> luridao en gmail.com
> -.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-
>
>
>
> 2014-04-01 13:48 GMT+01:00 Carlos J. Gil Bellosta <cgb en datanalytics.com>:
>
>> Pues ahí lo tienes.
>>
>> De alguna manera R (a través de RStudio) no está incorporando el
>> directorio
>>
>> /u01/app/luisr/product/11.1.0/client_1/lib
>>
>> donde se ve que tienes las librerías de ODBC al "LD path". Échale un
>> vistazo a
>>
>>
>> https://support.rstudio.com/hc/communities/public/questions/200641818-How-to-configure-libPaths-?locale=en-us
>>
>> Aparentemente RStudio tiene su propio sistema para iniciar sesiones de
>> R e ignora la configuración por defecto de R. Échale un vistazo a la
>> última parte de
>>
>>
>> https://support.rstudio.com/hc/communities/public/questions/200656597-Manipulation-of-LD-LIBRARY-PATH-in-RStudio-Desktop
>>
>> y creo que tienes la solución.
>>
>> Un saludo,
>>
>> Carlos J. Gil Bellosta
>> http://www.datanalytics.com
>>
>> El día 1 de abril de 2014, 14:33, Luis Ridao <luridao en gmail.com> escribió:
>> > Aqui si funciona (R en terminal)
>> >
>> >> Sys.getenv("LD_LIBRARY_PATH")
>> > [1]
>> >
>> > "/usr/lib/R/lib:/usr/lib/i386-linux-gnu:/usr/lib/jvm/java-7-openjdk-i386/jre/lib/i386/client:/u01/app/luisr/product/11.1.0/client_1/lib"
>> >
>> > Aqui no funciona (RStudio en terminal)
>> >
>> >> Sys.getenv("LD_LIBRARY_PATH")
>> > [1]
>> >
>> > "/usr/lib/R/lib:/lib:/usr/lib/i386-linux-gnu:/usr/lib/jvm/java-7-openjdk-i386/jre/lib/i386/client"
>> >
>> >
>> > saludos,
>> > Luis
>> >
>> >
>> > -.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-
>> > Luis Ridao Cruz
>> > Faroe Marine Research Institute
>> > Nóatún 1, P.O. Box 3051
>> > FO-110 Tórshavn
>> > Faroe Islands
>> > Tel : (+298) 353900
>> > Fax: : (+298) 353901
>> > e-mail: luisr en hav.fo
>> > luridao en gmail.com
>> > -.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-
>> >
>> >
>> >
>> > 2014-04-01 13:26 GMT+01:00 Carlos J. Gil Bellosta
>> > <cgb en datanalytics.com>:
>> >
>> >> Hola, ¿qué tal?
>> >>
>> >> ¿Puedes comparar la salida del comando
>> >>
>> >> Sys.getenv("LD_LIBRARY_PATH")
>> >>
>> >> en una sesión en la que funciona RODBC y otra en la que obtienes el
>> >> error anterior?
>> >>
>> >> Un saludo,
>> >>
>> >> Carlos J. Gil Bellosta
>> >> http://www.datanalytics.com
>> >>
>> >> P.D.: A propósito, también he estado tratando de utilizar RODBC en
>> >> Linux y me he acabado rindiendo. Sobre todo porque RJDBC funciona
>> >> bastante bien. Aunque, claro está, todo depende de qué base de datos
>> >> estés atacando, en qué estado estén sus drivers, etc.
>> >>
>> >> El día 1 de abril de 2014, 14:18, Luis Ridao <luridao en gmail.com>
>> >> escribió:
>> >> >
>> >> > yo tampoco
>> >> >
>> >> > saludos,
>> >> > Luis
>> >> >
>> >> >
>> >> > -.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-
>> >> > Luis Ridao Cruz
>> >> > Faroe Marine Research Institute
>> >> > Nóatún 1, P.O. Box 3051
>> >> > FO-110 Tórshavn
>> >> > Faroe Islands
>> >> > Tel : (+298) 353900
>> >> > Fax: : (+298) 353901
>> >> > e-mail: luisr en hav.fo
>> >> > luridao en gmail.com
>> >> > -.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-
>> >> >
>> >> >
>> >> >
>> >> > 2014-04-01 13:16 GMT+01:00 Eduardo Bieñkowski <edukoski en gmail.com>:
>> >> >
>> >> >> No, no estoy usando Rstudio Server
>> >> >>
>> >> >>
>> >> >>
>> >> >> El 1 de abril de 2014, 9:07, Carlos J. Gil Bellosta
>> >> >> <cgb en datanalytics.com>
>> >> >> escribió:
>> >> >>
>> >> >>> Una pregunta... no estarás utilizando RStudio server, ¿verdad?
>> >> >>>
>> >> >>> En tal caso, lo que tienes que hacer es configurar
>> >> >>> /etc/rstudio/rstudio.conf tal como indica en
>> >> >>>
>> >> >>> http://www.rstudio.com/ide/docs/server/configuration
>> >> >>>
>> >> >>> En particular, échale un vistazo a la variable
>> >> >>> rsession-ld-library-path
>> >> >>>
>> >> >>> (Si no estás usando RStudio server, ignora este comentario).
