Looks like your FCS file does not conform to the |standard|. It says 
|$NEXTDATA| keyword is missing, which is one of |The required FCS 
primary TEXT segment keywords| based on FCS3.0 standard 
<http://murphylab.web.cmu.edu//FCSAPI/FCS3.html> (see section |3.2.18| )
Mike

On 06/24/2014 08:12 AM, Gaël Kaneko wrote:

> Hi,
> This one for exemple?
> Thanks,
> Regards,
> Gaël
>
>
> Le 23 juin 2014 19:01, Mike <wjiang2@fhcrc.org 
> <mailto:wjiang2@fhcrc.org>> a écrit :
>
>     Can you send me your FCS file for trouble shooting?
>
>     Mike
>
>     On 06/23/2014 05:30 AM, Gaël Kaneko wrote:
>>     Bonjour,
>>     Je travaille sur un article où je traite des données de
>>     cytométrie (dernier papier pour ma thèse qui, elle, est déjà
>>     terminée; équipe INRIA Beagle).
>>     J'utilise régulièrement le package flowCore et particulièrement
>>     la fonction "read.FCS" qui fonctionne parfaitement sur les
>>     précédents fichiers FCS que j'avais eu à traiter auparavant.
>>
>>     J'ai lu dans l'aide de la fonction "read.FCS":
>>     "However, the FCS 3.0 standard includes some options that are not
>>     yet implemented in this function. If you need extensions, please
>>     let me know."
>>
>>     J'ai contacté Nolwenn Le Meur qui m'a renvoyé vers vous.
>>
>>     Est-ce bien vous qui vous occupez de cela? Si non, pourriez vous
>>     m’orienter vers la personne "en charge"?
>>
>>     Pour plus de précision:
>>     J'ai un problème pour lire des données sortant d'un cytomètre
>>     "récent" mais n'ai pas accès aux sous fonctions de "read.FCS" qui
>>     "posent problème":
>>
>>>     >read.FCS("A1.fcs")
>>     Error in readFCSgetPar(x, "$BEGINDATA") :
>>      Parameter(s) $BEGINDATA not contained in 'x'
>>>     >traceback()
>>     4: stop(paste("Parameter(s)", pnam[is.na
>>     <http://is.na><http://is.na>(i)], "not contained in 'x'\n"))
>>     3: readFCSgetPar(x, "$BEGINDATA")
>>     2: readFCSdata(con, offsets, txt, transformation, which.lines, scale,
>>           alter.names, decades, min.limit)
>>     1: read.FCS("A1.fcs")
>>
>>     et surtout:
>>
>>
>>
>>>     >read.FCS("A2.fcs")
>>     Error in txt[["$NEXTDATA"]] : subscript out of bounds
>>>     >traceback()
>>     2: findOffsets(con, emptyValue = emptyValue)
>>     1: read.FCS("A2.fcs")
>>
>>
>>     Ces fonctions sont en effet "cachées" dans le package et non
>>     accessibles.
>>     Je suppose que les metadata de ces nouveaux fcs ne sont pas
>>     "compatibles" avec ces fonctions pour l'instant.
>>
>>     J'espère ne pas vous prendre trop de temps et vous remercie, par
>>     avance, de votre réponse.
>>
>>     Gaël Kaneko
>>     UCBL Lyon1 - INSA de Lyon
>>
>>     PS : Je dois pouvoir vous envoyer un fichier au besoin si cela
>>     peut vous permettre de me répondre. Il ne faudra juste pas le
>>     diffuser.
>>     En vous remerciant encore.
>>
>>
>>
>>     ---------- Message transféré ----------
>>     De : *Nolwenn Le Meur* <nlemeur@gmail.com <mailto:nlemeur@gmail.com>>
>>     Date : 20 juin 2014 10:07
>>     Objet : Re: Guide vers la personne responsable de "read.FCS"?
>>     À : Gaël Kaneko <gael.kaneko@gmail.com
>>     <mailto:gael.kaneko@gmail.com>>
>>
>>
>>     Bonjour,
>>
>>     Merci d'utiliser flowCore et félicitation pour votre thèse.
