[R-es] aumentar la velocidad de r

Carlos J. Gil Bellosta cgb en datanalytics.com
Dom Feb 21 03:25:30 CET 2010


Hola, ¿qué tal?

Si lo que te interesa es velocidad bruta (a costa de mayor trabajo manual):

1) Lee la documentación de read.table: da algunas pistas sobre cómo
utilizar algunas opciones para acelerar la lectura, como por ejemplo
no utilizar caracteres de comentario (almohadilla por defecto),
utilizar la opción colclasses, etc.

2) Cargar los datos en una base de datos e importarlos desde R. Dicen
que la carga es más rápida, pero nunca he podido contrastarlo
personalmente. En cualquier caso, el uso de una base de datos ofrece
ventajas que trascienden los de una potencial lectura rápida de los
datos.

3) Puede ser que la lectura sea lenta porque el tamaño de los datos es
tan grande que la máquina comience a paginar. Entonces ya no se trata
de un problema de velocidad bruta sino de gestión inteligente de la
memoria. De nuevo, usar una base de datos puede ser la solución. De
manera alternativa, puedes convertirte en otro "beta-tester" de mi
paquete colbycol, que lee los datos columna a columna (aunque a costa
de cierta eficiencia de en la lectura).

Un saludo,

Carlos J. Gil Bellosta
http://www.datanalytics.com




El día 20 de febrero de 2010 20:20, José Miguel Contreras García
<jmcontreras en ugr.es> escribió:
>
>
> Una pregunta, en el congreso hablasteis de módulos o programas para
> aumentar la velocidad de lectura y compilación de los datos.
>
> He oído hablar de algunos que hacen los bucles en C y los llaman desde R.
> Sabéis como funciona o si hay algo mejor.
>
> Gracias
>
>
>
>                             \|||/
>                             (o o)
> +-----------------------oOOo-(_)-oOOo------------------------------+
> | José Miguel Contreras García                                     |
>
> | e-mail: jmcontreras en ugr.es                                       |
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