[R-es] Solapamiento de funciones de densidad
Carlos Pérez Carmona
carlos.perez en uam.es
Lun Sep 16 10:08:04 CEST 2013
Hola Ángel,
Nosotros creamos recientemente una función para calcular el overlap entre
distintos caracteres de especies de plantas o animales. La función (trova)
puedes encontrarla aquí:
http://www.butbn.cas.cz/francesco/Webpage/R_Functions.html
Y la parte de la misma que sirve para calcular el solapamiento de dos
funciones de densidad (que creo que es lo que quieres hacer), es esta:
kernel.dist<-function(sp1,sp2) {
n.obs<-c(length(sp1),length(sp2))
sdevs<-c(sd(sp1,na.rm=TRUE),sd(sp2,na.rm=TRUE))
means<-c(mean(sp1,na.rm=TRUE),mean(sp2,na.rm=TRUE))
h<-1.06*sdevs*(n.obs^-0.2)
range_sp<-range(c(means[1]+5*sdevs[1],means[1]-5*sdevs[1],means[2]+5*sdevs[2
],means[2]-5*sdevs[2]))
length.grad<-seq(range_sp[1],range_sp[2],length.out=128)
pdf_x<-density(sp1,
bw=h[1],kernel="gaussian",from=range_sp[1],to=range_sp[2],n=128,na.rm=TRUE)$
x
pdf_sp1<-density(sp1,
bw=h[1],kernel="gaussian",from=range_sp[1],to=range_sp[2],n=128,na.rm=TRUE)$
y
pdf_sp2<-density(sp2,
bw=h[2],kernel="gaussian",from=range_sp[1],to=range_sp[2],n=128,na.rm=TRUE)$
y
overlapped<-apply(cbind(pdf_sp1,pdf_sp2), 1, min)
overlapped.curve<-splinefun(x=length.grad, y=overlapped)
overlap<-integrate(overlapped.curve,range_sp[1],range_sp[2],subdivisions=128
)$value
return(overlap)
}
Suerte!
Carlos
-----Mensaje original-----
De: Ángel [mailto:setecaelacara en yahoo.es]
Enviado el: lunes, 16 de septiembre de 2013 0:04
Para: r-help-es en r-project.org
Asunto: [R-es] Solapamiento de funciones de densidad
Hola a todos.
Estoy interesado en obtener el grado de solapamiento de dos parametros
obtenidos a partir de una MCMC.
La gente que he consultado realiza inspecciones visuales (graficando ambas
funciones de densidad  de los valores obtenidos y viendo si hay mucho o
poco solapamiento), pero me gustarÃa incluirlo en una serie de simulaciones
con lo que no podrÃa realizarlas.
Conoceia alguna manera de, con los valores numéricos obtenidos a partir de
la MCMC, llegar a un resultado tal que muestre el porcentaje de solapamiento
entre las diatribuciones de densidad de ambos parámetros?  (Algo asà como
68%, 75% etc).
Saludos y gracias por adelantado!
Sent from Samsung tablet"Dr. José A. Betancourt B."
<jbetancourt en iscmc.cmw.sld.cu> wrote:
deseamos realizar es una prueba no param�trica para demostrar que el IMC
encontrado difiere significtivamente entre aquellos que tienen a_HTA
(entecedentas HTA) y los que no lo tienen ( en SPSS de forma f�cil
utilizo varios m�todos �Cu�l es la sintaxis para hacerlo posible en R?
wilcox.test requiere definir x y y � como es la sintaxis en R?
a_HTA
IMC
si
26
si
25
si
26
si
21
si
25
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23
si
28
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24
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27
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