Thanks for the kind answer,

Alessandro & colleagues

Il 03/04/2014 14:51, Devon Ryan ha scritto:
> The difference in output when running cpm() on a matrix and a DGEList 
> is due to the latter using the normalized library size. In other 
> words, the latter method does:
>
> t(t(currentDiff$counts)/(1e-6*currentDiff$samples$lib.size*currentDiff$samples$norm.factors))
>
> rather than
>
> t(t(currentDiff$counts)/(1e-6*colSums(currentDiff$counts)))
>
> Utilizing the normalization factor would seem to be a much better idea 
> in most cases.
>
> Best,
> Devon
>
> --
> Devon Ryan, Ph.D.
> Email: dpryan@dpryan.com <mailto:dpryan@dpryan.com>
> Laboratory for Molecular and Cellular Cognition
> German Centre for Neurodegenerative Diseases (DZNE)
> Ludwig-Erhard-Allee 2
> 53175 Bonn
> Germany
>


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