dear all,
i am a beginner and i need an information about bam header.
The header of my bam file is:

@SQ     SN:chr1 LN:249250621
@SQ     SN:chr2 LN:243199373
@SQ     SN:chr3 LN:198022430
@SQ     SN:chr4 LN:191154276
@SQ     SN:chr5 LN:180915260
@SQ     SN:chr6 LN:171115067
@SQ     SN:chr7 LN:159138663
@SQ     SN:chrX LN:155270560
@SQ     SN:chr8 LN:146364022
@SQ     SN:chr9 LN:141213431
@SQ     SN:chr10        LN:135534747
@SQ     SN:chr11        LN:135006516
@SQ     SN:chr12        LN:133851895
@SQ     SN:chr13        LN:115169878
@SQ     SN:chr14        LN:107349540
@SQ     SN:chr15        LN:102531392
@SQ     SN:chr16        LN:90354753
@SQ     SN:chr17        LN:81195210
@SQ     SN:chr18        LN:78077248
@SQ     SN:chr20        LN:63025520
@SQ     SN:chrY LN:59373566
@SQ     SN:chr19        LN:59128983
@SQ     SN:chr22        LN:51304566
@SQ     SN:chr21        LN:48129895
@SQ     SN:chr6_ssto_hap7       LN:4928567
@SQ     SN:chr6_mcf_hap5        LN:4833398
@SQ     SN:chr6_cox_hap2        LN:4795371
@SQ     SN:chr6_mann_hap4       LN:4683263
@SQ     SN:chr6_apd_hap1        LN:4622290
@SQ     SN:chr6_qbl_hap6        LN:4611984
@SQ     SN:chr6_dbb_hap3        LN:4610396
@SQ     SN:chr17_ctg5_hap1      LN:1680828
@SQ     SN:chr4_ctg9_hap1       LN:590426
@SQ     SN:chr1_gl000192_random LN:547496
@SQ     SN:chrUn_gl000225       LN:211173
@SQ     SN:chr4_gl000194_random LN:191469
@SQ     SN:chr4_gl000193_random LN:189789
@SQ     SN:chr9_gl000200_random LN:187035
@SQ     SN:chrUn_gl000222       LN:186861
@SQ     SN:chrUn_gl000212       LN:186858
@SQ     SN:chr7_gl000195_random LN:182896
@SQ     SN:chrUn_gl000223       LN:180455
@SQ     SN:chrUn_gl000224       LN:179693
@SQ     SN:chrUn_gl000219       LN:179198
@SQ     SN:chr17_gl000205_random        LN:174588
@SQ     SN:chrUn_gl000215       LN:172545
@SQ     SN:chrUn_gl000216       LN:172294
@SQ     SN:chrUn_gl000217       LN:172149
@SQ     SN:chr9_gl000199_random LN:169874
@SQ     SN:chrUn_gl000211       LN:166566
@SQ     SN:chrUn_gl000213       LN:164239
@SQ     SN:chrUn_gl000220       LN:161802
@SQ     SN:chrUn_gl000218       LN:161147
@SQ     SN:chr19_gl000209_random        LN:159169
@SQ     SN:chrUn_gl000221       LN:155397
@SQ     SN:chrUn_gl000214       LN:137718
@SQ     SN:chrUn_gl000228       LN:129120
@SQ     SN:chrUn_gl000227       LN:128374
@SQ     SN:chr1_gl000191_random LN:106433
@SQ     SN:chr19_gl000208_random        LN:92689
@SQ     SN:chr9_gl000198_random LN:90085
@SQ     SN:chr17_gl000204_random        LN:81310
@SQ     SN:chrUn_gl000233       LN:45941
@SQ     SN:chrUn_gl000237       LN:45867
@SQ     SN:chrUn_gl000230       LN:43691
@SQ     SN:chrUn_gl000242       LN:43523
@SQ     SN:chrUn_gl000243       LN:43341
@SQ     SN:chrUn_gl000241       LN:42152
@SQ     SN:chrUn_gl000236       LN:41934
@SQ     SN:chrUn_gl000240       LN:41933
@SQ     SN:chr17_gl000206_random        LN:41001
@SQ     SN:chrUn_gl000232       LN:40652
@SQ     SN:chrUn_gl000234       LN:40531
@SQ     SN:chr11_gl000202_random        LN:40103
@SQ     SN:chrUn_gl000238       LN:39939
@SQ     SN:chrUn_gl000244       LN:39929
@SQ     SN:chrUn_gl000248       LN:39786
@SQ     SN:chr8_gl000196_random LN:38914
@SQ     SN:chrUn_gl000249       LN:38502
@SQ     SN:chrUn_gl000246       LN:38154
@SQ     SN:chr17_gl000203_random        LN:37498
@SQ     SN:chr8_gl000197_random LN:37175
@SQ     SN:chrUn_gl000245       LN:36651
@SQ     SN:chrUn_gl000247       LN:36422
@SQ     SN:chr9_gl000201_random LN:36148
@SQ     SN:chrUn_gl000235       LN:34474
@SQ     SN:chrUn_gl000239       LN:33824
@SQ     SN:chr21_gl000210_random        LN:27682
@SQ     SN:chrUn_gl000231       LN:27386
@SQ     SN:chrUn_gl000229       LN:19913
@SQ     SN:chrM LN:16571
@SQ     SN:chrUn_gl000226       LN:15008
@SQ     SN:chr18_gl000207_random        LN:4262
@PG     ID:bfast        VN:0.6.4e

I want to use Dataframe function in this way:
DataFrame with 6 rows and 5 columns
rname strand pos qwidth
<integer> <integer> <integer> <integer>
1 1 1 970 35
2 1 1 971 35
3 1 1 972 35
4 1 1 973 35
5 1 1 974 35
6 1 2 975 35
seq
<DNAStringSet>
1 TATTAGGAAATGCTTTACTGTCATAACTATGAAGA
2 ATTAGGAAATGCTTTACTGTCATAACTATGAAGAG
3 TTAGGAAATGCTTTACTGTCATAACTATGAAGAGA
4 TAGGAAATGCTTTACTGTCATAACTATGAAGAGAC
5 AGGAAATGCTTTACTGTCATAACTATGAAGAGACT
6 GGAAATGCTTTACTGTCATAACTATGAAGAGACTA

If i launch:
df <- do.call("DataFrame", bam)
my result is:

DataFrame with 0 rows and 5 columns

And my bam file is:

$`chr1:1-249250621`
$`chr1:1-249250621`$rname
factor(0)
93 Levels: chr1 chr2 chr3 chr4 chr5 chr6 chr7 chrX chr8 chr9 chr10 ...
chr18_gl000207_random

$`chr1:1-249250621`$strand
factor(0)
Levels: + - *

$`chr1:1-249250621`$pos
integer(0)

$`chr1:1-249250621`$qwidth
integer(0)

$`chr1:1-249250621`$seq
  A DNAStringSet instance of length 0


$`chr2:1-243199373`
$`chr2:1-243199373`$rname
factor(0)
93 Levels: chr1 chr2 chr3 chr4 chr5 chr6 chr7 chrX chr8 chr9 chr10 ...
chr18_gl000207_random

$`chr2:1-243199373`$strand
factor(0)
Levels: + - *

$`chr2:1-243199373`$pos
integer(0)

$`chr2:1-243199373`$qwidth
integer(0)

$`chr2:1-243199373`$seq
  A DNAStringSet instance of length 0

What is my error?
Where in header BAM file i can find the chr lenghts?

Thanks a lot.

-- 
Regards,
            Capece Vincenzo

	[[alternative HTML version deleted]]

