[R-es] Cluster usando Consensus de Agricolae

[Darío Barona]

Estimado Carlos,

 

Este es mi data.frame “datos”

Las letras son las variables q se han medido y q se quieren hacer el
cluster. El problema pasa solo cuando estoy ocupando en distance=”canberra”
y method=”average”

 

Saludos,

Darío

 

De: Carlos Ortega [mailto:cof en qualityexcellence.es] 
Enviado el: martes, 22 de enero de 2013 17:59
Para: Darío Barona
CC: Lista R
Asunto: Re: [R-es] Cluster usando Consensus de Agricolae

 

Hola,

 

¿Puedes incluir el data.frame "datos"?

 

He probado si el hecho de repetir el parámetro gráfico (cex) provoca este
error y en este ejemplo (de la propia función consensus) no se produce. En
cualquier caso, su repetición es cuanto menos, ineficiente.

 

##############################################

library(agricolae)

data(pamCIP)

# only code

rownames(pamCIP)<-substr(rownames(pamCIP),1,6)

par(cex=0.8)

output<-consensus( pamCIP,distance="binary", method="complete",nboot=5,
cex=0.1, cex.text=0.1)

##############################################





Saludos,

Carlos Ortega

www.qualityexcellence.es



El 22 de enero de 2013 14:57, Darío Barona <dabadray en hotmail.com> escribió:

Estimados,



Estoy intentando hacer un Cluster usando la libreria Agricolae y la function
concensus, Esta function tiene esta definición: The criterion of the
consensus is to produce many trees by means of boostrap and to such
calculate the relative frequency with members of the clusters.



Pero al momento de tratar de correrlo en R me sale la siguiente advertencia,
alguien me podría decir que es lo que estoy haciendo mal o me falta poner?



> library(agricolae)

> rownames(datos)<-substr(rownames(datos),1,6)

> par(cex=0.8)

> output<-consensus( datos,distance="canberra", method="average",nboot=500,
cex=0.1, cex.text=0.1)

Error en hclust(distancia, method = method) :

  NA/NaN/Inf en llamada a una función externa (arg 11)





Saludos,

Darío Barona


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Saludos,
Carlos Ortega
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