[ESS] R-devel crashes when can't find function
Toby Hocking
tdhock5 @end|ng |rom gm@||@com
Fri Feb 7 15:38:17 CET 2025
yes indeed I confirm thanks!
On Thu, Feb 6, 2025 at 12:39 AM Sebastian Meyer <seb.meyer using fau.de> wrote:
> It no longer happens with today's r87690, thanks to Tomas Kalibera.
>
> Sebastian
>
>
> Am 05.02.25 um 22:46 schrieb Toby Hocking:
> > Thanks Seb
> >
> > I confirm that option is responsible for the crash:
> >
> > (base) tdhock using tdhock-MacBook:~$ R/R-devel/bin/R -e 'foo()'
> >
> > R Under development (unstable) (2025-02-02 r87676) -- "Unsuffered
> > Consequences"
> > Copyright (C) 2025 The R Foundation for Statistical Computing
> > Platform: x86_64-pc-linux-gnu
> >
> > R est un logiciel libre livré sans AUCUNE GARANTIE.
> > Vous pouvez le redistribuer sous certaines conditions.
> > Tapez 'license()' ou 'licence()' pour plus de détails.
> >
> > R est un projet collaboratif avec de nombreux contributeurs.
> > Tapez 'contributors()' pour plus d'information et
> > 'citation()' pour la façon de le citer dans les publications.
> >
> > Tapez 'demo()' pour des démonstrations, 'help()' pour l'aide
> > en ligne ou 'help.start()' pour obtenir l'aide au format HTML.
> > Tapez 'q()' pour quitter R.
> >
> > Le chargement a nécessité le package : grDevices
> > > foo()
> > Erreur dans foo() : impossible de trouver la fonction "foo"
> > Exécution arrêtée
> > (base) tdhock using tdhock-MacBook:~$ R/R-devel/bin/R -e
> > 'options(show.error.locations = TRUE);foo()'
> >
> > R Under development (unstable) (2025-02-02 r87676) -- "Unsuffered
> > Consequences"
> > Copyright (C) 2025 The R Foundation for Statistical Computing
> > Platform: x86_64-pc-linux-gnu
> >
> > R est un logiciel libre livré sans AUCUNE GARANTIE.
> > Vous pouvez le redistribuer sous certaines conditions.
> > Tapez 'license()' ou 'licence()' pour plus de détails.
> >
> > R est un projet collaboratif avec de nombreux contributeurs.
> > Tapez 'contributors()' pour plus d'information et
> > 'citation()' pour la façon de le citer dans les publications.
> >
> > Tapez 'demo()' pour des démonstrations, 'help()' pour l'aide
> > en ligne ou 'help.start()' pour obtenir l'aide au format HTML.
> > Tapez 'q()' pour quitter R.
> >
> > Le chargement a nécessité le package : grDevices
> > > options(show.error.locations = TRUE);foo()
> >
> > *** caught segfault ***
> > address 0x180, cause 'memory not mapped'
> > An irrecoverable exception occurred. R is aborting now ...
> > Erreur de segmentation (core dumped)
> >
> > On Wed, Feb 5, 2025 at 2:06 PM Sebastian Meyer <seb.meyer using fau.de
> > <mailto:seb.meyer using fau.de>> wrote:
> >
> > I could reproduce the problem in R-devel.
> >
> > It is not an ESS-specific bug: it happens under
> > `options(show.error.locations = TRUE)`, which is unset by default but
> > set by ESS. The following is sufficient to trigger the segfault:
> >
> > options(show.error.locations = TRUE)
> > foo()
> >
> > I guess the issue is related to PR#18841
> > <https://bugs.r-project.org/show_bug.cgi?id=18841
> > <https://bugs.r-project.org/show_bug.cgi?id=18841>>, merged last
> > week. I
> > left a comment there.
> >
> > Best,
> >
> > Sebastian
> >
> >
> > Am 05.02.25 um 11:25 schrieb Toby Hocking via ESS-help:
> > > Here is the crash report that I forgot in my original post
> > >
> > > ==34394== Memcheck, a memory error detector
> > > ==34394== Copyright (C) 2002-2017, and GNU GPL'd, by Julian
> > Seward et al.
> > > ==34394== Using Valgrind-3.18.1 and LibVEX; rerun with -h for
> > copyright info
> > > ==34394== Command: /home/tdhock/lib/R/bin/exec/R --no-readline
> > > ==34394==
> > >
> > > R Under development (unstable) (2025-02-02 r87676) -- "Unsuffered
> > > Consequences"
> > > Copyright (C) 2025 The R Foundation for Statistical Computing
> > > Platform: x86_64-pc-linux-gnu
> > >
> > > R est un logiciel libre livré sans AUCUNE GARANTIE.
> > > Vous pouvez le redistribuer sous certaines conditions.
> > > Tapez 'license()' ou 'licence()' pour plus de détails.
> > >
> > > R est un projet collaboratif avec de nombreux contributeurs.
> > > Tapez 'contributors()' pour plus d'information et
> > > 'citation()' pour la façon de le citer dans les publications.
