[R-es] Velocidad en la convergencia de modelos lmer o nlme

[neo]

Estimado Javier, tu primer parrafo me interpreta correctamente ... pero 
ahora mismo yo tengo una duda tambien ... es seguro que la carga de 
trabajo TOTAL se puede distribuir en varios nucleos de un mismo PC o 
varios PCs en un cluster, pero no estoy seguro de que una UNICA TAREA (o 
hilo) se pueda distribuir en varios nucleos o varios PCs de un cluster, 
si la programacion original es secuencial dudo mucho que eso se pueda 
hacer de ninguna forma, pero para estar seguro eso ya habria que 
preguntarselo a un informatico de alto nivel, o sea de los que meten las 
manos en programacion de bajo nivel (yo soy ing forestal) ...

pero de que ganaras potencia de calculo con el cluster, ganaras ... dale 
una mirada a knoppix, que era la distribucion que use para el cluster, 
en ese tiempo habia que ponerle un parche al kernel, pero imagino que a 
esta altura ya no es necesario, debian debe tener tambien todas las 
herramientas necesarias para montar un cluster.

Saludos y suerte,

eric.







On 04/16/2013 02:41 PM, Javier Marcuzzi wrote:
>
> Estimado Eric.
>
> No se si comprendo correctamente, supongamos que yo tengo tres
> computadoras, todas con una conección de red cableada, entonces decido
> utilizar un linux (por no decir otro sistema), configuro un cluster y
> corro R.
>
> Ahora, como tengo tres computadoras tendría tres procesadores corriendo
> R. En el caso que tenga tres computadoras core 2 duo tendría 3 x 2 = 6
> procesadores corriendo R.
>
> ¿La parte de R que procesa en paralelo correría sin problemas?
> ¿Y la parte de R que procesa en un solo procesador?
> ¿Si con una computadora con dos nucleos no puedo utilizar ambos, como
> puedo en un cluster?
>
> Bueno, yo solo uso una computadora (habría dos), pero creo que para
> otros usuarios puede ser interesante poder acelerar R.
>
> Posiblemente habría que buscar otro hilo de conversación sobre R en
> paralelo y compartir experiencias al respecto (yo no la tengo).
>
> Javier
>
>
> El 16 de abril de 2013 14:21, neo <ericconchamunoz en gmail.com
> <mailto:ericconchamunoz en gmail.com>> escribió:
>
>     Si siempre tienes esta necesidad de alta demanda por capacidad de
>     calculo
>     Si tienes mas de un computador disponible (ya con 2 puedes)
>     Si tienes tiempo para hecharlo a andar ...
>
>     Yo probaria a montar un cluster con linux, hay distrihuciones linux
>     que te facilitan la instalacion de un cluster (hace años yo probe
>     con knoppix) y no se requiere hardware especial, solo que los
>     computadores puedan conectarse entre si, lo mas simple y rapido, una
>     red lan, ahora incluso lo puedes hacer con la tarjeta WIFI de los
>     compus en modo monitor (pero baja el rendimiento comparado con una
>     LAN) ... en todo caso, esto pasa a ser un tema de computacion y no
>     ya de R.
>
>     En la red hay suficiente material para leer y montar un cluster
>     casero sin gastar nada.
>
>     De esta forma puedes paralelizar no solo R, si no CASI cualquier
>     tarea (hay algunas limitaciones especificas).
>
>     Saludos, Eric.
>
>
>
>
>     On 04/16/2013 11:46 AM, Felipe Vargas Reeve wrote:
>
>              Hola a todos, quería consultar si alguien sabe alguna
>         metodología para
>         aumentar la velocidad en R para lograr la convergencia en
>         modelos lmer o
>         lme.
>
>              Actualmente he leído que R sólo trabaja con sólo un núcleo,
>         aunque el pc
>         presente un mayor número de ellos. También de la existencia de
>         complementos
>         (ejemplo: parallel) que pueden aumentar el rendimiento, basándose en
>         utilizar todos los núcleos del pc, pero creo que esto funciona para
>         funciones independientes y no optimizan un sólo proceso como es
>         el caso de
>         un modelo lineal mixto y su velocidad, compilada en una única
>         función. Eso,
>         saludos y agradecido de sus respuestas
>
>         Felipe
>
>                  [[alternative HTML version deleted]]
>
>
>
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