[R-es] Sobre medidas repetidas

[Olivier Nuñez]

Eduardo,

lo que te propuse es la sintaxis de un modelo lineal generalizado con  
efectos fijos.
Para averiguar cuales son los efectos aleatorios en tu modelo,
tienes que preguntarte cuales son los factores cuyos valores  
cambiarán (aleatoriamente) al repetir el experimento.
El factor "Sistema" parece ser fijo, el factor "Semana" (1º semana,  
2º semana, etc...) también, y el factor Bloque supongamos que es fijo.
Queda el factor "Muestreo" que no acabo de entender en tu  
descripción, pero supongamos que sus valores cambiarían  
aleatoriamente al repetir el experimento.

En este caso, la sintaxis correcta sería:

require(lme4)
glmer(Abundancia ~ Fecha+Bloque+Sistema+(1|Muestreo), family=poisson,  
data=datos)

Un saludo. Olivier


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Olivier G. Nuñez
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El 15/06/2010, a las 14:52, Eduardo Trumper escribió:

> Gracias Olivier
>
> Tu sugerencia fue esta:
> "Suponiendo que tus datos tienen el formato de un data.frame con  los
> siguientes nombres para sus columnas:
> names(datos) =c("Fecha","Muestreo","Bloque,"Sistema","Abundancia"")
> Entonces para estimar los efectos simple (es decir sin interacción)  
> de estos
> factores sobre la abundancia de insectos, puedes utilizar la función:
> glm(Abundancia ~ Fecha+Muestreo+Bloque+Sistema, family=poisson,  
> data=datos)
> Un saludo. Olivier"
>
> Ahora bien, me pregunto si esta sintaxis no es la que corresponde a un
> modelo lineal generalizado, digamos, "común". En este caso, "Muestreo"
> aparece como cualquier otro factor. ¿Cómo hace R para "saber" que  
> Muestreo
> es la variable longitudinal? En el libro de Faraday ("Extending  
> linear with
> R") se muestra un ejemplo con la función lmer. En el paquete lmer4, al
> consultar el help aparece el siguiente ejemplo:
> ## generalized linear mixed model
> (gm1 <- glmer(cbind(incidence, size - incidence) ~ period + (1 |  
> herd),
> family = binomial, data = cbpp))
> En este ejemplo, el archivo de datos tiene a period como los  
> tiempos en que
> se repiten las medidas; herd son los grupos en los que se miden las
> variables respuesta (incidence y size). En cada herd se toman 4  
> mediciones
> repetidas en el tiempo (period).
> El problema es que no entiendo la sintaxis: ¿Qué significa cbind 
> (incidence,
> size - incidence) ? ¿Y qué significa (1 | herd)?
>
> Gracias
>
> Eduardo Trumper
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