[R-es] gibbs

Xavier Fernández i Marín xfim.ll en gmail.com
Jue Ago 12 18:38:00 CEST 2010


Javier Marcuzzi vas escriure el dia dc, 11 ago 2010:

> Tengo una duda despecto como usar gibbs y r. Me explicar? en un ejemplo
> donde todos los datos se encuentran en ?library(MCMCglmm)?. Al ejecutar el
> c?digo R que escribo en este correo, obtengo las soluciones (Solucion.m).
> Pues bien, entiendo que utilizando HPDinterval (?.) puedo obtener por
> ejemplo la regi?n donde se ubica el 95% de la probabilidad para ?. Pues, me
> gustar?a conocer aparte del valor de soluci?n, el valor de ?confiabilidad?,
> error, error est?ndar, ?, para cada soluci?n. Obteniendo un resultado final
> como ?Diert2,  3,64?, s.e. de ... ? (agregado a la lalida de Solucion.m del
> c?digo r que escribo a continuaci?n). Por las dudas, HPDinterval de la
> librer?a coda.
> 

m es un objeto de tipo "mcmc". Se trata simplemente de una gran matrix con
las simulaciones en las filas y los parámetros estimados en las columnas.
De esta manera, usando quantile() puedes obtener todo lo que quieras:

quantile(m$Sol, c(0.025, 0.05, 0.5, 0.95, 0.975) te daría la mediana de tu
estimador, y los intervalos de credibilidad al 90 y al 95 %.

Un simple sd(m$Sol) devuelve la desviación.

Un apply() aplicado a quantile() siempre es muy útil:
apply(m, 2, quantile, c(0.025, 0.5, 0.975))

Y el error para cada solución:
apply(m, 2, sd)

Un saludo,

-- 
-  Xavier  -



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