>>
>>     Pour ma part, cela fait bien longtemps que je n'ai pas utilisé
>>     flowCore et il est vrai que de nombreuses améliorations ont du
>>     être apportées depuis la version originale créée par Florian et
>>     moi-même. Il est évident également que l'évolution des cytométres
>>     et des formats de sauvegarde de données nécessite des mises à
>>     jours régulières. J'espère que les membres de nom ancienne équipe
>>     du Fred Hutch continue à enrichir flowCore et sa suite. Le
>>     responsable actuel du package est M. Jiang wjiang2@fhcrc.org
>>     <mailto:wjiang2@fhcrc.org>
>>
>>     En espérant qu'il puisse vous aider.
>>
>>     Cordialement,
>>     Nolwenn Le Meur
>>
>>     ------------------------------------------------------------
>>     Nolwenn Le Meur
>>     Associate professor • Biostatistics
>>     Ecole des Hautes Etudes en Santé Publique
>>     Avenue du Professeur Léon-Bernard CS 74312 35043 Rennes Cedex
>>     France
>>     ------------------------------------------------------------
>>     Nolwenn.LeMeur@ehesp.fr <mailto:Nolwenn.LeMeur@ehesp.fr>
>>     Tél: +33 (0) 2 99 02 25 14
>>     <tel:%2B33%20%280%29%202%2099%2002%2025%2014>
>>     Afin de contribuer au respect de l'environnement, merci de
>>     n'imprimer ce mail qu'en cas de nécessité
>>
>>
>>     Le 19 juin 2014 à 15:57, Gaël Kaneko <gael.kaneko@gmail.com
>>     <mailto:gael.kaneko@gmail.com>> a écrit :
>>
>>>     Bonjour,
>>>     Je travaille sur un article où je traite des données de
>>>     cytométrie (dernier papier pour ma thèse qui, elle, est déjà
>>>     terminée; équipe INRIA Beagle).
>>>     J'utilise régulièrement le package flowCore et particulièrement
>>>     la fonction "read.FCS".
>>>     Je vous remercie d’ailleurs énormément pour cette fonction. Elle
>>>     m'est très utile.
>>>
>>>     J'ai lu dans l'aide de la fonction "read.FCS":
>>>     "However, the FCS 3.0 standard includes some options that are
>>>     not yet implemented in this function. If you need extensions,
>>>     please let me know."
>>>     "F. Hahne, N.Le Meur"
>>>
>>>     Est-ce toujours vous qui vous occupez de cela? Si non, pourriez
>>>     vous m’orienter vers la personne "en charge"?
>>>
>>>     Pour plus de précision:
>>>     J'ai un problème pour lire des données sortant d'un cytomètre
>>>     "récent" mais n'ai pas accès aux sous fonctions de "read.FCS"
>>>     qui "posent problème":
>>>
>>>
>>>
>>>
>>>
>>>
>>>>     read.FCS("A1.fcs")
>>>     Error in readFCSgetPar(x, "$BEGINDATA") :
>>>      Parameter(s) $BEGINDATA not contained in 'x'
>>>>     traceback()
>>>     4: stop(paste("Parameter(s)", pnam[is.na
>>>     <http://is.na><http://is.na>(i)], "not contained in 'x'\n"))
>>>     3: readFCSgetPar(x, "$BEGINDATA")
>>>     2: readFCSdata(con, offsets, txt, transformation, which.lines,
>>>     scale,
>>>           alter.names, decades, min.limit)
>>>     1: read.FCS("A1.fcs")
>>>
>>>     et surtout:
>>>
>>>
>>>
>>>>     read.FCS("A2.fcs")
>>>     Error in txt[["$NEXTDATA"]] : subscript out of bounds
>>>>     traceback()
>>>     2: findOffsets(con, emptyValue = emptyValue)
>>>     1: read.FCS("A2.fcs")
>>>
>>>
>>>     Ces fonctions sont en effet "cachées" dans le package et non
>>>     accessibles.
>>>     Je suppose que les metadata de ces nouveaux fcs ne sont pas
>>>     "compatibles" avec ces fonctions pour l'instant.
>>>
>>>     J'espère ne pas vous prendre trop de temps et vous remercie, par
>>>     avance, de votre réponse.
>>>
>>>     Gaël Kaneko
>>>     UCBL Lyon1 - INSA de Lyon
>>>     Tel: 0607080419
>>>
>>>     PS: si vous préférez me joindre pas téléphone (plus pratique ou
>>>     plus rapide pour vous), n'hésitez surtout pas. Si je ne peux
>>>     vous répondre (réunions,...), vous pouvez laisser un message et
>>>     je vous rappellerai.
>>>
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