> > >
> > > Tapez 'demo()' pour des démonstrations, 'help()' pour l'aide
> > > en ligne ou 'help.start()' pour obtenir l'aide au format HTML.
> > > Tapez 'q()' pour quitter R.
> > >
> > > Le chargement a nécessité le package : grDevices
> > >
> > >> foo()
> > > ==34394== Invalid read of size 8
> > > ==34394== at 0x499B77C: R_GetCurrentSrcref (in
> > > /home/tdhock/lib/R/lib/libR.so)
> > > ==34394== by 0x4996DD3: verrorcall_dflt (in
> > > /home/tdhock/lib/R/lib/libR.so)
> > > ==34394== by 0x49976BD: Rf_errorcall (in
> > /home/tdhock/lib/R/lib/libR.so)
> > > ==34394== by 0x4997793: Rf_errorcall_cpy (in
> > > /home/tdhock/lib/R/lib/libR.so)
> > > ==34394== by 0x498B205: Rf_findFun3 (in
> > /home/tdhock/lib/R/lib/libR.so)
> > > ==34394== by 0x499F8B8: Rf_eval (in
> > /home/tdhock/lib/R/lib/libR.so)
> > > ==34394== by 0x49A62A2: do_set (in
> /home/tdhock/lib/R/lib/libR.so)
> > > ==34394== by 0x499FA38: Rf_eval (in
> > /home/tdhock/lib/R/lib/libR.so)
> > > ==34394== by 0x49F2F75: Rf_ReplIteration (in
> > > /home/tdhock/lib/R/lib/libR.so)
> > > ==34394== by 0x49F316B: R_ReplConsole (in
> > /home/tdhock/lib/R/lib/libR.so)
> > > ==34394== by 0x49F4BA3: run_Rmainloop (in
> > /home/tdhock/lib/R/lib/libR.so)
> > > ==34394== by 0x49F4BB9: Rf_mainloop (in
> > /home/tdhock/lib/R/lib/libR.so)
> > > ==34394== Address 0x180 is not stack'd, malloc'd or (recently)
> > free'd
> > > ==34394==
> > >
> > > *** caught segfault ***
> > > address 0x180, cause 'memory not mapped'
> > >
> > > Possible actions:
> > > 1: abort (with core dump, if enabled)
> > > 2: normal R exit
> > > 3: exit R without saving workspace
> > > 4: exit R saving workspace
> > > Selection:
> > >
> > > On Wed, Feb 5, 2025 at 11:22 AM Toby Hocking <tdhock5 using gmail.com
> > <mailto:tdhock5 using gmail.com>> wrote:
> > >
> > >> Hi, I'm not sure if this is a bug in R-devel or ESS, but I'm
> > reporting
> > >> here first.
> > >>
> > >> When I type foo() at the commend line, I expect R to give me an
> > error
> > >> message such as "function foo() not found" and that is what I
> > get using the
> > >> command line:
> > >> (base) tdhock using tdhock-MacBook:~/R/R-devel$ ~/R/R-devel/bin/R
> > --no-save -e
> > >> "foo()"
> > >>
> > >> R Under development (unstable) (2025-02-02 r87676) -- "Unsuffered
> > >> Consequences"
> > >> Copyright (C) 2025 The R Foundation for Statistical Computing
> > >> Platform: x86_64-pc-linux-gnu
> > >>
> > >> R est un logiciel libre livré sans AUCUNE GARANTIE.
> > >> Vous pouvez le redistribuer sous certaines conditions.
> > >> Tapez 'license()' ou 'licence()' pour plus de détails.
> > >>
> > >> R est un projet collaboratif avec de nombreux contributeurs.
> > >> Tapez 'contributors()' pour plus d'information et
> > >> 'citation()' pour la façon de le citer dans les publications.
> > >>
> > >> Tapez 'demo()' pour des démonstrations, 'help()' pour l'aide
> > >> en ligne ou 'help.start()' pour obtenir l'aide au format HTML.
> > >> Tapez 'q()' pour quitter R.
> > >>
> > >> Le chargement a nécessité le package : grDevices
> > >>> foo()
> > >> Erreur dans foo() : impossible de trouver la fonction "foo"
> > >> Exécution arrêtée
> > >>
> > >> But when I do the same thing inside ESS, R crashes.
> > >> Below I did C-u M-x R -d valgrind RET to start R with valgrind
> > inside ESS,
> > >> then I typed foo() RET in the *R* buffer, which crashed. Can
> anybody
> > >> reproduce?
> > >>
> > >> Can somebody help me reproduce this on the command line?
> > (outside of ESS)
> > >> so I can report this to R-devel?
> > >>
> > >> Thanks
> > >> Toby
> > >>
> > >
> > > [[alternative HTML version deleted]]
> > >
> > > ______________________________________________
> > > ESS-help using r-project.org <mailto:ESS-help using r-project.org> mailing
> list
> > > https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/ess-help
> > <https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/ess-help>
> >
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