[R-es] Contraste polinomial con dos factores con niveles no equidistantes

[Argel Gastélum Arellánez]

El 23/09/10 02:10, Argel Gastélum Arellánez escribió:
>      Hola compañeros de la lista, qué tal.
>
>     Los molesto con la siguiente duda: Tengo un experimento con dos 
> factores A y B, cada uno de los cuales tiene los siguientes niveles 
> (que son concentraciones de dos hormonas vegetales aplicadas a plantas):
> niveles del factor A: 0, 0.2, 0.5, 1
> niveles del factor B: 0, 0.1, 0.2, 0.5, 1
> y mi variable de respuesta es continua, todo dentro del set de datos 
> llamado "datos".
>
>     Mi asesor de tesis me recomienda que en vez de aplicar una anova 
> de dos factores, que mejor aproveche que los factores A y B son 
> continuos en vez de categóricos, y que mejor aplique un contraste 
> polinomial para analizar los datos. Como se habrán dado cuenta, los 
> niveles de los factores no son equidistantes, condición que según 
> entiendo es necesaria para poder codificar los mismos con la función 
> "contr.poly".
>
>     Investigando por la red encontré que existe una forma de codificar 
> usando unas fórmulas que se pueden aplicar cuando los niveles no son 
> equidistantes, y revisando la ayuda de la función "contr.poly" 
> encontré el argumento "scores", que en la ayuda dice:
>
> "scores: the set of values over which orthogonal polynomials are to be 
> computed"
>
>     Viendo esto estoy usando la función de la siguiente forma:
> contrasts(datos$A) <- contr.poly(4, scores = c(0, 0.2, 0.5, 1))
> contrasts(datos$B) <- contr.poly(5, scores = c(0, 0.1, 0.2, 0.5, 1))
> con lo que obtengo valores diferentes a cuando uso la función sólo 
> como "contrasts(datos$A) <- contr.poly(4)" y "contrasts(datos$A) <- 
> contr.poly(5)". Después aplico la siguiente orden:
>
> anova.dos.vias.contraste.polinomial = aov(respuesta ~ A * B, data = 
> datos)
>
> summary(anova.dos.vias.contraste.polinomial, split = list(A = 
> list(AL=1,AQ=2,AC=3), B = list(BL=1,BQ=2,BC=3,BT=4)))
>
>     Mi duda es si es correcto usar la función "contr.poly" de esta 
> forma y, sobre todo, si puede ser correcto realizar los contrastes 
> polinomiales de esta forma cuando los niveles de los factores no son 
> equidistantes.
>
>     De antemano muchas gracias por la ayuda.
>
>     Saludos.
>
> -- 
>     Argel.

     Hola compañeros, qué tal. No sé si habrá llegado la primera vez que 
lo envié, por si las dudas, ahí va de nuevo. Saludos y de antemano 
gracias por la ayuda.

--
     Argel.