[R-es] problema con RStudio
Carlos J. Gil Bellosta
cgb en datanalytics.com
Mar Abr 1 14:48:41 CEST 2014
Pues ahí lo tienes.
De alguna manera R (a través de RStudio) no está incorporando el directorio
/u01/app/luisr/product/11.1.0/client_1/lib
donde se ve que tienes las librerías de ODBC al "LD path". Échale un vistazo a
https://support.rstudio.com/hc/communities/public/questions/200641818-How-to-configure-libPaths-?locale=en-us
Aparentemente RStudio tiene su propio sistema para iniciar sesiones de
R e ignora la configuración por defecto de R. Échale un vistazo a la
última parte de
https://support.rstudio.com/hc/communities/public/questions/200656597-Manipulation-of-LD-LIBRARY-PATH-in-RStudio-Desktop
y creo que tienes la solución.
Un saludo,
Carlos J. Gil Bellosta
http://www.datanalytics.com
El día 1 de abril de 2014, 14:33, Luis Ridao <luridao en gmail.com> escribió:
> Aqui si funciona (R en terminal)
>
>> Sys.getenv("LD_LIBRARY_PATH")
> [1]
> "/usr/lib/R/lib:/usr/lib/i386-linux-gnu:/usr/lib/jvm/java-7-openjdk-i386/jre/lib/i386/client:/u01/app/luisr/product/11.1.0/client_1/lib"
>
> Aqui no funciona (RStudio en terminal)
>
>> Sys.getenv("LD_LIBRARY_PATH")
> [1]
> "/usr/lib/R/lib:/lib:/usr/lib/i386-linux-gnu:/usr/lib/jvm/java-7-openjdk-i386/jre/lib/i386/client"
>
>
> saludos,
> Luis
>
>
> -.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-
> Luis Ridao Cruz
> Faroe Marine Research Institute
> Nóatún 1, P.O. Box 3051
> FO-110 Tórshavn
> Faroe Islands
> Tel : (+298) 353900
> Fax: : (+298) 353901
> e-mail: luisr en hav.fo
> luridao en gmail.com
> -.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-
>
>
>
> 2014-04-01 13:26 GMT+01:00 Carlos J. Gil Bellosta <cgb en datanalytics.com>:
>
>> Hola, ¿qué tal?
>>
>> ¿Puedes comparar la salida del comando
>>
>> Sys.getenv("LD_LIBRARY_PATH")
>>
>> en una sesión en la que funciona RODBC y otra en la que obtienes el
>> error anterior?
>>
>> Un saludo,
>>
>> Carlos J. Gil Bellosta
>> http://www.datanalytics.com
>>
>> P.D.: A propósito, también he estado tratando de utilizar RODBC en
>> Linux y me he acabado rindiendo. Sobre todo porque RJDBC funciona
>> bastante bien. Aunque, claro está, todo depende de qué base de datos
>> estés atacando, en qué estado estén sus drivers, etc.
>>
>> El día 1 de abril de 2014, 14:18, Luis Ridao <luridao en gmail.com> escribió:
>> >
>> > yo tampoco
>> >
>> > saludos,
>> > Luis
>> >
>> >
>> > -.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-
>> > Luis Ridao Cruz
>> > Faroe Marine Research Institute
>> > Nóatún 1, P.O. Box 3051
>> > FO-110 Tórshavn
>> > Faroe Islands
>> > Tel : (+298) 353900
>> > Fax: : (+298) 353901
>> > e-mail: luisr en hav.fo
>> > luridao en gmail.com
>> > -.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-
>> >
>> >
>> >
>> > 2014-04-01 13:16 GMT+01:00 Eduardo Bieñkowski <edukoski en gmail.com>:
>> >
>> >> No, no estoy usando Rstudio Server
>> >>
>> >>
>> >>
>> >> El 1 de abril de 2014, 9:07, Carlos J. Gil Bellosta
>> >> <cgb en datanalytics.com>
>> >> escribió:
>> >>
>> >>> Una pregunta... no estarás utilizando RStudio server, ¿verdad?
>> >>>
>> >>> En tal caso, lo que tienes que hacer es configurar
>> >>> /etc/rstudio/rstudio.conf tal como indica en
>> >>>
>> >>> http://www.rstudio.com/ide/docs/server/configuration
>> >>>
>> >>> En particular, échale un vistazo a la variable
>> >>> rsession-ld-library-path
>> >>>
>> >>> (Si no estás usando RStudio server, ignora este comentario).
