[BioC] EdgeR: replicated pools, yes or not?

[Manuel José Gómez Rodríguez]

Dear Ryan,

Thank you very much for your detailed answers.

>From your comments it seems that a key point in terms of pondering the advantages of pooling is, as you say, what is the relative contribution of reducing biological variability and reducing degrees of freedom.

I guess that it may depend both on the number of pooled individuals per sample and the level of variability expressed between individuals.

Since it can be expected that the level of variability will be different depending on the species, the tissue (if applies) and the conditions, it may not be possible to get some general rule.

Best regards,

Manuel J Gómez

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