>> >> >>>
>> >> >>> Un saludo,
>> >> >>>
>> >> >>> Carlos J. Gil Bellosta
>> >> >>> http://www.datanalytics.com
>> >> >>>
>> >> >>> El día 1 de abril de 2014, 14:00, Luis Ridao <luridao en gmail.com>
>> >> >>> escribió:
>> >> >>> >
>> >> >>> > Carlos,
>> >> >>> >
>> >> >>> > al parecer tengo instalado el paquete RODBC en :
>> >> >>> >
>> >> >>> > /home/luisr/R/i686-pc-linux-gnu-library/3.0/RODBC/
>> >> >>> >
>> >> >>> > no hay nada en (carpeta vacia):
>> >> >>> >
>> >> >>> > /usr/local/lib/R/site-library/
>> >> >>> >
>> >> >>> > en el directorio:
>> >> >>> >
>> >> >>> > /usr/local/lib/R/site-library
>> >> >>> >
>> >> >>> > hay paquetes que vienen con R pero RODBC no
>> >> >>> >
>> >> >>> > saludos,
>> >> >>> > Luis
>> >> >>> >
>> >> >>> >
>> >> >>> >
>> >> >>> >
>> >> >>> >
>> >> >>> > -.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-
>> >> >>> > Luis Ridao Cruz
>> >> >>> > Faroe Marine Research Institute
>> >> >>> > Nóatún 1, P.O. Box 3051
>> >> >>> > FO-110 Tórshavn
>> >> >>> > Faroe Islands
>> >> >>> > Tel : (+298) 353900
>> >> >>> > Fax: : (+298) 353901
>> >> >>> > e-mail: luisr en hav.fo
>> >> >>> > luridao en gmail.com
>> >> >>> > -.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-
>> >> >>> >
>> >> >>> >
>> >> >>> >
>> >> >>> > 2014-04-01 11:29 GMT+01:00 Carlos J. Gil Bellosta
>> >> >>> > <cgb en datanalytics.com>:
>> >> >>> >
>> >> >>> >> Hola, ¿qué tal?
>> >> >>> >>
>> >> >>> >> ¿Has mirado si estás usando el mismo paquete RODBC en línea de
>> >> >>> >> comandos y en RStudio? Es posible que lo tengas instalado en dos
>> >> >>> >> sitios distintos (una, en /usr/local/lib/R/site-library/ y otra
>> >> >>> >> en
>> >> >>> >> ~/R/...).
>> >> >>> >>
>> >> >>> >> RStudio tiene la manía de, por defecto, instalar paquetes en
>> >> >>> >> ~/R/... y
>> >> >>> >> me ha pasado alguna vez el tener instaladas versiones distintas
>> >> >>> >> en
>> >> >>> >> lugares distintos (y toparme con problemas no muy distintos de
>> >> >>> >> los
>> >> >>> >> que
>> >> >>> >> mencionas).
>> >> >>> >>
>> >> >>> >> Un saludo,
>> >> >>> >>
>> >> >>> >> Carlos J. Gil Bellosta
>> >> >>> >> http://www.datanalytics.com
>> >> >>> >>
>> >> >>> >> El día 1 de abril de 2014, 12:05, Luis Ridao <luridao en gmail.com>
>> >> >>> >> escribió:
>> >> >>> >> > Hola a todos,
>> >> >>> >> >
>> >> >>> >> > Tengo un problema con RStudio y la conexión a una base de
>> >> >>> >> > datos.
>> >> >>> >> >
>> >> >>> >> > Desde la terminal no tengo problemas para ejecutar, por
>> >> >>> >> > ejemplo:
>> >> >>> >> >
>> >> >>> >> > library(RODBC)
>> >> >>> >> > channel <- odbcConnect("MiBaseDatos", uid = "MiUsuario", pwd =
>> >> >>> >> > "MiContrasena")
>> >> >>> >> >
>> >> >>> >> > datos <- sqlQuery(channel,"SELECT
>> >> >>> >> > TO_CHAR(S.B_STOD_DATO,'YYYY') \
>> >> >>> >> > , M.STODNR \
>> >> >>> >> > ...
>> >> >>> >> > ...
>> >> >>> >> > ...")
>> >> >>> >> >
>> >> >>> >> > pero desde Rstudio me encuentro siempre con el siguiente
>> >> >>> >> > error:
>> >> >>> >> >
>> >> >>> >> > Warning messages:
>> >> >>> >> > 1: In
>> >> >>> >> >
>> >> >>> >> >
>> >> >>> >> > odbcDriverConnect("DSN=MiBaseDatos;UID=MiUsuario;PWD=MiContrasena")
>> >> >>> >> > :
>> >> >>> >> > [RODBC] ERROR: state 01000, code 0, message
>> >> >>> >> > [unixODBC][Driver
>> >> >>> >> > Manager]Can't open lib
>> >> >>> >> > '/u01/app/luisr/product/11.1.0/client_1/lib/libsqora.so.11.1'
>> >> >>> >> > :
>> >> >>> >> > file
>> >> >>> >> > not
>> >> >>> >> > found
>> >> >>> >> > 2: In
>> >> >>> >> >
>> >> >>> >> >
>> >> >>> >> > odbcDriverConnect("DSN=MiBaseDatos;UID=MiUsuario;PWD=MiContrasena")
>> >> >>> >> > :
>> >> >>> >> > ODBC connection failed
>> >> >>> >> >
>> >> >>> >> > El fichero existe y es ejecutable (como lo demuestra el mismo
>> >> >>> >> > código
>> >> >>> >> > en
>> >> >>> >> > la
>> >> >>> >> > terminal)
>> >> >>> >> >
>> >> >>> >> > luisr en luisr:~$ ls -gGl
>> >> >>> >> > /u01/app/luisr/product/11.1.0/client_1/lib/libsqora.so.11.1
>> >> >>> >> > -rwxrwxrwx 1 768798 aug 1 2007
>> >> >>> >> > /u01/app/luisr/product/11.1.0/client_1/lib/libsqora.so.11.1
>> >> >>> >> >
>> >> >>> >> > Se ha encontrado alguien con este tipo de problema?
>> >> >>> >> >
>> >> >>> >> > gracias por adelantado,
>> >> >>> >> > Luis
>> >> >>> >> >
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