>> >>>
>> >>> Un saludo,
>> >>>
>> >>> Carlos J. Gil Bellosta
>> >>> http://www.datanalytics.com
>> >>>
>> >>> El día 1 de abril de 2014, 14:00, Luis Ridao <luridao en gmail.com>
>> >>> escribió:
>> >>> >
>> >>> > Carlos,
>> >>> >
>> >>> > al parecer tengo instalado el paquete RODBC en :
>> >>> >
>> >>> > /home/luisr/R/i686-pc-linux-gnu-library/3.0/RODBC/
>> >>> >
>> >>> > no hay nada en (carpeta vacia):
>> >>> >
>> >>> > /usr/local/lib/R/site-library/
>> >>> >
>> >>> > en el directorio:
>> >>> >
>> >>> > /usr/local/lib/R/site-library
>> >>> >
>> >>> > hay paquetes que vienen con R pero RODBC no
>> >>> >
>> >>> > saludos,
>> >>> > Luis
>> >>> >
>> >>> >
>> >>> >
>> >>> >
>> >>> >
>> >>> > -.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-
>> >>> > Luis Ridao Cruz
>> >>> > Faroe Marine Research Institute
>> >>> > Nóatún 1, P.O. Box 3051
>> >>> > FO-110 Tórshavn
>> >>> > Faroe Islands
>> >>> > Tel : (+298) 353900
>> >>> > Fax: : (+298) 353901
>> >>> > e-mail: luisr en hav.fo
>> >>> > luridao en gmail.com
>> >>> > -.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-
>> >>> >
>> >>> >
>> >>> >
>> >>> > 2014-04-01 11:29 GMT+01:00 Carlos J. Gil Bellosta
>> >>> > <cgb en datanalytics.com>:
>> >>> >
>> >>> >> Hola, ¿qué tal?
>> >>> >>
>> >>> >> ¿Has mirado si estás usando el mismo paquete RODBC en línea de
>> >>> >> comandos y en RStudio? Es posible que lo tengas instalado en dos
>> >>> >> sitios distintos (una, en /usr/local/lib/R/site-library/ y otra en
>> >>> >> ~/R/...).
>> >>> >>
>> >>> >> RStudio tiene la manía de, por defecto, instalar paquetes en
>> >>> >> ~/R/... y
>> >>> >> me ha pasado alguna vez el tener instaladas versiones distintas en
>> >>> >> lugares distintos (y toparme con problemas no muy distintos de los
>> >>> >> que
>> >>> >> mencionas).
>> >>> >>
>> >>> >> Un saludo,
>> >>> >>
>> >>> >> Carlos J. Gil Bellosta
>> >>> >> http://www.datanalytics.com
>> >>> >>
>> >>> >> El día 1 de abril de 2014, 12:05, Luis Ridao <luridao en gmail.com>
>> >>> >> escribió:
>> >>> >> > Hola a todos,
>> >>> >> >
>> >>> >> > Tengo un problema con RStudio y la conexión a una base de datos.
>> >>> >> >
>> >>> >> > Desde la terminal no tengo problemas para ejecutar, por ejemplo:
>> >>> >> >
>> >>> >> > library(RODBC)
>> >>> >> > channel <- odbcConnect("MiBaseDatos", uid = "MiUsuario", pwd =
>> >>> >> > "MiContrasena")
>> >>> >> >
>> >>> >> > datos <- sqlQuery(channel,"SELECT TO_CHAR(S.B_STOD_DATO,'YYYY') \
>> >>> >> > , M.STODNR \
>> >>> >> > ...
>> >>> >> > ...
>> >>> >> > ...")
>> >>> >> >
>> >>> >> > pero desde Rstudio me encuentro siempre con el siguiente error:
>> >>> >> >
>> >>> >> > Warning messages:
>> >>> >> > 1: In
>> >>> >> >
>> >>> >> > odbcDriverConnect("DSN=MiBaseDatos;UID=MiUsuario;PWD=MiContrasena")
>> >>> >> > :
>> >>> >> > [RODBC] ERROR: state 01000, code 0, message [unixODBC][Driver
>> >>> >> > Manager]Can't open lib
>> >>> >> > '/u01/app/luisr/product/11.1.0/client_1/lib/libsqora.so.11.1' :
>> >>> >> > file
>> >>> >> > not
>> >>> >> > found
>> >>> >> > 2: In
>> >>> >> >
>> >>> >> > odbcDriverConnect("DSN=MiBaseDatos;UID=MiUsuario;PWD=MiContrasena")
>> >>> >> > :
>> >>> >> > ODBC connection failed
>> >>> >> >
>> >>> >> > El fichero existe y es ejecutable (como lo demuestra el mismo
>> >>> >> > código
>> >>> >> > en
>> >>> >> > la
>> >>> >> > terminal)
>> >>> >> >
>> >>> >> > luisr en luisr:~$ ls -gGl
>> >>> >> > /u01/app/luisr/product/11.1.0/client_1/lib/libsqora.so.11.1
>> >>> >> > -rwxrwxrwx 1 768798 aug 1 2007
>> >>> >> > /u01/app/luisr/product/11.1.0/client_1/lib/libsqora.so.11.1
>> >>> >> >
>> >>> >> > Se ha encontrado alguien con este tipo de problema?
>> >>> >> >
>> >>> >> > gracias por adelantado,
>> >>> >> > Luis
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