[R-es] permutation-based FDR

[Ramon Diaz-Uriarte]

Estimada Dolors,

Si lo único que tu le das al programa es la lista de p-valores, sin
más, no hay nada que permutar. Eso, per se, no es un problema, y de
hecho el método original de Benjami y Hochberg y su posterior versión
adaptativa se aplican sobre los p-valores directamente. El método de
Benjami y Hochberg original está implementado, por ej., en la función
p.adjust.

Si realmente quieres un "permutation based" (o un "resample-based")
ajuste, entonces no hay más remedio que introducir todos los datos,
calcular el estadístico, y calcular el p-valor via permutación.  La
idea del resample-based es que los p-valores y los ajusted de FDR
incorporan la correlación entra las observaciones originales, pero
para que esa correlación se incorpore es necesario permutar las
observaciones originales.

Echale un vistazo al paquete fdrame, en bioconductor.

Un saludo,


R.





2010/7/13 dolors giralt casellas <dolors1985 en gmail.com>:
> Hola a todos,
>
> Tengo un pequeño problemilla...
>
> Tengo unas 9000 variables que he contrastado con 1 en concreto con el test
> de wilcoxon. He calculado el p-valor, y queria corregirlo con el
> permutation-based FDR. He encontrado una funcion con R  comp.fdr()que hace
> esta corrección, pero te pide que le pongas las variables con las
> observaciones y te hace el test (según he entendido). Yo solo quiero que me
> calcule los q-valor. Sabeis como hacerlo?
>
> Muchas gracias
>
> Dolors
>
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Ramon Diaz-Uriarte
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