[R-es] Como imponer una matriz de correlaciones en un modelomixto?

Mie Ago 12 19:46:59 CEST 2009

Hola Tere:
                yo de nuevo...

probé un ejemplo muy sencillo:
dat <- data.frame(Animal=LETTERS[1:4],y=rnorm(4))
corSymm(c(0.5,0,0.25,0.5,0.25,0.25),form=~1,fixed=TRUE)-> parentesco
Initialize(parentesco, dat) -> mp
mp
Correlation structure of class corSymm representing
 Correlation:
  1    2    3
2 0.50
3 0.00 0.50
4 0.25 0.25 0.25

es decir la matriz de correlaciones genéticas entre los 4 individuos sería:

> round(corMatrix(mp),2)
     [,1] [,2] [,3] [,4]
[1,] 1.00 0.50 0.00 0.25
[2,] 0.50 1.00 0.50 0.25
[3,] 0.00 0.50 1.00 0.25
[4,] 0.25 0.25 0.25 1.00

summary(gls(y~1,correlation=mp,data=dat)

parece que tomo la matriz adecuada, de todos modos me falta chequear mucho 
si es esto lo que queremos o no:

pero por ahí con este puntapié vos podes seguir....
GABY

----- Original Message ----- 
From: "Gabriela Cendoya" <gcendoya en balcarce.inta.gov.ar>
To: "Teresa Boca" <tboca en cnia.inta.gov.ar>
Cc: <r-help-es en r-project.org>
Sent: Wednesday, August 12, 2009 1:31 PM
Subject: Re: [R-es] Como imponer una matriz de correlaciones en un 
modelomixto?

Hola Teresa:

                   yo no he tratado de hacerlo pero tengo una consulta para
dentro de una semana  donde creo que es eso exactamente lo que tendré que
hacer, y pensaba intentarlo vía la función lme (del paquete nlme) que en el
argumento "correlation" te permite generar tu propia estructura de
correlación,  y dejar algunos parámetros fijos en el proceso de iterativo de
estimación, pero no creo que sea una tarea sencilla, si alguien tiene una
mejor propuesta ... yo también estoy muy interesada en escucharla....

                     Gabriela

----- Original Message ----- 
From: "Teresa Boca" <tboca en cnia.inta.gov.ar>
To: <r-help-es en r-project.org>
Sent: Wednesday, August 12, 2009 12:03 PM
Subject: [R-es] Como imponer una matriz de correlaciones en un modelo mixto?

Hola, mi pregunta es la siguiente:

Tengo un modelo genético aditivo, donde los individuos estan emparentados.
Quiero que la matriz de parentesco sea la matriz de coeficientes  de las
correlaciones entre genotipos. En SAS, con PROC MIxed podia agregarla como
un archivo y usarla en la sentencia random...No encuentro como hacerlo en R,
alguna idea??
En resumen, puedo imponerle a los efectos aleatorios la matriz de
correlaciones? ¿Cómo lo hago?

Desde ya cualquier sugerencia será agradecida!!
Cariños
Teresa

El 23 de julio de 2009 07:26, eduardo san miguel
<eduardosanmi en gmail.com>escribió:

> Hola,
>
> Una posibilidad (por mi no explorada) seria utilizar la libreria Twill de
> python desde R.
>
> http://twill.idyll.org/
> "Twill is a simple language that allows users to browse the Web from a
> command-line interface. With twill, you can navigate through Web sites 
> that
> use forms, cookies, and most standard Web features."
> (Twill es un lenguaje sencillo que permite navegar por la Web desde linea
> de
> comandos. Con Twill puedes rellenar formularios, manejar cookies, etc ...)
>
> Un cordial saludo
>
>        [[alternative HTML version deleted]]
>
> _______________________________________________
> R-help-es mailing list
> R-help-es en r-project.org
> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
>

-- 
Ing. Agr. M.Sc.Teresa Boca
Instituto de Clima y Agua INTA Castelar.
Las Cabañas y Los Reseros s/n°
1712 Castelar Pcia de Buenos Aires, Argentina
Cel: 01115-3572-9584
Tel: (54-11)-4621-0125/1684
Fax:(54-11)-4621-5663
tboca en cnia.inta.gov.ar

[[alternative HTML version deleted]]

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