Cher Monsieur,  je viens demander un peu d'aide sur l'utilisation du 
package Limma: j'espère que vous allez pouvoir m'aider!
je suis tombé sur une question ancienne relative au flag de spots lorsque 
Limma est utilisé pour traiter des data issues de F extraction d'agilent, 
j'ai un souci comparable à celui que vous aviez: je n'arrive pas à gérer 
les flags: pouvez vous me renseigner sur la commande à introduire ? dans 
mon objet Rg je n'ai pas de weight, ce qui était le cas lorsque je 
travaillais avec Genepix et des .gpr
Merci par avance

mon script préliminaire sans fonction pour les flags car rien ne marche:
targets<- readTargets("target1.txt",row.names="Slide number")
RG <-read.maimages(targets$FileName,source="agilent")
#Read 251239140435.txt
#Read 251239140486.txt
#Read 251239140436.txt
#Read 251239140487.txt
#Read 251239140465.txt
#Read 251239140534.txt
#Read 251239140537.txt
#Read 251239140460.txt
#Read 251239140539.txt
#Read 251239140484.txt
#Read 251239143844.txt
#Read 251239140540.txt

names(RG)
#[1] "G"       "Gb"      "R"       "Rb"      "targets" "genes"   "source"
names(RG$genes)
#[1] "Row"            "Col"            "ProbeUID"       "ControlType"
#[5] "ProbeName"      "GeneName"       "SystematicName" "Description"




Votre message était:
Hi list,

does somebody here knows if there's a function in the
Bioconductor packages for reading flags data (feature
saturation, non uniformity, etc...) or other kind of
data from Agilent files (from Feature Extraction
software). I used read.Agilent(marray) but it doesn't
read other data that Fg and Bg intensities, wrong ? Or
is there something to do with the '... further
arguments to scan(base)' ?





Frederic Capel, Ph D
PostDoc
INSERM U586, Obesity Research Unit
IFR31, Institut Louis Bugnard, BP 84225
31432 TOULOUSE Cedex 4
Frederic.Capel@toulouse.inserm.fr
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