[R-es] Fwd: Cambiando limites en hclust()

[Marcuzzi, Javier Rubén]

Estimado Jorge Velez

Yo no utilizo ese tipo de gráficos, los ignoro completamente, pero aprendo 
de los otros.
En el código leo:
axis(2, at = seq(.5, 1.5, by = .05), las = 1)
para ambos gráficos, pero al ejecutarlo en mi caso no da una escala igual, 
desde .5 a 1.5, ambos comienzan en 0.5, pero terminan la escala en 1.00 y 
1.15

¿Puede ser que al ser un ejemplo esto no permita el gráfico con dos sub 
gráficos e idéntica escala pero en lo real si lo permite?

Javier Marcuzzi


-----Original Message----- 
From: Jorge I Velez
Sent: Wednesday, May 22, 2013 4:46 AM
To: Carlos Ortega ; Daniel Merino
Cc: Lista R
Subject: Re: [R-es] Fwd: Cambiando limites en hclust()

Disculpas a todos.  Las primeras 3 lineas deberian haber sido:

# plot generation
if(!require(pvclust))
install.packages('pvclust', repos = 'http://cran.ma.imperial.ac.uk/')
suppressPackageStartupMessages(require(pvclust))

Jorge.-



2013/5/22 Jorge I Velez <jorgeivanvelez en gmail.com>

> Muchisimas gracias Carlos y Daniel.
>
> Las alternativas son promisorias, pero desafortunadamente no realizan lo
> que intento hacer: que ambos graficos en
> https://dl.dropboxusercontent.com/u/9601860/cluster.pdf tengan la misma
> escala en el eje "y".
>
> El codigo para generar este grafico es el siguiente:
>
> # plot generation
> if(!require(pvclust))
>  install.packages('pvclust', repos = 'http://cran.ma.imperial.ac.uk/')
>  suppressPackageStartupMessages(require(pROC))
>  set.seed(123)
> A <- matrix(rnorm(23*8), ncol = 8)
> B <- matrix(rnorm(23*8), ncol = 8)
> colnames(A) <- colnames(B) <- letters[1:8]
> rA <- pvclust(A, method.hclust = "average", method.dist = "correlation",
> nboot = 100 )
> rB <- pvclust(B, method.hclust = "average", method.dist = "correlation",
> nboot = 100 )
>
> par(mfrow = c(1, 2), mar = c(2, 4, 3, 4), oma = c(.1, .1, .1, .1))
> plot(rA, xlab = "", sub = "", las = 1, main = "", yaxt = "n")
> axis(2, at = seq(.5, 1.5, by = .05), las = 1)
>
> plot(rB, xlab = "", sub = "", las = 1, main = "", yaxt = "n")
> axis(2, at = seq(.5, 1.5, by = .05), las = 1)
>
>
> Gracias de nuevo.
>
> Saludos,
> Jorge.-
>
>
>
>
> 2013/5/22 Carlos Ortega <cof en qualityexcellence.es>
>
>> Lo siento, no puse en copia a la Lista de esta alternativa...
>>
>> Saludos,
>> Carlos Ortega
>> www.qualityexcellence.es
>>
>> ---------- Mensaje reenviado ----------
>> De: Carlos Ortega <cof en qualityexcellence.es>
>> Fecha: 21 de mayo de 2013 11:35
>> Asunto: Re: [R-es] Cambiando limites en hclust()
>> Para: Jorge I Velez <jorgeivanvelez en gmail.com>
>>
>>
>> Hola Jorge,
>>
>> Puedes evitar que el plot ponga los ejes y luego construyes el eje a tu
>> conveniencia.
>> Una forma de hacerlo es esta:
>>
>> plot(hc, axes=F,hang=-1)
>> ex.perc <- 15
>> num.tick <- 8
>> axis(
>>        2
>>      , at=round(seq(round(min(hc$height),0),
>> round(max(hc$height)*(1+ex.perc/100),0), length.out=num.tick),0)
>>      ,labels=T, las=1, cex=0.7
>>     )
>> box()
>>
>>
>> Saludos,
>> Carlos Ortega
>> www.qualityexcellence.es
>>
>>
>> El 21 de mayo de 2013 10:44, Jorge I Velez <jorgeivanvelez en gmail.com
>> >escribió:
>>
>> > Buenas tardes a todos,
>> >
>> > Estoy interesado en cambiar los límites del eje y en un dendograma
>> > construído utilizando la función hclust().  A continuación un ejemplo:
>> >
>> > hc <- hclust(dist(USArrests), "ave")
>> > plot(hc)
>> >
>> > Hasta aquí todo bien.  Si quisiera cambiar los límites del eje "y" de
>> c(0,
>> > 200)?  Al usar
>> >
>> >  plot(hc, ylim = c(0, 200))
>> >
>> > no observo efecto alguno.
>> >
>> > Qué puedo hacer?
>> >
>> > Muchas gracias a todos.
>> > Jorge.-
>> >
>> >         [[alternative HTML version deleted]]
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>> Saludos,
>> Carlos Ortega
>> www.qualityexcellence.es
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>> Carlos Ortega
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